New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 147220 | 27 (0.660) | 3 (0.080) | 3/320 | NT | 11.0% | coding (978/1230 nt) | PP_0138 | conserved membrane protein of unknown function |
? | AE015451 | = 147242 | 23 (0.590) | coding (1000/1230 nt) | PP_0138 | conserved membrane protein of unknown function |
GCCCTGAAACGGGTGAAGGTGTATGAAGCCTTTGTCGAAGGCGCCACGGAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGCGGTCGGTTGCGCACTGCTGGCCGAGTTTTCAGGGGTAGTCGCGGCGATC > AE015451/147002‑147445 | gcCCTGAAACGGGTGAAGGTGTATGAAGCCTTTGTCGAAGGCGCCACGGAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGtt > 1:701341/1‑230 (MQ=255) gcCCTGAAACGGGTGAAGGTGTATGAAGCCTTTGTCGAAGGCGCCACGGAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTg > 1:489983/1‑235 (MQ=255) gggTGAAGGTGTATGAAGCCTTTGTCGAAGGCGCCACGGAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGcgctgccag < 1:21363‑M1/218‑10 (MQ=255) tgtATGAAGCGTTTGTCGAAGGCGCCACGGAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCa < 1:310515/204‑1 (MQ=255) ttGTGGAAGGCGCCACGGAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCgag > 2:501780/1‑233 (MQ=255) gAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGc < 1:310335/234‑1 (MQ=255) gCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGa < 1:501781/235‑1 (MQ=255) tgtgGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACCCGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCg > 2:26880/1‑169 (MQ=255) aaGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTg > 2:559545/1‑169 (MQ=255) cgggtggCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTtctc < 2:196289/135‑1 (MQ=255) gCGGTGGGTGTGCTTCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCg < 1:159959/181‑1 (MQ=255) gggtgTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCCGCGACGATTc > 1:371199/1‑212 (MQ=255) cgcgcCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAac > 1:719110/1‑218 (MQ=255) tctGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACTGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTGAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCa < 2:590381/129‑1 (MQ=255) gTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCAt < 1:30446/142‑1 (MQ=255) cccTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGcgctgccagagaacggcttgaccagc > 1:550103‑M1/1‑89 (MQ=255) cccTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGcgctgccagagaacggcttgaccagc < 2:550102‑M1/115‑27 (MQ=255) gAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAac < 2:316061/200‑1 (MQ=255) cgggCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCGTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCa < 1:77160/112‑1 (MQ=255) cGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCTGTGTACTTTgg < 1:708390/209‑1 (MQ=255) aTGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCCCCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTa < 1:88499/199‑1 (MQ=255) gTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATcc > 2:414680/1‑214 (MQ=255) tGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACtttt > 2:120642/1‑192 (MQ=255) gggCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGGGGCa > 1:86626/1‑133 (MQ=255) ggCCTGGACACGCGCTTCGTCGACGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGCGGTCGGTTGCGCActgct < 1:261039/236‑1 (MQ=255) tGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGCGGTCGGTTGCGCACTGCTGGc > 1:705146/1‑235 (MQ=255) gACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGcc < 2:691139/171‑1 (MQ=255) cTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGCGGTCGGTTGCGCACTGCTGGCCGAGTTTTCAg > 1:494376/1‑236 (MQ=255) tGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCCAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAaccac > 2:260845/1‑133 (MQ=255) ccACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGCGGTCGGTTGCGCACTGCTGGCCGAGTTTTCAGGGGTAGTCGCGGCGATc < 1:509320/236‑1 (MQ=255) cACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGCGGTCGGTTGCGCACTGCTGGCCGAGTTTTCAGGGGTAGTCGCGGCGa > 2:473126/1‑233 (MQ=255) gcTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGcagcgcggtgggcaggccctcgacgaagcgcgtgtccaggcccatccagctaaccgcatggcggataccgtccagggccagctccaggg < 2:550102‑M2/115‑90 (MQ=255) gcTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGcagcgcggtgggcaggccctcgacgaagcgcgtgtccaggcccatccagctaaccgcatggcggataccgtccagggccagctccaggg > 1:550103‑M2/1‑26 (MQ=255) gcTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGc > 1:154246/1‑180 (MQ=255) | GCCCTGAAACGGGTGAAGGTGTATGAAGCCTTTGTCGAAGGCGCCACGGAAGGCTTCGATGTGGCCAAGAGCCTGCTGCCCTACCTGGTGGCGATGCTGGTGGCGGTGGGTGTGCTGCGCGCCTCTGGTGCCCTGGAGCTGGCCCTGGACGGTATCCGCCATGCGGTTAGCTGGATGGGCCTGGACACGCGCTTCGTCGAGGGCCTGCCCACCGCGCTGGTCAAGCCGTTCTCTGGCAGCGCAGCGCGGGCAATGCTGATCGAGACCATGCAGACCCAAGGCGTGGACAGTTTCCCTGCCTTGGTGGCAGCGACGATTCAGGGCAGCACCGAAACCACCTTCTACGTACTGGCCGTGTACTTTGGTGCCGTGGGCATCCAGCGCGTGCGCCATGCGGTCGGTTGCGCACTGCTGGCCGAGTTTTCAGGGGTAGTCGCGGCGATC > AE015451/147002‑147445 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |