| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 4701761 = | 57 (0.920) | 4 (0.070) | 4/324 | NT | 7.2% | coding (1699/2055 nt) | kdpB | K+ transporting ATPase, KdpB subunit |
| ? | AE015451 | 4701808 = | 50 (0.860) | coding (1652/2055 nt) | kdpB | K+ transporting ATPase, KdpB subunit | |||||
TGCACGCGCACCCCACGCAGCGCCAGCGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAGGCGGCCGTCATTCTGCTCCTGGCGAATGCGCGCCAGCTTCTTCTCGGGCGTGGCCTCGGCCAGCACGTC > AE015451/4701529‑4701989 | tGCACGCGCACCCCACGCAGCGCCAGCGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGAc > 1:687268/1‑236 (MQ=255) cgacaacccgttgactgcggccgccatcgccgccgaagcgggggtcgatgacgtgctggccgaggccacgcccgagaagaagctggcgcgcattcgccaggagcagaatgacggccgcctggttgccatgtgtggcgacggtgccaacgacgccccggcactagcccaggctgacgtaggcatggccatgaacgacggcactcaggctgcgcgggaggccgcgaacatggtCGa < 1:821682‑M1/3‑1 (MQ=255) cccgttgactgcggccgccatcgccgccgaagcgggggtcgatgacgtgctggccgaggccacgcccgagaagaagctggcgcgcattcgccaggagcagaatgacggccgcctggttgccatgtgtggcgacggtgccaacgacgccccggcactagcccaggctgacgtaggcatggccatgaacgacggcactcaggctgcgcgggaggccgcgaacatggtCGACCTg > 2:970930‑M1/226‑232 (MQ=255) cGCAGCGCCAGCGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGcc < 1:568900/218‑1 (MQ=255) cGCAGCGCCAGCGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCcag > 1:632495/1‑236 (MQ=255) ccgccatcgccgccgaagcgggggtcgatgacgtgctggccgaggccacgcccgagaagaagctggcgcgcattcgccaggagcagaatgacggccgcctggttgccatgtgtggcgacggtgccaacgacgccccggcactagcccaggctgacgtaggcatggccatgaacgacggcactcaggctgcgcgggaggccgcgaacatggtCGa < 1:171169‑M1/3‑1 (MQ=255) aGCGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCt > 2:908489/1‑214 (MQ=255) aGCGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGa > 1:501403/1‑217 (MQ=255) cGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTgg > 2:817636/1‑233 (MQ=255) aTGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTc < 1:254796/236‑1 (MQ=255) tCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGa > 1:525219/1‑195 (MQ=255) tCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGAc > 1:622454/1‑235 (MQ=255) cgTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTggtcgggt < 2:940980/213‑1 (MQ=255) cgTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTc < 1:311655/236‑1 (MQ=255) gTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGt > 2:971865/1‑233 (MQ=255) gTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGCGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTcg > 1:151591/1‑236 (MQ=255) cacGAGCGCCGACAGCATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGATCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGcc < 1:145730/235‑1 (MQ=255) cGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTc < 1:955921/235‑1 (MQ=255) ccGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCgcgc > 1:625678/1‑235 (MQ=255) aCAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAg > 2:687477/1‑234 (MQ=255) ggATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCAt > 2:821681/1‑211 (MQ=255) aTCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCcg < 1:32270/224‑1 (MQ=255) tCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCt < 1:548368/193‑1 (MQ=255) gcTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGAGACCAGCAGCTCCTTGACGACCTGGACTACGTCcag > 2:171169/1‑171 (MQ=255) tGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGc < 2:619293/229‑1 (MQ=255) gCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCcgcg > 1:474820/1‑216 (MQ=255) gcggtGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTc < 2:474819/197‑1 (MQ=255) 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cACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAgg < 1:765246/188‑1 (MQ=255) aaCCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGACGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGTGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTg < 2:97080/138‑1 (MQ=255) gcgGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAGGCGGCCGTCAtt > 1:1098222/1‑195 (MQ=255) gggTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCGTGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAGGCGGCCGTCATTCTGCTCCTGGCGAATGCGCGCCAGCTTCTTCTCGGGCGTGGc > 1:589091/1‑235 (MQ=255) ggTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAGGCGGCCGTCATTCTGCTCCTGGCGAATGCGCGCCAGCTTCTTCTCGGGCGTgg > 2:1085520/1‑233 (MQ=255) ggTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAGGCGGCCGTCATTCTGCTCCTGGCGAATGCGCGCCAGCTTCTTCTCGGGCGTGGCCt > 1:520347/1‑236 (MQ=255) cgggaggccgcgaacatggtCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTggtcggg < 2:148321‑M1/32‑1 (MQ=255) cgggaggccgcgaacatggtCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTggtcggg > 1:148321‑M1/21‑52 (MQ=255) tCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAGGCGGCCGTCATTCTGCTCCTGGCGAATGCGCGCCAGCTTCTTCTCGGGCGTGGCCTCGGCCAGCACGTc < 1:362751/236‑1 (MQ=255) tGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTg > 2:405965/1‑83 (MQ=255) tGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTg < 1:405966/83‑1 (MQ=255) | TGCACGCGCACCCCACGCAGCGCCAGCGGGATCAGCACGATAATGATCAGCGCGTTGAACACGATCGCCGACAGGATCGCGCTCTGCGGGCTGGCCAGTTGCATCAGGTTGAGCACACCCAGTTGCGGGTAGATGGCTGCGAACAGCGCCGGCAGGATGGCGAAGTATTTGGCCACGTCGTTGGCAATGGAGAACGTTGTCAACGCACCGCGGGTGACCAGCAGCTCCTTGCCGACCTGGACTACGTCCAGCAGCTTGGTCGGGTCGCTGTCCAGGTCGACCATGTTCGCGGCCTCCCGCGCAGCCTGAGTGCCGTCGTTCATGGCCATGCCTACGTCAGCCTGGGCTAGTGCCGGGGCGTCGTTGGCACCGTCGCCACACATGGCAACCAGGCGGCCGTCATTCTGCTCCTGGCGAATGCGCGCCAGCTTCTTCTCGGGCGTGGCCTCGGCCAGCACGTC > AE015451/4701529‑4701989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |