New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1140585 = | 29 (0.660) | 3 (0.070) | 3/326 | NT | 9.4% | coding (383/1254 nt) | arcA | arginine deiminase |
? | AE015451 | 1140624 = | 30 (0.720) | coding (344/1254 nt) | arcA | arginine deiminase |
CTCGGTGAACTCCTTGTGGAACTTGTAGATGGCGGTGGTCAAAAGCGTTTCCTGGCGACGCGCCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCA > AE015451/1140356‑1140768 | aactgctgttcgacgacgtgatctgggtcgaccaggccaagcgtgaccatttcgacttcgtcaccaagatgcgcgagcgtggcgtggatgtgctggagatgcacaacctgctgaccgatatcgtgcagaacaaagaggcgctcaagtggatcctcgaccgcaagatcacccctgacaccgtcggcgtaggcctgaccaacgaagtgcgtagctggctcgaaggcctggaGCCAcgc > 1:585591‑M1/230‑236 (MQ=255) cTTGTGGAACTTGTAGATGGCGGTGGTCAAAAGCGTTTCCTGGCGACGCGCCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGa > 1:480907/1‑236 (MQ=255) gcgcCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGgtgg < 2:587784/203‑1 (MQ=255) cgcCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACt < 1:581493/235‑1 (MQ=255) caccaagatgcgcgagcgtggcgtggatgtgctggagatgcacaacctgctgaccgatatcgtgcagaacaaagaggcgctcaagtggatcctcgaccgcaagatcacccctgacaccgtcggcgtaggcctgaccaacgaagtgcgtagctggctcgaaggcctggaGCCAcgcc > 2:703473‑M1/169‑176 (MQ=255) tCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGGGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCg < 1:25429/200‑1 (MQ=255) cAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGa < 1:368873/236‑1 (MQ=255) cgccgTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGgtggcg < 2:554977/172‑1 (MQ=255) agGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTc > 1:738170/1‑235 (MQ=255) tgtCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATc > 1:503262/1‑236 (MQ=255) gtCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCGCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTc > 1:195958/1‑183 (MQ=255) ccgatatcgtgcagaacaaagaggcgctcaagtggatcctcgaccgcaagatcacccctgacaccgtcggcgtaggcctgaccaacgaagtgcgtagctggctcgaaggcctggaGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGgtggcgtggc < 1:428370‑M1/39‑1 (MQ=255) ccgatatcgtgcagaacaaagaggcgctcaagtggatcctcgaccgcaagatcacccctgacaccgtcggcgtaggcctgaccaacgaagtgcgtagctggctcgaaggcctggaGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGgtggcgtggc > 2:428368‑M1/116‑154 (MQ=255) gcgcgTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCAAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCgg < 2:333104/137‑1 (MQ=255) aCTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCgg < 1:612793/215‑1 (MQ=255) tGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATc > 1:108637/1‑215 (MQ=255) ggCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACt > 1:418863/1‑217 (MQ=255) gCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCt < 2:503260/234‑1 (MQ=255) tggCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGat > 2:668270/1‑234 (MQ=255) aTGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTAc > 2:687943/1‑139 (MQ=255) aTGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCAc > 1:60544/1‑224 (MQ=255) aaGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGCTCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAgg > 1:274554/1‑192 (MQ=255) aaGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCAc > 1:78702/1‑221 (MQ=255) tGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTtgtg > 2:550600/1‑233 (MQ=255) ggCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGCCGgt > 1:264599/1‑157 (MQ=255) aGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGACTTCGCTTTGCGGCAGGTCATGGCCCGCCACGACGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGt > 2:55878/1‑157 (MQ=255) ggcgtaggcctgaccaacgaagtgcgtagctggctcgaaggcctggaGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATcca < 1:547807‑M1/184‑1 (MQ=255) aTCTTCACGACATGGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCac > 2:437884/1‑220 (MQ=255) aCGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAAtt < 2:82446/61‑1 (MQ=255) gACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTg > 2:424737/1‑139 (MQ=255) tCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACtt < 2:738168/158‑1 (MQ=255) gcgcCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGatat > 2:721276/1‑181 (MQ=255) tCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTCCGCCGACGGTGGCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAggg > 1:91149/1‑141 (MQ=255) ggCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGcc < 1:76155/147‑1 (MQ=255) caccGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGGCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGcc < 2:75740/88‑1 (MQ=255) | CTCGGTGAACTCCTTGTGGAACTTGTAGATGGCGGTGGTCAAAAGCGTTTCCTGGCGACGCGCCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCA > AE015451/1140356‑1140768 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |