New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 2183822 | 74 (1.040) | 5 (0.070) | 5/328 | NT | 6.6% | intergenic (+53/‑121) | PP_5489/PP_5490 | conserved protein of unknown function/site‑specific DNA recombinase |
? | AE015451 | = 2183830 | 72 (1.080) | intergenic (+61/‑113) | PP_5489/PP_5490 | conserved protein of unknown function/site‑specific DNA recombinase |
TAAATTACAGGTGTGGCCATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTGACGCAGTCAGGATGCGCGAGGATTTTTGAGGAGAAAATTAGCGGC > AE015451/2183592‑2184053 | tAAATTACAGGTGTGGCCATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTc < 2:460980/234‑1 (MQ=255) gCCATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGttatgcgac < 2:864061‑M2/233‑10 (MQ=255) gCCATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGc > 1:814680/1‑236 (MQ=255) cATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGccc > 1:744964/1‑236 (MQ=255) cATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGccc < 1:141669/236‑1 (MQ=255) cATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGc > 2:1195767/1‑234 (MQ=255) aTTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCCGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGttatgcga < 2:84277‑M2/229‑9 (MQ=255) aTTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGttatgcgaca < 1:1121354‑M2/231‑11 (MQ=255) aTTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGccc > 1:365494/1‑235 (MQ=255) aTTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGccc > 1:467994/1‑235 (MQ=255) tCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGttatgcgaca < 1:542004‑M2/225‑11 (MQ=255) 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cTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTg < 1:360794/236‑1 (MQ=255) gATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTg > 1:62875/1‑236 (MQ=255) gAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGAtct > 2:233375/1‑218 (MQ=255) 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tCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCTGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAAtggt < 2:454707/234‑1 (MQ=255) tCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAAtggt < 2:814675/234‑1 (MQ=255) gAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGAtc > 2:530643/1‑178 (MQ=255) gAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTg > 1:525936/1‑199 (MQ=255) 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TAAATTACAGGTGTGGCCATTCGATCCGCTAGAGCTGGATGAGGATCAGCTGCGGATTGCGGTCGCAGTTAGTTTCAATGAGTTTGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTGACGCAGTCAGGATGCGCGAGGATTTTTGAGGAGAAAATTAGCGGC > AE015451/2183592‑2184053 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |