New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 5439097 | 48 (0.780) | 3 (0.050) | 3/326 | NT | 7.8% | coding (259/633 nt) | rluE | 23S rRNA pseudouridine 2457 synthase |
? | AE015451 | = 5439256 | 25 (0.430) | coding (100/633 nt) | rluE | 23S rRNA pseudouridine 2457 synthase |
CACTCGGTTCACCCTCCACCTGCACCCAGTAGGTCTTGGCCAGCTTGTGCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCGAAGCTGCGCAGTTTACGCGAGTGCAGCGAGTTGAGCTCGGTGCGCAGCAGATCGAGGGCAGCAATGCCGATCTTCAGGTGCTGGCTGA > AE015451/5439025‑5439471 | cACTCGGTTCACCCTCCACCTGCACCCAGTAGGTCTTGGCCAGCTTGTGCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATcag > 1:745421‑M2/1‑232 (MQ=255) tCGGTTCACCCTCCACCTGCACCCAGTAGGTCTTGGCCAGCTTGTGCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATcaggcgc > 1:54225‑M2/1‑229 (MQ=255) cTCCACCTGCACCCAGTAGGTCTTGGCCAGCTTGTGCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATcaggcgcg < 2:562785‑M2/227‑9 (MQ=255) tAGGTCTTGGCCAGCTTGTGCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGACCTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTCGTTGAACAGGAt > 2:943336/1‑203 (MQ=255) gtgCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTc > 2:957093/1‑198 (MQ=255) gtgCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCcggcg > 1:20189/1‑235 (MQ=255) taggCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCcgg < 2:420618/221‑1 (MQ=255) cATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACgg < 1:75823/236‑1 (MQ=255) agcaaGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATgg < 1:1132673/235‑1 (MQ=255) gctgtcgctgtcCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATcaggcgcggattgccgatccgaagcacaagctggccaagaccta > 2:982943‑M2/1‑123 (MQ=255) ggTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCa < 2:623504/167‑1 (MQ=255) gTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATgg < 1:72839/215‑1 (MQ=255) ggccggGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTg > 1:215364/1‑122 (MQ=255) ccggGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATcaggcgc < 2:1036547‑M2/107‑8 (MQ=255) ccggGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGt > 2:625193/1‑180 (MQ=255) aTGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGGGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATcc > 2:1108770/1‑188 (MQ=255) tGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTg > 2:971633/1‑161 (MQ=255) aTGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCa > 1:496888/1‑169 (MQ=255) aGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCcgg < 1:134426/112‑1 (MQ=255) gCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCt > 2:484443/1‑170 (MQ=255) cGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCGAAGCTGCGCAGTTTACGCGAGTGCAGCg < 2:393610/218‑1 (MQ=255) cGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCGAAGCTGCGCAGTTTACGCGAGTGCAGCGAGTTGAGCTCGGTgcgc < 1:508011/235‑1 (MQ=255) cgcgcCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGGGgc > 2:228494/1‑80 (MQ=255) gcCCTGCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCGCGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTc < 2:140049/67‑1 (MQ=255) cccTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGAACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGgcg < 2:599365/77‑1 (MQ=255) aCCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGAGCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAAcgg < 2:135906/165‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCGa > 1:89556/1‑175 (MQ=255) gCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCGAAGCTGCGCAGTTTACGCGAGTGCAGCGAGTTGAGCTCGGTGCGCAGCAGATCGAGGgca > 1:399382/1‑229 (MQ=255) aaCTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATcaggcgcggattgccgatccgaagcacaagctggccaagacctactgggtgcgggtggagggtga < 2:1057946‑M2/103‑66 (MQ=255) gCACATCGAACGGTTTGTTGAACAGGATcaggcgcggatggccgatccgaggcacaagctggccaagacctactgg > 1:189518‑M2/1‑28 (MQ=255) cGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCgggg > 2:360551/1‑43 (MQ=255) gAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACAGCGGCTCATCGAAGCTGCGCAGTTTACGCGAGTGCAGCGAGTTGAGCTCGGTGCGCAGCAGATCGAGGGCAGCAATGCCGATCTTCAGGTGCTGGCTGa < 1:670299/236‑1 (MQ=255) aaCGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACCTGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCCAAGCTGCGCAGGTTAcgcgc > 2:40198/1‑166 (MQ=255) aCGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGAt > 2:834688/1‑122 (MQ=255) ttgAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCCggg > 1:204205/1‑65 (MQ=255) cgggATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCGAAGCTGCGCAGTTTACGCGAGTGCAGCGAGTTGAGCTCGGTGCGCAGCAGATCGAGGGCAGCAATGCCGATCTTCAGGTGCTGGCTGa < 1:291340/219‑1 (MQ=255) gATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGggcg > 1:384214/1‑72 (MQ=255) | CACTCGGTTCACCCTCCACCTGCACCCAGTAGGTCTTGGCCAGCTTGTGCTTCGGATCGGCAATCCGCGCCTGCAACCCGCCATCGTTGGTCAGCAACAGCAAGCCTTCGCTGTCGCGGTCCAGCCGCCCGGCCGGGTATACGCCCGGAATGTCGATGAAGTCCTTGAGCGTCGCGCGCCCTTCACCGTCGCTGAACTGGGTCAGCACGTCGAACGGTTTGTTGAACAGGATCAGGCGCGGCTCGGCGGGTGGCGCCTTGGCCTGGCGACGCGGGCCGGCGGCAGGCCGCGCCTGGGGGCGGCGCGGCTTGTTACGGGGTGGCAGTGACATGGATCCTCAGCGGAACGGCGGCTCATCGAAGCTGCGCAGTTTACGCGAGTGCAGCGAGTTGAGCTCGGTGCGCAGCAGATCGAGGGCAGCAATGCCGATCTTCAGGTGCTGGCTGA > AE015451/5439025‑5439471 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |