| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AE015451 | 5128868 = | 84 (1.180) | 5 (0.070) | 5/342 | NT | 5.8% | coding (237/438 nt) | PP_4515 | Transcriptional regulator, MarR family |
| ? | AE015451 | 5128906 = | 79 (1.130) | coding (199/438 nt) | PP_4515 | Transcriptional regulator, MarR family | |||||
GGCTTGCACTGCACCTGCATCGATGGGTGAGCTCAGGACTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGG > AE015451/5128635‑5129099 | ggCTTGCACTGCACCTGCATCGATGGGTGAGCTCAGGACTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGccc < 1:551546/236‑1 (MQ=255) gCTTGCACTGCACCTGCATCGATGGGTGAGCTCAGGACTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGccc < 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cTGCATCGATGGGTGAGCTCAGGACTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAgg > 1:1280464/1‑235 (MQ=255) tCGATGGGTGAGCTCAGGACTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCt > 2:897839/1‑224 (MQ=255) gggTGAGCTCAGGACTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCa > 1:1101999/1‑235 (MQ=255) 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aCGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTaa > 2:765997/1‑220 (MQ=255) cgcgCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTc < 1:1142720/235‑1 (MQ=255) gcgcATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTc < 1:512097/234‑1 (MQ=255) 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tccgcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCtt < 2:174106/86‑1 (MQ=255) gcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGc < 1:142122/63‑1 (MQ=255) gcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTg < 1:209909/101‑1 (MQ=255) gcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCa < 1:363516/106‑1 (MQ=255) gcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCCGCAACCCCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCaa > 1:88406/1‑216 (MQ=255) gcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGa < 2:1162164/181‑1 (MQ=255) gcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCa > 1:461998/1‑235 (MQ=255) gcccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAg > 1:663947/1‑236 (MQ=255) ccccgccGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGc < 2:166137/62‑1 (MQ=255) ccgccgATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAg > 1:1242625/1‑234 (MQ=255) gATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGCCGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTg < 2:1259678/139‑1 (MQ=255) cctccAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCa < 2:886143/236‑1 (MQ=255) agagcgtaggcgtcgaaggcccgaCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGa < 1:716286‑M1/50‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGACAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGcc > 1:50731/1‑219 (MQ=255) cACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTgg < 1:484757/214‑1 (MQ=255) cACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTgg > 2:484752/1‑214 (MQ=255) cGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGGGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCgg < 2:420077/118‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTgttggtt > 1:1211736/1‑235 (MQ=255) gCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTgttg > 2:804187/1‑232 (MQ=255) ccGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAg < 2:1150480/210‑1 (MQ=255) cGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACAccagc < 1:1216865/132‑1 (MQ=255) cgcCCCAGCCCTGGCGCTTCCCGGCTGTCGAGCAGCCGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGt < 1:244661/235‑1 (MQ=255) cgcACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGcc > 1:573044/1‑184 (MQ=255) cgcACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGcc < 2:573039/184‑1 (MQ=255) cAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAgg < 1:1196664/235‑1 (MQ=255) cAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAgg < 1:517176/235‑1 (MQ=255) CCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGCGTCGGCGCTTCTTCGCAGCGGgccc < 2:371751‑M1/104‑2 (MQ=255) CCCTTGCGCTTCCAGGCTGGCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTg > 2:19968‑M1/1‑132 (MQ=255) | GGCTTGCACTGCACCTGCATCGATGGGTGAGCTCAGGACTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGG > AE015451/5128635‑5129099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |