New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1140585 = | 29 (0.660) | 3 (0.070) | 3/326 | NT | 9.4% | coding (383/1254 nt) | arcA | arginine deiminase |
? | AE015451 | 1140624 = | 30 (0.720) | coding (344/1254 nt) | arcA | arginine deiminase |
CGCCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAACAGCAGTT > AE015451/1140416‑1140852 | cgcCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACt < 1:581493/235‑1 (MQ=255) tCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGGGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCg < 1:25429/200‑1 (MQ=255) cAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGa < 1:368873/236‑1 (MQ=255) tggatgtgctggagatgcacaacctgctgaccgatatcgtgcagaacaaagaggcgctcaagtggatcctcgaccgcaagatcacccctgacaccgtcggcgtaggcctgaccaacgaagtgcgtagctggctcgaaggcctggagccacgccacctggccgaattcctgatcggcggcgtggcTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGcc < 1:547807‑M2/47‑1 (MQ=255) agGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTc > 1:738170/1‑235 (MQ=255) tgtCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATc > 1:503262/1‑236 (MQ=255) gtCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCGCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTc > 1:195958/1‑183 (MQ=255) aCTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCgg < 1:612793/215‑1 (MQ=255) tGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATc > 1:108637/1‑215 (MQ=255) ggCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACt > 1:418863/1‑217 (MQ=255) gCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCt < 2:503260/234‑1 (MQ=255) tggCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGat > 2:668270/1‑234 (MQ=255) aTGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTAc > 2:687943/1‑139 (MQ=255) aTGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCAc > 1:60544/1‑224 (MQ=255) aaGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGCTCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAgg > 1:274554/1‑192 (MQ=255) aaGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCAc > 1:78702/1‑221 (MQ=255) tGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTtgtg > 2:550600/1‑233 (MQ=255) ggCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGCCGgt > 1:264599/1‑157 (MQ=255) aGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGACTTCGCTTTGCGGCAGGTCATGGCCCGCCACGACGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGt > 2:55878/1‑157 (MQ=255) ggcgtaggcctgaccaacgaagtgcgtagctggctcgaaggcctggaGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATcca < 1:547807‑M1/184‑1 (MQ=255) aTCTTCACGACATGGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCac > 2:437884/1‑220 (MQ=255) gACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTg > 2:424737/1‑139 (MQ=255) tCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACtt < 2:738168/158‑1 (MQ=255) gcgcCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGatat > 2:721276/1‑181 (MQ=255) tCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTCCGCCGACGGTGGCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAggg > 1:91149/1‑141 (MQ=255) ggCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGcc < 1:76155/147‑1 (MQ=255) caccGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGGCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGcc < 2:75740/88‑1 (MQ=255) gccacgccacctggccgaattcctgatcggcggcgtggcTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCgg > 2:428368‑M2/40‑154 (MQ=255) gccacgccacctggccgaattcctgatcggcggcgtggcTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCgg < 1:428370‑M2/115‑1 (MQ=255) cCGCTGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCctct > 1:162875‑M1/2‑132 (MQ=255) ACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTtg > 2:206581‑M1/1‑162 (MQ=255) CGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCa < 2:591743‑M1/118‑1 (MQ=255) CGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTc < 1:700683‑M1/190‑1 (MQ=255) CGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTc > 2:700681‑M1/1‑190 (MQ=255) CGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGt < 2:428795‑M1/234‑1 (MQ=255) CGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTc < 1:753089‑M1/235‑1 (MQ=255) CGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGc > 1:351721‑M1/1‑78 (MQ=255) aTCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGcc > 2:540206/1‑74 (MQ=255) aTCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGcc < 1:540208/74‑1 (MQ=255) aGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACtt < 2:610971/110‑1 (MQ=255) aGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACtt > 1:610973/1‑110 (MQ=255) ttCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCAcgtcgt > 1:230812/1‑236 (MQ=255) ggcgtggcTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTg > 2:703473‑M2/9‑176 (MQ=255) gcgtggcTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAACAGCAGtt > 1:585591‑M2/8‑236 (MQ=255) | CGCCGGCCAGTACATCGGGTTCAACGTCACGCCGCCGTAGATCCAGCAGGTGGTGTCGCGCGTGAACTGGGTGTTGGGCAGTGGTGGCAGGATGAAGCTGGAGTGGCCCAGGTAGTCGTTGTACATCTTCACGACATCGGCGCCTTCGCTTTGCGGCAGGTCCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAACAGCAGTT > AE015451/1140416‑1140852 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |