New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 3782714 | 50 (0.870) | 3 (0.050) | 3/326 | NT | 6.5% | coding (651/846 nt) | nikC | nickel ABC transporter permease subunit |
? | AE015451 | = 3782954 | 38 (0.690) | coding (45/771 nt) | nikD | nickel ABC transporter ATP‑binding subunit |
GGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATCTGGACGCAGCCACAACTGCTGCTGTTGCCAGGGCTGATGATCTTCTTCTCGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCAGAGGTCGCCTGACCAGCCTGGTGCTGCAAAACCC > AE015451/3782731‑3783178 | gggTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATCTGGACGCAGCCACAACTGCTGCTGTTGCCAGGGCTGGTGATCTTCTTCTCGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTg < 1:125123/236‑1 (MQ=255) atgatCAACGACGCCAAGGAATTCATCTGGACGCAGCCACAACTGCTGCTGTTGCCAGGGCTGATGATCTTCTTCTCGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCcaggccg > 2:1036810‑M2/1‑192 (MQ=255) aGGAATTCATCTGGACGCAGCCACAACTGCTGCTGTTGCCAGGGCTGATGATCTTCTTCTCGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCAc > 1:450449/1‑235 (MQ=255) gaCTGCTGCTGTTGCCAGGGCGGATGATCTTCTTCTCGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTc < 2:587746/217‑1 (MQ=255) atCTTCTTCTCGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGc > 1:2594/1‑235 (MQ=255) cGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTa > 1:75363/1‑236 (MQ=255) cGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTa > 1:812911/1‑236 (MQ=255) gATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTg < 2:784005/194‑1 (MQ=255) aaCCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGc < 1:268303/236‑1 (MQ=255) ccTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCt < 1:301491/192‑1 (MQ=255) ctgGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCa < 1:542828/235‑1 (MQ=255) tgGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCt < 2:812908/221‑1 (MQ=255) gATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGccc > 2:436551/1‑226 (MQ=255) gATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGCTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGcg > 2:345745/1‑195 (MQ=255) gctgcgcGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCt > 1:489747/1‑191 (MQ=255) ccTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCTGTGCGTGAAATCCGTGGCCGTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGGGCTGGTGCATGGCGTTGACttcc > 2:790731/1‑105 (MQ=255) ggACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTgg > 2:267014/1‑153 (MQ=255) tGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCa < 1:326700/203‑1 (MQ=255) gCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGcgccgc > 1:220196/1‑108 (MQ=255) gCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTgg > 2:1052365/1‑167 (MQ=255) agaGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGc > 2:667289/3‑195 (MQ=255) acaGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCCAATCCCTCAGCTGCCTCGGCTTGCTc > 2:622262/1‑172 (MQ=255) acaGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGc < 1:667292/195‑1 (MQ=255) acaGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGAATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCAc > 2:883875/1‑120 (MQ=255) caGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAg > 1:767345/1‑228 (MQ=255) aGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGAc > 1:329352/1‑221 (MQ=255) gAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGc < 2:421237/191‑1 (MQ=255) gAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGc < 1:854527/236‑1 (MQ=255) acagccatTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCcaggccggagacgtgcagcatcatgtggccgatgtccatggttgccagcaccagcaacgggccggcgatattgggcagcacatgctggcgcagccgcgcccagcgtgaagcgccggccaggcgtgaagccaatacgtattcgcggccgcgctgggcaatcaccaggccgcgcaccatgc > 1:533848‑M2/4‑56 (MQ=255) cgcCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCa > 2:907949/1‑197 (MQ=255) cATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTgg > 2:326697/1‑155 (MQ=255) cATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCAcc > 1:1063123/1‑192 (MQ=255) ttGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGc > 2:854524/1‑218 (MQ=255) cGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCcaggccggagacgtgcagcatcatgtggccgatgtccatggttgccagcaccagcaacgggccggcgatattgggcagcacatgctggcgcagccgcgcccagcgtgaagcgccggccaggcgtgaagccaatacgtattcgcggc < 2:533845‑M2/184‑147 (MQ=255) cGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCagag > 1:625397/1‑231 (MQ=255) gTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCcaggccggagacgtgcagcatcatgtggccgatgtccatggttgccagcaccagcaacgggccggcgatattgggcagcacatgctggcgcagccgcgcccagcgtgaagcgccggccaggcgtgaagccaatacgtattcgcggccgcgctgggcaatcaccaggccgcgcaccaagcgcgcataccagg < 1:220974‑M2/224‑192 (MQ=255) gTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCAAGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGc > 2:999682/1‑202 (MQ=255) ttGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGc < 2:1056204/100‑1 (MQ=255) ttGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGc > 1:1056207/1‑100 (MQ=255) gAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTGGACCTg > 1:812305/1‑144 (MQ=255) ccGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCaa < 2:379837/203‑1 (MQ=255) aTAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTaccac > 2:798804/1‑133 (MQ=255) aTAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCAGAGGTCGCCTGACCAGCCTGGTGCTGCAAAAccc > 2:933145/1‑233 (MQ=255) ccAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTc < 1:798807/133‑1 (MQ=255) | GGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATCTGGACGCAGCCACAACTGCTGCTGTTGCCAGGGCTGATGATCTTCTTCTCGGTGATGGCCTTCAACCTGCTGGGCGATGCGCTGCGCGACCGCCTGGACCCTGCACAGGAGCGCCATTGAATGAGTCCGTCGGTGCTTGAAATCCGTGGCCTTCGCATAGAAACCCAGGCCGGCGTGCTGGTGCATGACGTTGACTTGCAGCTGCGCCGCGGCGAAGTCTGCACGTTGGTCGGTGCCAGCGGCTCTGGCAAATCCCTCAGCTGCCTTGGCTTGCTCGACCTGCTACCACCTGGCCTCGCCCGCACCCAAGGACAACTGCTGCTCGACGGCCAGCCGCTGGCTGCAAGCAGTGTCAGAGGTCGCCTGACCAGCCTGGTGCTGCAAAACCC > AE015451/3782731‑3783178 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |