New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 5609848 | 43 (0.750) | 4 (0.070) | 4/328 | NT | 9.8% | coding (667/906 nt) | PP_4929 | Transcriptional regulator, LysR family |
? | AE015451 | = 5609893 | 32 (0.580) | coding (622/906 nt) | PP_4929 | Transcriptional regulator, LysR family |
CCCAGAGGTTCATCGCGGCGCCAGGCCAGCTCTGCCACCAAGGCCGGCGGCCGCCAGTCGCTGTCCAGTTCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCGGGATGCTTTCGTGGAGGAAGAACAGGCCCAGATCGGCGCGCCGCTCCACCAGCTTGCGCGCCACATCGCCCTGGGCTCCGCT > AE015451/5609667‑5610109 | cccAGAGGTTCATCGCGGCGCCAGGCCAGCTCTGCCACCAAGGCCGGCGGCCGCCAGTCGCTGTCCAGTTCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGAt < 1:944255/236‑1 (MQ=255) ccAGAGGTTCATCGCGGCGCCAGGCCAGCTCTGCCACCAAGGCCGGCGGCCGCCAGTCGCTGTCCAGTTCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTCACCGCTTTGTTGtggcgtg < 2:555225‑M2/233‑8 (MQ=255) tCGCGGCGCCAGGCCAGCTCTGCCACCAAGGCCGGCGGCCGCCAGTCGCTGTCCAGTTCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGAt > 1:549620/1‑224 (MQ=255) cggcCGCCAGTCGCTGTCCAGTTCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCg > 2:1005735/1‑222 (MQ=255) ccAGTCGCTGTCCAGTTCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCtt < 1:946241/230‑1 (MQ=255) ttCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGtggcgt > 2:76475‑M2/1‑159 (MQ=255) gACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGAcc < 1:437599/235‑1 (MQ=255) cATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCa > 1:257976/1‑164 (MQ=255) tgCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACAGGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGcc < 2:1030884/224‑1 (MQ=255) cgcCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCaac < 1:65717/214‑3 (MQ=255) gcCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGt < 1:1005738/236‑1 (MQ=255) tCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTcc < 1:752577/236‑1 (MQ=255) ccccacATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCg < 1:206081/151‑1 (MQ=255) cacaTGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATc > 1:235699/1‑133 (MQ=255) cacaTGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCAtctc > 1:1075264/1‑222 (MQ=255) tGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGGTCAg > 2:253714/1‑131 (MQ=255) ggTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCg > 1:115115/1‑155 (MQ=255) aGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATCGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACg > 1:4699/1‑209 (MQ=255) cAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCAtctc > 2:376041/1‑200 (MQ=255) aGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCa > 1:974607/1‑201 (MQ=255) ggCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGa < 1:875653/223‑1 (MQ=255) cgcgCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACcg > 1:479079/1‑171 (MQ=255) cgcgCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACcg < 2:479076/171‑1 (MQ=255) cgcgCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTAGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACcgcg > 2:475102/1‑173 (MQ=255) aTCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTcg < 2:1061711/144‑1 (MQ=255) aTCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTcg > 1:1061714/1‑144 (MQ=255) tCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCGGGATGCTTTCGTgg < 2:608051/225‑1 (MQ=255) cATGGCGTAGAACCTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGa < 1:277373/201‑1 (MQ=255) gCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAACAACTGCCCGt > 2:574202/1‑91 (MQ=255) aCTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGcc < 2:881458/135‑1 (MQ=255) ccACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCGGGATGCTTTCGTgg < 1:643570/200‑1 (MQ=255) aCCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCa < 1:884940/169‑1 (MQ=255) ccTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTTcc > 2:233409/1‑63 (MQ=255) gggCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGGGGCGTGACCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCGGGATGCTTTCGTGGAGGAAGAACAGGCCCAGATCGGCGCGCCGCTCCACCAGCTTGCGCGcc < 1:46981/234‑1 (MQ=255) gCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGtggcgtgccgacagtttctacgccatggccgaactgctgatgcgcggccttggctgggcctggttaccccggc < 1:142104‑M2/109‑74 (MQ=255) gCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGtggcgtgccgacagtttctacgccatggccgaactgctgatgcgcggccttggctgggcctggttaccccggc > 2:142102‑M2/1‑36 (MQ=255) tGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGtggcgtgccgacagtttctacgccatggccgaactgctgatgcgcggccttggctgggcctggttaccccggcatgtggtgcagtacccgacctaccaggcgcacatggtcgaactggacagcgactggcggccgccggccttggtggcagagctggcctggcgccgcga > 1:504425‑M2/1‑34 (MQ=255) tGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGtggcgtgccgacagtttctacgccatggccgaactgctgatgcgcggccttggctgggcctggttaccccggcatgtggtgcagtacccgacctaccaggcgcacatggtcgaactggacagcgactggcggccgccggccttggtggcagagctggcctggcgccgcga < 2:504422‑M2/204‑171 (MQ=255) gcctcgccGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACttc > 2:231030/1‑46 (MQ=255) tcgccGCCGGGGTAACCGCGTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTcc < 2:57261/126‑1 (MQ=255) cgccgGGGTAACCGCTTTGTTGGGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCtt < 2:1053274/78‑1 (MQ=255) ccgGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCGGGATGCTTTCGTGGAGGAAGAACAGGCCCAGATCGGCGCGCCGCTCCACCAGCTTGCGCGCCACATCGCCCTGGGCTCCGCt < 1:555228/236‑1 (MQ=255) cgGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCGGGATGCTTTCGTGGAGGAAGAACAGGCCCAGATCGGCGCGCCGCTCCACCAGCTTGCGCGCCACATCGCCCTGGGCTCCGc < 2:397623/234‑1 (MQ=255) ttgtGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCg < 2:974604/137‑1 (MQ=255) | CCCAGAGGTTCATCGCGGCGCCAGGCCAGCTCTGCCACCAAGGCCGGCGGCCGCCAGTCGCTGTCCAGTTCGACCATGTGCGCCTGGTAGGTCGGGTACTGCACCACATGCCGGGGTAACCAGGCCCAGCCAAGGCCGCGCATCAGCAGTTCGGCCATGGCGTAGAAACTGTCGGCACGCCATACCTGCGGGCTGATCGCCTCGCCGCCGGGGTAACCGCTTTGTTGTGGCGTGATCAGCAACTGCCGGTGGCGGGCCAATTGTTGGCGGGTGACCCGGCCTTCGCCCGCCAGCGGGTGGCCGACCGCGCACACCGTGACCATCTCCACGCTGCCCAACGCACGGCGCTCCAAGGAAGCCGGGATGCTTTCGTGGAGGAAGAACAGGCCCAGATCGGCGCGCCGCTCCACCAGCTTGCGCGCCACATCGCCCTGGGCTCCGCT > AE015451/5609667‑5610109 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |