| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | = 728937 | 64 (1.030) | 5 (0.080) | 5/330 | NT | 7.4% | coding (426/963 nt) | rluD | 23S rRNA pseudouridine(1911,1915,1917) synthase |
| ? | AE015451 | = 728945 | 64 (1.080) | coding (434/963 nt) | rluD | 23S rRNA pseudouridine(1911,1915,1917) synthase | |||||
AGGCCGAACAAGAGGCCCAGGGCGAGTGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACA > AE015451/728711‑729172 | aGGCCGAACAAGAGGCCCAGGGCGAGTGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATg > 1:1017530‑M2/1‑235 (MQ=255)aGGCCGAACAAGAGGCCCAGGGCGAGTGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATg > 1:319278‑M2/1‑235 (MQ=255) gCCGAACAAGAGGCCCAGGGCGAGTGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATggt > 1:958331‑M2/1‑233 (MQ=255) cGAGTGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCCGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTg > 2:1076935/1‑232 (MQ=255) aGTGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAg < 2:460378/233‑1 (MQ=255) tGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATg > 2:719267‑M2/1‑209 (MQ=255) gATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGa > 1:1049426/1‑236 (MQ=255) agatCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGgcg < 2:588712/219‑1 (MQ=255) atCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCg < 1:428567/235‑1 (MQ=255) cTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGa > 1:600165/1‑235 (MQ=255) atCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGc > 1:1025139/1‑236 (MQ=255) cGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAg < 1:817954/235‑1 (MQ=255) 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acCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGcc > 2:881775/1‑234 (MQ=255) cacaTCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCTGGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCAGCCTGag > 2:152234/1‑163 (MQ=255) acaTCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGc > 2:1015342/1‑230 (MQ=255) aTCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCa > 2:745031/1‑193 (MQ=255) tCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCa < 1:658527/171‑1 (MQ=255) cTGGTGATCACCAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGAcc < 1:314604/174‑1 (MQ=255) cTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCCCCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCa < 1:481568/179‑1 (MQ=255) cTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCCAGCTGGt > 2:964444/1‑197 (MQ=255) ggTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCt > 2:493907/1‑230 (MQ=255) gATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATggtgg < 2:864105‑M2/158‑6 (MQ=255) caaGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCa > 2:1108633/1‑192 (MQ=255) gcTGGCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCa < 2:69998/207‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGCTGGTTGGGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGcc < 1:563303/198‑1 (MQ=255) gggCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGt > 1:556410/1‑176 (MQ=255) gggCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGGTGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGc > 1:2757/1‑172 (MQ=255) ggCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGAt > 1:211909/1‑226 (MQ=255) 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tGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGc > 2:951408/1‑206 (MQ=255) gCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGACAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGGATCGTGCACCGCCGTGACAAGGACACCACCGGCCTGATggtggtgtccttgtccaggcggtgcacgataccggcgcgcggcacgttg > 2:988784‑M2/1‑93 (MQ=255) tCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACTACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGgccgcc > 2:621942/1‑228 (MQ=255) cAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACggcggc > 1:335912/1‑235 (MQ=255) 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ccGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCcgg < 1:493908/235‑1 (MQ=255) gggcgcCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCcgg < 2:956550/231‑1 (MQ=255) cgcgcCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGgt > 1:657292/1‑236 (MQ=255) gcgcCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCAcggcg < 1:220912/189‑1 (MQ=255) 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ccaccatcaggccggtggtgtccttgtccaggcggtgcacgataccggcgcgcggcacgttgacgatgtctggcacatggtgcagcagcgcgttgagcagggtgccgctggcatgcccggccgccgggtgcacaaccagcccggcaggcttgttgatc < 2:864105‑M1/158‑154 (MQ=255) ccccGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATg < 1:117681/158‑1 (MQ=255) accatcaggccggtggtgtccttgtccaggcggtgcacgataccggcgcgcggcacgttgacgatgtctggcacatggtgcagcagcgcgttgagcagggtgccgctggcatgcccggccgccgggtgcacaaccagcccggcaggcttgttgatcaccaggatgtggtcgtcttcgtagacgatatccagttcgatatcttctgcgatccactcgccctgggcctcttgttcggc > 1:958331‑M1/1‑3 (MQ=255) catcaggccggtggtgtccttgtccaggcggtgcacgataccggcgcgcggcacgttgacgatgtctggcacatggtgcagcagcgcgttgagcagggtgccgctggcatgcccggccgccgggtgcacaaccagcccggcaggcttgttgatcaccaggatgtggtcgtcttcgtagacgatatccagttcgatatcttctgcgatccactcgccctgggcctcttgttcggcct > 1:319278‑M1/1‑1 (MQ=255) catcaggccggtggtgtccttgtccaggcggtgcacgataccggcgcgcggcacgttgacgatgtctggcacatggtgcagcagcgcgttgagcagggtgccgctggcatgcccggccgccgggtgcacaaccagcccggcaggcttgttgatcaccaggatgtggtcgtcttcgtagacgatatccagttcgatatcttctgcgatccactcgccctgggcctcttgttcggcct > 1:1017530‑M1/1‑1 (MQ=255) catcaggccggtggtgtccttgtccaggcggtgcacgataccggcgcgcggcacgttgacgatgtctggcacatggtgcagcagcgcgttgagcagggtgccgctggcatgcccggccgccgggtgcacaaccagcccggcaggcttgttgatcaccaggatgtggtcgtcttcgtagacgatatccagttcgatatcttctgcgatcca > 2:719267‑M1/1‑1 (MQ=255) cGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGa > 2:40066/1‑87 (MQ=255) | AGGCCGAACAAGAGGCCCAGGGCGAGTGGATCGCAGAAGATATCGAACTGGATATCGTCTACGAAGACGACCACATCCTGGTGATCAACAAGCCTGCCGGGCTGGTTGTGCACCCGGCGGCCGGGCATGCCAGCGGCACCCTGCTCAACGCGCTGCTGCACCATGTGCCAGACATCGTCAACGTGCCGCGCGCCGGTATCGTGCACCGCCTGGACAAGGACACCACCGGCCTGATGGTGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACA > AE015451/728711‑729172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |