New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 5195895 | 43 (1.050) | 4 (0.100) | 4/320 | NT | 9.8% | coding (620/690 nt) | ybgJ | allophanate hydrolase subunit |
? | AE015451 | = 5195952 | 33 (0.850) | coding (563/690 nt) | ybgJ | allophanate hydrolase subunit |
CGCCCCCAACGGGTTGCCCAGCAGCCAGTTGGCCCAGTGCATCGCCACCCAGTCCAGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGG > AE015451/5195673‑5196128 | cgcCCCCAACGGGTTGCCCAGCAGCCAGTTGGCCCAGTGCATCGCCACCCAGTCCAGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCggg > 2:519608/1‑233 (MQ=255) cagcagCCAGTTGGCCCAGTGCATCGCCACCCAGTCCAGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCct > 1:762444/1‑235 (MQ=255) cagcagCCAGTTGGCCCAGTGCATCGCCACCCAGTCCAGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCct > 1:71479/1‑235 (MQ=255) cagcagCCAGTTGGCCCAGTGCATCGCCACCCAGTCCAGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCct > 1:26665/1‑235 (MQ=255) tGGCCCAGTGCATCGCCACCCAGTCCAGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGt > 1:103278/1‑236 (MQ=255) aGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGCACAACCGCACCGGGGTGCGccc > 1:175503/1‑235 (MQ=255) tcccTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGt < 2:185096/162‑1 (MQ=255) gcccTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAgg < 2:267983/234‑1 (MQ=255) ccTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTg > 2:100442/1‑181 (MQ=255) aCGCCAAGGTGGCGCACGCCAACGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCctcac < 2:10735/183‑1 (MQ=255) cAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGaa > 2:656453/1‑192 (MQ=255) gcgcACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGccc < 2:489490/206‑1 (MQ=255) aaaGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCCCCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCg < 2:199521/198‑1 (MQ=255) aTCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTCGGCCGCCGTCTGgcg > 1:194474/1‑236 (MQ=255) aTCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGgcg > 1:356631/1‑236 (MQ=255) aCTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCg > 2:617418/1‑200 (MQ=255) aCTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCg < 1:617419/200‑1 (MQ=255) aaCGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCAGCACGAAGCGCACCCGGTCAcc > 2:410771/1‑109 (MQ=255) tCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCACGTTCCAGCCACCCGGc > 2:129224/1‑176 (MQ=255) tCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGGTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCAccc > 2:67424/1‑143 (MQ=255) gATCATCACCTGCTTCATCCCTGCGCCTCCCCATCCCCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCCAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGgc < 1:190830/202‑1 (MQ=255) tcaACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCgg < 1:470770/168‑1 (MQ=255) caccTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCCCCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGc < 1:125814/232‑1 (MQ=255) ttCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATAccc < 2:762443/203‑1 (MQ=255) cATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTgg > 1:566346/1‑230 (MQ=255) cATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTAc > 2:702930/1‑235 (MQ=255) ccTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAg < 1:283489/235‑1 (MQ=255) tGCGCCTCCCCATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAACCCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGccc < 2:219662/131‑1 (MQ=255) gcCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTgg < 2:188320/177‑1 (MQ=255) cTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCcggtgcggttgttcgaccgtgagcgtgagggttacagcctct > 1:606985‑M1/1‑59 (MQ=255) cTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCcggtgcggttgttcgaccgtgagcgtgagggttacagcctct < 2:606984‑M1/101‑43 (MQ=255) cTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCt < 1:405014/212‑1 (MQ=255) cTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCAACGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCt > 2:405013/1‑212 (MQ=255) caccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCccgccg < 1:321554/192‑1 (MQ=255) aTGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCcggtgcggttgttcgaccgtgagcgtgagggttacagcctcttgca > 1:590302‑M1/1‑43 (MQ=255) aTGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCcggtgcggttgttcgaccgtgagcgtgagggttacagcctcttgca < 2:590301‑M1/89‑47 (MQ=255) aTGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGc < 1:563017/57‑1 (MQ=255) aTGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGc > 2:563016/1‑57 (MQ=255) tGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTCCCCAGACGAGGGCTGGCCCgg > 2:760738/1‑227 (MQ=255) cAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCgggga > 2:119946/1‑139 (MQ=255) ttCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGc < 1:690676/53‑1 (MQ=255) ttCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGc > 2:690675/1‑53 (MQ=255) ttCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGCCGAGGGCTGGCCa > 1:17929/1‑215 (MQ=255) gCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCAcgcg > 1:82889/1‑180 (MQ=255) gAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGgccgcc > 2:561872/1‑132 (MQ=255) gAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGgccgcc < 1:561873/132‑1 (MQ=255) ccccgCACGAAGCGCACCCGGTCCCCGGGGTGCAAGAGGCTGTACCCCTCGCGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCAcg < 2:210187/164‑1 (MQ=255) cgcACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTCGGCCGCCGTCTGGCGCTCCGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGc > 2:46752/1‑163 (MQ=255) gccggtgcggttgttcgaccgtgagcgtgagggttacagcctcttgcaa < 2:14604‑M1/48‑48 (MQ=255) ccGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAgg < 1:702931/235‑1 (MQ=255) | CGCCCCCAACGGGTTGCCCAGCAGCCAGTTGGCCCAGTGCATCGCCACCCAGTCCAGCGCCCCGCCCTGGGTCACGCCAAGGTGGCGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGG > AE015451/5195673‑5196128 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |