New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 3073301 = | 22 (0.550) | 3 (0.080) | 3/318 | NT | 14.0% | coding (1007/1671 nt) | PP_2683 | putative sensory box histidine kinase/response regulator |
? | AE015451 | 3073609 = | 16 (0.420) | coding (1315/1671 nt) | PP_2683 | putative sensory box histidine kinase/response regulator |
CTCGAGTTCAACCAGCTGGATGTGGGGCGTGCAGCGGATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGTGCGAAGTGGTCACGGCTACCGACCGGGAGGGCGCCTTGCTGGCGTTGCAGGGGCGAGCCCCGGAACTGATTCTGGCCGACTACCACCTGGACCATGGCGTAGTGGGGT > AE015451/3073375‑3073783 | cTCGAGTTCAACCAGCTGGATGTGGGGCGTGCAGCGGATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGgccgccgcc < 1:504443/235‑1 (MQ=255) cTCGAGTTCAACCAGCTGGATGTGGGGCGTGCAGCGGATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGgccgccgcc < 1:139669/235‑1 (MQ=255) tCGAGTTCAACCAGCTGGATGTGGGGCGTGCAGCGGATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCct > 1:404901/1‑235 (MQ=255) ccAGCTGGATGTGGGGCGTGCAGCGGATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTg > 1:58943/1‑235 (MQ=255) aGCGGATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTct > 1:739843/1‑235 (MQ=255) ggATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAAc < 2:739842/217‑1 (MQ=255) gCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGa > 2:385304/1‑207 (MQ=255) gCCACGGTACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGTGCGAAGTGGTCACgg < 1:172665/235‑1 (MQ=255) gccgctggccagcccgaggccaacgccctggcgatccgctgcacgccccacatccagctggttgaactcgaggaatatgtcctgcagccggtcctgcgcaatgccccgtccggtatcccacacctccagccgcaaatggccgccgcctgctg < 2:197059‑M2/6‑1 (MQ=255) aaGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGTGCGAAGTGGTCAc > 2:403179/1‑208 (MQ=255) gTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTggg < 2:363216/177‑1 (MQ=255) tggTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATggg < 2:55217/162‑1 (MQ=255) ggggCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCACAGTCTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGAcc > 2:65145/1‑127 (MQ=255) cTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGACATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACgccgc > 2:33999/1‑122 (MQ=255) gtgtTCAGCATCGAGGTACCACTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGTTGCCCAGCGTCTGTGATCCGCTGCCGGGCCGACGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGt < 2:287731/122‑1 (MQ=255) tCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGTGCGAAGTGGTCACGGCTACCGACCGTGAGGGCGCCTTGCTGGCGTTGCAGGGGCGAGCCCCGGAACTGATTCTGGCCGa < 1:411427/235‑1 (MQ=255) tACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGTCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGCGGGGGTGCGAAGTGGTCa > 2:644261/1‑162 (MQ=255) cagccggtcctgcgcaatgccccgtccggtatcccacacctccagccgcaaatggccgccgcCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATa < 2:278303‑M2/30‑1 (MQ=255) cagccggtcctgcgcaatgccccgtccggtatcccacacctccagccgcaaatggccgccgcCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATa > 1:278304‑M2/63‑92 (MQ=255) ctggctgTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGTGCGAAGTGGTCACGGCTACCGACCGGGAGGGCGCCTTGCTGGCGTTGCAGGGGCGAGCCCCGGAACTGATTCTGGCCGACTACCACCTGGACCATGGCGTAGTGGGGt < 1:421222/235‑1 (MQ=255) gctgTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGTGCGAAGt > 2:84461/1‑131 (MQ=255) tgTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGGTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGCGCGAAGTGGTCACgg > 2:174309/1‑137 (MQ=255) | CTCGAGTTCAACCAGCTGGATGTGGGGCGTGCAGCGGATCGCAAGGGCGTTGGCCTCGGGCTGGCCATCGTCGAGCGGATCGCCAAGATACTCGGTTACCGGATCGAAGTGCGGTCGTGGCTGGGGCGTGGCTCGGTGTTCAGCATCGAGGTACCTCTTGGCAAAGAAGTGCCGCTGGCTGTTCACCAGGCTGTGCCGCTGCCCAGCGTCGGTGATCCGCTGCCGGGCCGCCGCCTGCTGGTACTGGACAACGAAGTGAGCATACTCGAGAGCATGGGCGCGCTGTTGGGGCAGTGGGGGTGCGAAGTGGTCACGGCTACCGACCGGGAGGGCGCCTTGCTGGCGTTGCAGGGGCGAGCCCCGGAACTGATTCTGGCCGACTACCACCTGGACCATGGCGTAGTGGGGT > AE015451/3073375‑3073783 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |