New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 4338572 = | 26 (1.010) | 4 (0.160) | 4/302 | NT | 12.0% | coding (244/294 nt) | PP_5632 | enzyme subunit involved in allo‑isoleucine metabolism |
? | AE015451 | 4338688 = | 34 (1.390) | coding (128/294 nt) | PP_5632 | enzyme subunit involved in allo‑isoleucine metabolism |
GGCAACGAACTTAAAGTGCATCTGCAGTGAGGCGATGAGCAATAGACCCGCCTGGGCGGGTCTTTTGCTTCTATTTGCGGAAACAGCCCGCAGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGG > AE015451/4338351‑4338795 | ggCAACGAACTTAAAGTGCATCTGCAGTGAGGCGATGAGCAATAGACCCGCCTGGGCGGGTCTTTTGCTTCTATTTGCGGAAACAGCCCGCAGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCAt < 1:132464/235‑1 (MQ=255) attttatggtataccatcatacacaaatatcatcgtaacaggagagctgcacatgaaggcctactggatagcccatgtggacgtgaccgaccccgagcaataccagcagtacacccagcgcgccccagctgccttcaaggcattcggcggtcgcttcctggcccgtggcgggcgtagtgaGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCggtaacaggcctgtctctt < 1:429339‑M1/55‑10 (MQ=255) ccTGGGCGGGTCTTTTGCTTCTATTTGCGGAAACAGCCCGCAGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACg > 1:340558/1‑234 (MQ=255) ataccatcatacacaaatatcatcgtaacaggagagctgcacatgaaggcctactggatagcccatgtggacgtgaccgaccccgagcaataccagcagtacacccagcgcgccccagctgccttcaaggcattcggcggtcgcttcctggcccgtggcgggcgtagtgaGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAAt > 1:461282‑M1/171‑236 (MQ=255) gTCTTTTGCTTCTATTTGCGGAAACAGCCCGCAGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGt < 1:244596/186‑1 (MQ=255) aaatatcatcgtaacaggagagctgcacatgaaggcctactggatagcccatgtggacgtgaccgaccccgagcaataccagcagtacacccagcgcgccccagctgccttcaaggcattcggcggtcgcttcctggcccgtggcgggcgtagtgaGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGcgcg > 2:429335‑M1/157‑188 (MQ=255) ttCTATTTGCGGAAACAGCCCGCAGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGc < 2:176380/165‑1 (MQ=255) aGCCCGCAGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTc < 2:283182/210‑1 (MQ=255) aGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGt < 2:412263/169‑1 (MQ=255) tGAATCTGCCAGCGGTGCGGAAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAg < 1:55236/214‑1 (MQ=255) tGCCAGCGGTGCGGCAGGTGCGGCCCTTTCGCGGGTACACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGa < 2:352836/120‑1 (MQ=255) gCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGa < 1:449161/189‑1 (MQ=255) cAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGaa < 1:515288/182‑1 (MQ=255) gTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTAcgcccgc < 1:426312/236‑1 (MQ=255) tGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGAt < 2:228960/182‑1 (MQ=255) gCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGc < 1:191297/114‑1 (MQ=255) gTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTc < 2:374679/171‑1 (MQ=255) cGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTAcgcccgc < 1:384266/224‑1 (MQ=255) cGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAACGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGt < 2:127668/134‑1 (MQ=255) gCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCATCCTTCGCCACCCCTTgg > 2:227285/1‑95 (MQ=255) cTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCACGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTAcgcccgc < 1:474596/219‑1 (MQ=255) ccagcgcgccccagctgccttcaaggcattcggcggtcgcttcctggcccgtggcgggcgtagtgaGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGAt > 1:71841‑M1/67‑142 (MQ=255) gCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgc < 1:356119/236‑1 (MQ=255) aaaTCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgcgc < 1:416631/236‑1 (MQ=255) gggCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGa < 2:275841/122‑1 (MQ=255) gggCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGa > 1:275845/1‑122 (MQ=255) gCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCCCCACGGGCCAGGAAGCGAccgcc > 1:498895/1‑196 (MQ=255) tCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCt < 1:264427/97‑1 (MQ=255) tCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCt > 2:264423/1‑97 (MQ=255) ccACAATGATCACCCCAGCCGTCGCCACGCCTTGGCGATGGCTGCAGGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgcg < 1:380810/209‑1 (MQ=255) aGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGggtcggt > 2:259199/1‑228 (MQ=255) tCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATgg > 1:168481/1‑236 (MQ=255) ccggGGCGATGGCCGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTa > 2:62532‑M1/5‑102 (MQ=255) cTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTAct > 2:159362/1‑192 (MQ=255) ttGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTCCGAATCGAACGCGag > 2:62994/1‑77 (MQ=255) | GGCAACGAACTTAAAGTGCATCTGCAGTGAGGCGATGAGCAATAGACCCGCCTGGGCGGGTCTTTTGCTTCTATTTGCGGAAACAGCCCGCAGGCTTCAATGAATCTGCCAGCGGTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGG > AE015451/4338351‑4338795 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |