| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 1094944 = | 60 (0.970) | 6 (0.100) | 5/326 | NT | 9.2% | coding (1117/1494 nt) | rpoN | RNA polymerase sigma‑54 factor |
| ? | AE015451 | 1095025 = | 62 (1.060) | coding (1036/1494 nt) | rpoN | RNA polymerase sigma‑54 factor | |||||
GCCGCAACCAGTTTCTTGATGATCGCGCGGATCGCCGTGGACGAGCATTCTCCGCCTTCGGAGGTGCTGACATGGCTGGAGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGTTCTACCAGCCAACGGTCGCTGTCCTTGCGCACG > AE015451/1094712‑1095170 | ggcatcgaactggtgcaacgccttaacccgcgccctggttcgcagatcgagtccagcgagcccgagtccgtggtgcccgacgtcatcgtgcgcaaggacagcgaccgttggctggtagaactgaaccaggaagccatcccacgcctgcgcgtcaacccacaatacgccggcttcgtgcgccgtgccgacaccagcgccgacaacaccttcatgcgcaaccagctgcaggaagc‑gc > 1:185540‑M1/233‑235 (MQ=255) tcatcgaactggtgcaaagccttaacccgcgccctggttcgcagatcgagtccagcgagcccgagtacgtggtgcccgacgtcatcgtgcgcaaggacagcgaccgttggctggtagaactgaaccaggaagccatcccacgcctgcgcgtcaacccacaatacgccggcttcgtgcgccgtgccgacaccagcgccgacaacaccttcatgcgcaaccagctgcaggaagc‑gcgc > 1:582084‑M1/232‑236 (MQ=255) aCCAGTTTCTTGATGATCGCGCGGATCGCCGTGGACGAGCATTCTCCGCCTTCGGAGGTGCTGACATGGCTGGGGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTg < 1:626317/236‑1 (MQ=255) gcgcgGATCGCCGTGGACGAGCATTCTCCGCCTTCGGAGGTGCTGACATGGCTGGAGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTggt > 2:794281/1‑235 (MQ=255) acccgcgccctggttcgcagatcgagtccagcgagcccgagtacgtggtgcccgacgtcatcgtgcgcaaggacagcgaccgttggctggtagaactgaaccaggaagccatcccacgcctgcgcgtcaacccacaatacgccggcttcgtgcgccgtgccgacaccagcgccgacaacaccttcatgcgcaaccagctgcaggaagc > 2:296724‑M1/208‑208 (MQ=255) aTCGCCGTGGACGAGCATTCTCCGCCTTCGGAGGTGCTGACATGGCTGGAGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCtt < 1:287367/236‑1 (MQ=255) gAGCATTCTCCGCCTTCGGAGGTGCTGACATGGCTGGAGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCc‑g < 1:876541/192‑1 (MQ=255) aTTCTCCGCCCTCGGAGGTGCTGCCATTGCTGGAGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTa < 1:326524/236‑1 (MQ=255) tctcCGCCTTCGGAGGTGCTGACATGGCTGGAGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACg > 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tgtgCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCg > 1:1049489/1‑141 (MQ=255) ttCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCg < 2:654354/234‑1 (MQ=255) gCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACg > 1:463012/1‑235 (MQ=255) gTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAg > 2:1110225/1‑140 (MQ=255) 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cacgcctgcgcgtcaacccacaatacgccggcttcgtgcgccgtgccgacaccagcgccgacaacaccttcatgcgcaaccagctgcaggaagc‑gc < 2:1114731‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgcctgcgcgtcaacccacaatacgccggcttcgtgcgccgtgccgacaccagcgccgacaacaccttcatgcgcaaccagctgcaggaagc‑gc > 1:1114732‑M1/94‑96 (MQ=255) ccGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACg < 1:235432/232‑1 (MQ=255) cgcgAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAAcc < 1:1118456/166‑1 (MQ=255) gcgAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGgcgc < 1:532224/227‑1 (MQ=255) 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ttCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTgg < 2:358981/146‑1 (MQ=255) cgtcgCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGGTTCCTGCAGCTGGTTTGGCATGAAGGTGTTGTGGgcggt > 2:392608/1‑140 (MQ=255) cgtcgCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGtt < 2:414484/216‑1 (MQ=255) cgtcgCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGGATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGTTCTACCAGCCAACGGTCGCt > 1:187181/1‑235 (MQ=255) gtcgCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGTTCTACCAGCCAACGGTCGCTg > 1:1066328/1‑235 (MQ=255) tcgCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGTTCTACCAGCCAACGGTCGCt > 2:961859/1‑233 (MQ=255) cgCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGTTCTACCAGCCAACGGTCGCTGTc > 1:153019/1‑235 (MQ=255) gTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAg < 2:678082/75‑1 (MQ=255) cagctgcaggaagCCGCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTGCCTGCCGCTg < 2:112527‑M1/95‑1 (MQ=255) cagctgcaggaagC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGt < 2:753458‑M1/150‑1 (MQ=255) gAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGTTCTACCAGCCAACGGTCGCTGTCCTTGCGCACg < 1:794282/235‑1 (MQ=255) aaGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTg > 2:993008/1‑165 (MQ=255) | GCCGCAACCAGTTTCTTGATGATCGCGCGGATCGCCGTGGACGAGCATTCTCCGCCTTCGGAGGTGCTGACATGGCTGGAGAAAAAGTATTTCAGTTCGTAGATGCCACGCGGGGTGTGCATGTATTTCTGCGTGGTAACCCGCGAAATGGTCGATTCGTGCATGCCTACGGCTTCGGCAATGTCATGCAGTACCAACGGCTTCATCGCTTCGTCGCCGTGGTCGAGGAAGCC‑GCGCTGGTGCTCGACGATCTGCGTGGCAACCTTCATCAGGGTTTCGTTACGGCTTTGCAGGCTCTTGATGAACCAGCGCGCTTCCTGCAGCTGGTTGCGCATGAAGGTGTTGTCGGCGCTGGTGTCGGCACGGCGCACGAAGCCGGCGTATTGTGGGTTGACGCGCAGGCGTGGGATGGCTTCCTGGTTCAGTTCTACCAGCCAACGGTCGCTGTCCTTGCGCACG > AE015451/1094712‑1095170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |