| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 5128868 = | 84 (1.180) | 5 (0.070) | 5/342 | NT | 5.8% | coding (237/438 nt) | PP_4515 | Transcriptional regulator, MarR family |
| ? | AE015451 | 5128906 = | 79 (1.130) | coding (199/438 nt) | PP_4515 | Transcriptional regulator, MarR family | |||||
CTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGGGGCATAAGGAACTCATTGG > AE015451/5128673‑5129118 | cTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTc < 2:1024031/235‑1 (MQ=255) tCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGcc > 1:1130442/1‑236 (MQ=255) gAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGc > 2:698064/1‑233 (MQ=255) ggCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACg < 1:1144337/235‑1 (MQ=255) ccAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGa > 2:698164/1‑231 (MQ=255) cATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTggg > 2:512092/1‑234 (MQ=255) cATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGc > 1:799662/1‑235 (MQ=255) aCGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTaa > 2:765997/1‑220 (MQ=255) 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(MQ=255) gATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGCCGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTg < 2:1259678/139‑1 (MQ=255) cctccAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCa < 2:886143/236‑1 (MQ=255) agagcgtaggcgtcgaaggcccgaCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGa < 1:716286‑M1/50‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGACAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGcc > 1:50731/1‑219 (MQ=255) cACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTgg < 1:484757/214‑1 (MQ=255) cACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTgg > 2:484752/1‑214 (MQ=255) cGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGGGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCgg < 2:420077/118‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTgttggtt > 1:1211736/1‑235 (MQ=255) gCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTgttg > 2:804187/1‑232 (MQ=255) tcgaaggcccgaccctggcgcgtctgctcgacagcctggaagcgcaagggTCGGGCCTTCGACGCCTACGctct < 1:716286‑M2/24‑1 (MQ=255) ccGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAg < 2:1150480/210‑1 (MQ=255) cGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACAccagc < 1:1216865/132‑1 (MQ=255) aaggcccgaccctggcgcgtctgctcgacagcctggaagcgcaagggTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTggg > 2:195920‑M2/48‑143 (MQ=255) cgcCCCAGCCCTGGCGCTTCCCGGCTGTCGAGCAGCCGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGt < 1:244661/235‑1 (MQ=255) cgcACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGcc > 1:573044/1‑184 (MQ=255) cgcACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGcc < 2:573039/184‑1 (MQ=255) cAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAgg < 1:517176/235‑1 (MQ=255) cAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAgg < 1:1196664/235‑1 (MQ=255) CCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGCGTCGGCGCTTCTTCGCAGCGGgccc < 2:371751‑M1/104‑2 (MQ=255) CCCTTGCGCTTCCAGGCTGGCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTg > 2:19968‑M1/1‑132 (MQ=255) gcTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGgt < 1:1279187/208‑1 (MQ=255) gcTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGgt > 2:1279182/1‑208 (MQ=255) cgtctgctcgacagcctggaagcgcaagggTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGCAGCGGGCCAGGGGCAGCCACACCAGCCAGCCCGCCTgg > 2:391293‑M2/31‑125 (MQ=255) ttCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGGGGCATAAGGAACt < 1:779131/236‑1 (MQ=255) aGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAAc > 2:1190446/1‑166 (MQ=255) aGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGGGGCATAAGGAACTCAtt > 1:892499/1‑236 (MQ=255) gCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGGGGCATAAGGAACTCATTgg < 1:406681/236‑1 (MQ=255) cgacagcctggaagcgcaagggTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGGTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGt > 1:211636‑M2/23‑211 (MQ=255) gTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGc < 2:984731/52‑1 (MQ=255) tCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCGTCGACGCCTACGCTCGGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTGCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGGGGCATAAg < 1:163984/221‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGgtg > 1:600685/1‑184 (MQ=255) | CTTTTCGAGGTTGGCCAGGATCTTGGCATGCACGCGCATACAGACCTGCAAGTCCGCCTCGTCCACGCCGGTAAACAGCTCTACCCGCAGCTGGTTGGCGATGGTCTCGATCTGATCGATCAACGGCTTGGCCGGCGGGCACAGTACAATCTTCTTCGCCCGCCGATCCTCCAGCACCGCCTGCCGGCGCACCAGCCCTTGCGCTTCCAGGCTGTCGAGCAGACGCGCCAGGGTCGGGCCTTCGACGCCTACGCTCTGGGCCAGCTCACGCTGTGTCGGGGCTTCTTCGAAGCGGGCCAGGTGCAGCAACACCAGCCAGCGCGCCTGGGACAGGTTGAGCCCGGCCAGGCGGCGGTCCAGCTCGGCACGCCAACCTCGGGACATCTGGGCCAGTTGCATGCCAAAGCGGTGTTGGTTGTCGTTCAGGGGCATAAGGAACTCATTGG > AE015451/5128673‑5129118 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |