New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 5433680 | 24 (0.600) | 3 (0.080) | 3/320 | NT | 10.2% | coding (1584/2529 nt) | hrpB | ATP‑dependent helicase HrpB |
? | AE015451 | = 5433711 | 30 (0.790) | coding (1553/2529 nt) | hrpB | ATP‑dependent helicase HrpB |
TCGGCCAGTACCCCCTCAAGCAACGCCGGATCGAATTCGGCTGCCAGATAGATCCGCTCCTCACGCTGCCCCTGGCGGCTACCCAGGTCGGCGATCACCAGCCATGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCAGCCACATCGCAGGCCATCTGTGC > AE015451/5433483‑5433943 | tCGGCCAGTACCCCCTCAAGCAACGCCGGATCGAATTCGGCTGCCAGATAGATCCGCTCCTCACGCTGCCCCTGGCGGCTACCCAGGTCGGCGATCACCAGCCATGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGcgccca > 1:50622‑M2/1‑229 (MQ=255) ccccTCAAGCAACGCCGGATCGAATTCGGCTGCCAGATAGATCCGCTCCTCACGCTGCCCCTGGCGGCTACCCAGGTCGGCGATCACCAGCCATGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCgtgggt < 1:27077/236‑1 (MQ=255) cccTCAAGCAACGCCGGATCGAATTCGGCTGCCAGATAGATCCGCTCCTCACGCTGCCCCTGGCGGCTACCCAGGTCGGCGATCACCAGCCATGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCccagcca > 2:639529/1‑227 (MQ=255) ccAGGTCGGCGACCACCAGCCATGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGa < 1:554040/236‑1 (MQ=255) gTCGGCGATCACCAGCCAGGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCAc < 1:517221/236‑1 (MQ=255) ggCGATCACCAGCCATGGGCACTTCATCAATGCATCGACTGCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCCCCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGc < 1:110512/231‑1 (MQ=255) cctGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCa < 2:296778/206‑1 (MQ=255) atcaATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACg < 2:611086/170‑1 (MQ=255) atcaATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACg > 1:611087/1‑170 (MQ=255) aaTGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCAc < 1:485502/205‑1 (MQ=255) cGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGct > 1:393003/1‑235 (MQ=255) cTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGgccgc > 1:186028/1‑216 (MQ=255) tCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCCGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGCGGCGGGTCCgg > 2:108008/1‑125 (MQ=255) tCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCAccc > 1:23053/1‑207 (MQ=255) gCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCa < 1:137292/232‑1 (MQ=255) cGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGa < 1:520379/175‑1 (MQ=255) cGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGc > 1:262541/1‑215 (MQ=255) cGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGc < 2:262540/215‑1 (MQ=255) ggCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGGGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGAc > 2:253499/1‑127 (MQ=255) gCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCaa < 1:639530/236‑1 (MQ=255) cTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGc < 1:501991/214‑1 (MQ=255) aCCCGGTCAGGGTAGGCCAGGGCCAGAAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGAACCGACCTGGCCACGCAACa < 2:45754/91‑1 (MQ=255) aCCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGcgcccagcagcgccgggcgggtggggcggagtatcggctggccaacggcc > 1:486814‑M2/1‑31 (MQ=255) aCCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGcgcccagcagcgccgggcgggtggggcggagtatcggctggccaacggcc < 2:486813‑M2/81‑51 (MQ=255) ggTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCaa > 2:138402/1‑190 (MQ=255) ggTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTg > 1:407670/1‑211 (MQ=255) ggTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCa > 1:690560/1‑236 (MQ=255) aGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCAg < 1:602591/233‑1 (MQ=255) gggTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGTCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCAGCca < 1:398225/235‑1 (MQ=255) gccagcgccagcAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCAGCCACATCGc < 1:436456/235‑1 (MQ=255) cagcagGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGa > 2:647601/1‑94 (MQ=255) cagcagGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGcc > 2:224861/1‑103 (MQ=255) cagcagGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCtgt > 2:377669/1‑167 (MQ=255) cagcagGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCAGCCACATCGCAGGCCAt > 2:381829/1‑234 (MQ=255) agcggGGcgccgggcagcgccgggcgggtggggcggagtatcggctggccaacggccgtgcggccctgtttggcgaggtcgatgcattgatgaagtgcccatggctggtgatcgccgacctgggtagccgccaggggcagcgtga > 2:75821‑M2/1‑7 (MQ=255) gggCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCAGCCACATCGCAGGCCATCTGTGc > 1:479904/1‑235 (MQ=255) | TCGGCCAGTACCCCCTCAAGCAACGCCGGATCGAATTCGGCTGCCAGATAGATCCGCTCCTCACGCTGCCCCTGGCGGCTACCCAGGTCGGCGATCACCAGCCATGGGCACTTCATCAATGCATCGACTTCGCCAAACAGGGCCGCACGGCCGTTGGCCAGCCGATACTCCGCCCCACCCGCCCGGCGCTGCTGGGCGACCCGGTCAGGGTAGGCCAGCGCCAGCAGGGCGCCCAGCCAGCGTGGGTGGTCCGGGTCGGCGACCGGCGCACCGACCTTGCCACGCAACAGGCCACGGTATTGCCGGGCCAGCTGACGAGCACGCTGCACACCACCCTGGCCGCCACGCGCTGCCTTGCTCTCACCGCTGACCAGCGCAAGCCGGCTGTGCAAGTCGGCACCACCGCCACGCTGGATGTCCCGCTCCCCCAGCAGTGCAGCCACATCGCAGGCCATCTGTGC > AE015451/5433483‑5433943 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |