New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 4678714 | 58 (1.010) | 3 (0.050) | 3/324 | NT | 4.8% | coding (746/759 nt) | dnaQ | DNA polymerase III subunit epsilon |
? | AE015451 | = 4678766 | 64 (1.170) | coding (694/759 nt) | dnaQ | DNA polymerase III subunit epsilon | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGCGATGCCCCGCACGCGCTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAAC > AE015451/4678484‑4678946 | ggCGATGCCCCGCACGCGCTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGtctc < 1:309716/235‑1 (MQ=255) tGCCCCGCACGCGCTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGTAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCtcag < 2:559765/232‑1 (MQ=255) ccccGCACGCGCTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAggg > 1:251696/1‑236 (MQ=255) ccGCACGCGCTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCtcagtcag > 1:942280/1‑232 (MQ=255) aCGCGCTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCG < 1:605331‑M1/218‑1 (MQ=255) gcgcTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTTCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCca > 1:789832/1‑235 (MQ=255) ggCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAg < 2:466117/234‑1 (MQ=255) tGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGAGCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAgg < 2:641637/210‑1 (MQ=255) ggCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGa > 1:682157/1‑235 (MQ=255) tGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGACCTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAgg < 1:163407/201‑1 (MQ=255) gTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACCGCGAAGGCCCACccgccgc > 2:964369/1‑219 (MQ=255) gTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCcgc < 1:386168‑M2/235‑4 (MQ=255) tCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGa > 1:117022/1‑191 (MQ=255) 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ggAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATgccg > 2:1009256/1‑234 (MQ=255) gTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCcgccagccg < 2:1067789‑M2/208‑10 (MQ=255) aCATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCt > 1:904185/1‑236 (MQ=255) ggTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCcaca > 1:589496/1‑160 (MQ=255) gCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCCTGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGAt > 1:317438/1‑235 (MQ=255) gCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGAt > 1:14156/1‑235 (MQ=255) gCTACCTACGAAGGACGTAGCGTCCATTTAAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGATTAACCCGCTCCTACGACGATCTCCCCTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCtcagtcag > 2:903586/1‑145 (MQ=255) tACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGcc > 1:257293/1‑228 (MQ=255) 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tctcCACTTCTGTGGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAACGCCCTGCCCGTCctct < 2:1000008/208‑1 (MQ=255) tcCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCa > 2:619320/1‑125 (MQ=255) tcCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCa < 1:619323/125‑1 (MQ=255) tcCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTgg > 2:17067/1‑151 (MQ=255) tcCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGa > 2:156336/1‑162 (MQ=255) tcCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTcc > 2:1064342/1‑225 (MQ=255) ccACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGgccattgccaagtcggcgggtgggccg > 2:271770‑M1/1‑38 (MQ=255) tCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGc < 2:856732/174‑1 (MQ=255) tGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGgccattgccaagtcggcgggtgggccttcgctgtggcaggccctgactgagacgccagccggctgatctttcgccctgcaacagaagtggagatcgtcgtaggagcgggttcacccgcgaaagggccagtacgggcaatacaagg > 1:976637‑M1/1‑28 (MQ=255) cAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGcc > 1:146775/1‑185 (MQ=255) gagCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCCCGGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGc < 1:273047/89‑1 (MQ=255) gCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCCCCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGgcgc < 2:822965/137‑1 (MQ=255) gCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCAcc < 1:836924/236‑1 (MQ=255) cGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCg > 1:52297/1‑236 (MQ=255) ccgagcGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGAtccc > 2:709229/6‑151 (MQ=255) cgagcGGCTGGCGTCTCAGTCAGGCCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGCCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCCCTTCcgcg > 2:10303/5‑102 (MQ=255) aGCCGGCTGGCGTCTCATTCAGCCCCTGCCACAGCGAAGTCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCcgccagccggctgatctttcgccctgcaacagaagtggagatcgt > 2:601384‑M2/1‑64 (MQ=255) cGGCTGGCGgccattgccaagtcggcgggtgggccttcgctgtggcaggccctgactgagacgccagccggctgatctttcgccctgcaacagaagtggagatcgtcgtaggagcgggttcacccgcgaaagggccagtacaggcaatacaaggctcaactaccctgaaatggacgccacgtccttcggaggtagccacctgatgtac < 2:1067789‑M1/208‑200 (MQ=255) tGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCgg < 1:186148/176‑1 (MQ=255) tGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCgg > 2:186146/1‑176 (MQ=255) gcggccattgccaagtcggcgggtgggccttcgctgtggcaggccctgactgagacgccagccggctgatctttcgccctgcaacagaagtggagatcgtcgtaggagcgggttcacccgcgaaagggccagtacaggcaatacaaggctcaactaccctgaaatggacgccacgtccttcggaggtagccacctgatgtacaaggacctcaagttcccgatcctcatcgtccac < 1:386168‑M1/235‑233 (MQ=255) | GGCGATGCCCCGCACGCGCTCGCCGGCAACACTGTCGGCCTTGATGGCGCGGTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAAC > AE015451/4678484‑4678946 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |