New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 4678714 | 58 (1.010) | 3 (0.050) | 3/324 | NT | 4.8% | coding (746/759 nt) | dnaQ | DNA polymerase III subunit epsilon |
? | AE015451 | = 4678766 | 64 (1.170) | coding (694/759 nt) | dnaQ | DNA polymerase III subunit epsilon | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGTGCGCCGTGCAACTCACGGCCC > AE015451/4678535‑4678995 | gTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCcgc < 1:386168‑M2/235‑4 (MQ=255) cGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATgc < 1:463267/236‑1 (MQ=255) cGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATgc < 1:567949/236‑1 (MQ=255) gggAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGc > 2:463264/1‑231 (MQ=255) ggAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATgccg > 2:1009256/1‑234 (MQ=255) gTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCcgccagccg < 2:1067789‑M2/208‑10 (MQ=255) aCATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCt > 1:904185/1‑236 (MQ=255) gCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCCTGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGAt > 1:317438/1‑235 (MQ=255) gCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGAt > 1:14156/1‑235 (MQ=255) tACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGcc > 1:257293/1‑228 (MQ=255) aCCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGctc > 1:358286/1‑214 (MQ=255) ggCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCGCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTgg > 1:1040767/1‑229 (MQ=255) 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gCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGa < 1:351715/223‑1 (MQ=255) cccACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGACCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTg < 2:483419/149‑1 (MQ=255) cACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGCTCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACCATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCCGCCCGTCctcctc > 2:288351/1‑139 (MQ=255) accccGCCGACTTGGCAATGCCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGt < 2:942277/228‑1 (MQ=255) gccgACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGTGCGCCGTGCa > 1:536235/1‑235 (MQ=255) gCAATGGCCGCCACCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGt < 2:789829/216‑1 (MQ=255) aaTGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGTGCGCCGTGCAACTCACGGcc > 2:1019463/1‑234 (MQ=255) aTGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGTGCGCCGTGCAACTCACGGccc < 2:589493/234‑1 (MQ=255) ggCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGt < 2:397716/211‑1 (MQ=255) | GTGGACGATGAGGATCGGGAACTTGAGGTCCTTGTACATCAGGTGGCTACCTCCGAAGGACGTGGCGTCCATTTCAGGGTAGTTGAGCCTTGTATTGCCTGTACTGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGATCTCCACTTCTGTTGCAGGGCGAAAGATCAGCCGGCTGGCGTCTCAGTCAGGGCCTGCCACAGCGAAGGCCCACCCGCCGACTTGGCAATGGCCGCCAGCCGCTCGGCATGCGCCTCCAGCTCTTCAGCGCTGGCCATGATCACCCGCCCTGGCGCACGCCCGACAATCCGGCGGATCTCGCTGCCGCCAGCGCCCTGCCCGTCCTCTTCGGTATCTGCGCCATTCCCAGCCAACGACAGGCTGGTCTGGCCACCGGTCATTGCCAGGTAAACGTCGGCCAGCAGTTCCGAGTCGAGCAGTGCGCCGTGCAACTCACGGCCC > AE015451/4678535‑4678995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |