| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | = 299905 | 67 (1.160) | 4 (0.070) | 4/332 | NT | 5.9% | coding (1221/2586 nt) | yhgF | putative transcriptional accessory protein |
| ? | AE015451 | = 299912 | 62 (1.110) | coding (1214/2586 nt) | yhgF | putative transcriptional accessory protein | |||||
CGGTCACCAGCTTGTCGCTTTCGCGGCTGGCGGTACCGTTGCCAATGGCGATCAGCTCCACCGAGTGTTTGGCGCACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAGCGCACCACTTCACCCAGCCACTTGTCGGCCGGCCGGCTGCGGTTCTCGATGCCGACGTGGTTGCCGATCATCAGCTCGCATGGGTGCAGGGTGCCGGGCAGTT > AE015451/299673‑300140 | cGGTCACCAGCTTGTCGCTTTCGCGGCTGGCGGTACCGTTGCCAATGGCGATCAGCTCCACCGAGTGTTTGGCGCACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGC > 1:513314‑M1/1‑235 (MQ=255) aCCAGCTTGTCGCTTTCGCGGCTGGCGGTACCGTTGCCAATGGCGATCAGCTCCACCGAGTGTTTGGCGCACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGGCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGGTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGCTCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGc < 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ggCTGGCGGTACCGTTGCCAATGGCGATCAGCTCCACCGAGTGTTTGGCGCACAGCGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCTCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACTACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGacaagtggctgggtgaagtggt < 1:589670‑M1/235‑23 (MQ=255) ggCGGTACCGTTGCCAATGGCGATCAGCTCCACCGAGTGTTTGGCGCACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAgg < 1:862935/235‑1 (MQ=255) cGAGTGTTTGGCGCACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGc > 2:1080995‑M2/1‑179 (MQ=255) gAGTGTTTGGCGCACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGcggcccccgcgccaccctggg > 1:193520‑M2/1‑178 (MQ=255) gcACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGacaagtggctgggtgaagtggtgcgctggacctggaaggtcaagctgtacac > 1:781440‑M1/1‑164 (MQ=255) cacaGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTc < 1:982722/182‑1 (MQ=255) gCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGcc > 1:266153/1‑236 (MQ=255) ccATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACAtt > 2:835527/1‑196 (MQ=255) 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gatCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCcagca > 2:667109/3‑147 (MQ=255) tCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAggtgggt > 1:769094/1‑236 (MQ=255) cccAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGGCATGCAgg > 2:179549/1‑158 (MQ=255) ccAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCg > 1:51626/1‑220 (MQ=255) ccAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGGCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCt > 1:115961/1‑206 (MQ=255) cAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCcagc > 1:924618/1‑141 (MQ=255) cAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCcagc < 2:924615/141‑1 (MQ=255) cGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCTGGTTGTGGGCGa > 1:875837/1‑162 (MQ=255) tcttcGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCtt < 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2:254661/125‑1 (MQ=255) cAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAGCGCACCACTTCACCCAGCCACTTGTCGGCCGGCCGGCTGCGGTTCTCGATGCCGACGTgg < 1:236633/229‑1 (MQ=255) ggCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAGCGCACCACTTCACCCAGCCACTTGTCGGCCGGCCGGCTGCGGTTCTCGATGCCGACGTGGTTGCCGat < 1:446873/235‑1 (MQ=255) gggggTGGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAg < 2:170662/143‑1 (MQ=255) ggTCGAAGGCCAGGGTGGCGGGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGGAGCAGGTCATGCACGTTGTGGGCGAACTCATTGATCGCCTCGCCTTCGGCGCTGTCGCGCAGCTCGCCGAACTGGTc < 2:831826/121‑1 (MQ=255) ggTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGcgggccccgcgccgccctgggcttcgacccgggcctgc > 1:55968‑M2/1‑36 (MQ=255) 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cccAGGGTGGCGCGGGGGCCGccccggccggcccccgcgccaccctgggcttcgacccgggcctgcgcaccggctgcaagatcgccgtggtcgacgcaaccggcaaactgctggaccacaccacggtctacccgcacgcgccgaagaacgactgggaccgcaccatttccatcatggccgcactgtgcgccaaacactc > 1:193520‑M1/1‑21 (MQ=255) cccAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAGCGCACCACTTCCCCCCGCCACt > 2:89210/1‑175 (MQ=255) cccAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAGCGCACCACTTCACCCAGCCACTTGTCGGCCGGCCGGCTGCGGTTCTCGATGCCGACGTGGt > 1:131873/1‑214 (MQ=255) aGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAgc < 2:887374/151‑1 (MQ=255) gggggCCGGCCGacaagtggctgggtgaagtggtgcgctggacctggaaggtcaagctgtacacccacctggaaaccgacctgttcggcgagctgcgcgacagtgccgaaggcgaggc > 1:243672‑M1/1‑12 (MQ=255) ggccggccGacaagtggctgggtgaagtggtgcgctggacctggaag < 1:768279‑M1/47‑39 (MQ=255) ggccggccGacaagtggctgggtgaagtggtgcgctggacctggaag > 2:768276‑M1/1‑9 (MQ=255) ggccggccGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAGCGCACCACTTCACCCAGCCACTTGTCGGCCGGCCGGCTGCGGTTCTCGATGCCGACGTGGTTGCCGat < 2:824280/205‑1 (MQ=255) ggccgacaagtggctgggtgaagtggtgcgctggacctggaaggtcaagctgtacacccacctggaaaccgacctgttcggcgagctgcgcgacagtgccgaaggcgaggcgatcaatgtgttcgcccacaacctgcatgacctgctgctggccgccccggccggcccccgcgccaccctgggcttcgacccgggcctgcgcaccggctgcaagatcgccgtggtcgacgcaaccg > 1:869940‑M1/1‑5 (MQ=255) gccccggccggcccccgcgccaccctgggcttcgacccgggcctgcgcaccggctgcaagatcgccgtggtcgacgcaaccggcaaactgctggaccacaccacggtctacccgcacgcgccgaagaacgactgggaccgcaccatttccatcatggccgcactgtgcgccaaacactcg > 2:1080995‑M1/1‑1 (MQ=255) gccccggccggcccccgcgccaccctgggcttcgacccgggcctgcgcaccggctgcaagagcgccgtggtcgacgcaaccggcaacctgctggaccacaccacggtctacccgcacgcgccgaagaacgcctgggaccgcaccatttccatcatggccgcactgtgcgccaaacactcggtggagctgatcgccattggcaacggtaccgccagccgcgaaagcgacaagctggt < 1:586067‑M1/236‑236 (MQ=255) | CGGTCACCAGCTTGTCGCTTTCGCGGCTGGCGGTACCGTTGCCAATGGCGATCAGCTCCACCGAGTGTTTGGCGCACAGTGCGGCCATGATGGAAATGGTGCGGTCCCAGTCGTTCTTCGGCGCGTGCGGGTAGACCGTGGTGTGGTCCAGCAGTTTGCCGGTTGCGTCGACCACGGCGATCTTGCAGCCGGTGCGCAGGCCCGGGTCGAAGCCCAGGGTGGCGCGGGGGCCGGCCGGGGCGGCCAGCAGCAGGTCATGCAGGTTGTGGGCGAACACATTGATCGCCTCGCCTTCGGCACTGTCGCGCAGCTCGCCGAACAGGTCGGTTTCCAGGTGGGTGTACAGCTTGACCTTCCAGGTCCAGCGCACCACTTCACCCAGCCACTTGTCGGCCGGCCGGCTGCGGTTCTCGATGCCGACGTGGTTGCCGATCATCAGCTCGCATGGGTGCAGGGTGCCGGGCAGTT > AE015451/299673‑300140 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |