New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 4338572 = | 26 (1.010) | 4 (0.160) | 4/302 | NT | 12.0% | coding (244/294 nt) | PP_5632 | enzyme subunit involved in allo‑isoleucine metabolism |
? | AE015451 | 4338688 = | 34 (1.390) | coding (128/294 nt) | PP_5632 | enzyme subunit involved in allo‑isoleucine metabolism |
GTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGTATACCATAAAATTCACCCCACCACAGTGAGCGTGCACCATGGCTT > AE015451/4338465‑4338900 | gTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTAcgcccgc < 1:426312/236‑1 (MQ=255) cGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTAcgcccgc < 1:384266/224‑1 (MQ=255) cTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCACGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTAcgcccgc < 1:474596/219‑1 (MQ=255) gCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgc < 1:356119/236‑1 (MQ=255) aaaTCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgcgc < 1:416631/236‑1 (MQ=255) gCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCCCCACGGGCCAGGAAGCGAccgcc > 1:498895/1‑196 (MQ=255) ccACAATGATCACCCCAGCCGTCGCCACGCCTTGGCGATGGCTGCAGGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgcg < 1:380810/209‑1 (MQ=255) aGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGggtcggt > 2:259199/1‑228 (MQ=255) tCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATgg > 1:168481/1‑236 (MQ=255) cTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTAct > 2:159362/1‑192 (MQ=255) CGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGc < 1:174846‑M1/236‑1 (MQ=255) TGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCt < 1:175455‑M1/235‑1 (MQ=255) gCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGACTCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCCCGTccc > 1:315228/1‑208 (MQ=255) ctctTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCAt < 2:340554/228‑1 (MQ=255) cgcgGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGggtcggtc < 2:168477/184‑1 (MQ=255) cgGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCAt > 1:376019/1‑214 (MQ=255) cgGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCAt < 2:376015/214‑1 (MQ=255) ggAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTc > 2:258110/1‑186 (MQ=255) ggAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGc > 1:314604/1‑195 (MQ=255) ggAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACgat > 2:268837/1‑234 (MQ=255) ggTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTCCGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCGGGGTGTACTGCTGGTGCTGCTCGGggt > 2:239877/1‑171 (MQ=255) tAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTtgt < 1:259203/236‑1 (MQ=255) atcgagttcgattcgtacgcgcaggccgtcgcctgttaccgctccgcgctgtaccaagaggcatgcagccatcgccTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTgg > 1:71841‑M2/77‑142 (MQ=255) aCAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATAttt < 2:175451/232‑1 (MQ=255) attcgtacgcgcaggccgtcgcctgttaccgctccgcgctgtaccaagaggcatgcagccatcgccTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGtat > 1:461282‑M2/67‑236 (MQ=255) aagagacaggcctgttaccgctccgcgctgtaccaagaggcatgcagccatcgccTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGTATACCATAAAAt < 1:429339‑M2/180‑1 (MQ=255) aTCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTa < 1:497128/213‑1 (MQ=255) gcaccacACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCgg < 2:315224/128‑1 (MQ=255) cacaCTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCCAACTACGCCGGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACgatga < 1:315775/188‑1 (MQ=255) ccacTACGCTGGGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCGCTCCGCCCGCCACGGGCCAGGCAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATcc < 2:498891/150‑1 (MQ=255) tccGCTGAGGCGTAGCCCGCCCTTCCAGCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTa < 1:1836/191‑1 (MQ=255) tACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGata < 1:346115/185‑1 (MQ=255) cgcgctgtaccaagaggcatgcagccatcgccTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATAttt > 2:429335‑M2/33‑188 (MQ=255) aCGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGTATACCATAAAATTCACCCCACCACAGTGAGCGTGCa < 2:479976/235‑1 (MQ=255) gCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGTATACCATAAAATTCACCCCACCACAGTGAGCGTGCAcc < 1:159366/235‑1 (MQ=255) aGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACgatga < 2:374771/176‑1 (MQ=255) ggCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGggtcggtc > 1:450973/1‑120 (MQ=255) ggCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGggtcggtc < 2:450969/120‑1 (MQ=255) cGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGTATACCATAAAATTCACCCCACCACAGTGAGCGTGCACCATGGCtt > 1:419356/1‑235 (MQ=255) ccctccctTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGAccgc > 1:401484/1‑51 (MQ=255) cctTCCATCGCCTCACTACGGCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGTATACCATAAAATTCACCCCACCACAGTGAGCGTGCa < 2:128345/216‑1 (MQ=255) | GTGCGGCAGGTCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCGAAAGGGCCGGCAAATCCTGCTCAGGGCTCAAACCCTTCCACAATGATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTACGCTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTTGTGTATGATGGTATACCATAAAATTCACCCCACCACAGTGAGCGTGCACCATGGCTT > AE015451/4338465‑4338900 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |