Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | CP009273 | 4,303,167 | Δ450 bp | 100% | coding (1‑450/450 nt) | rpiB → | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP009273 | 4303167 | 4303616 | 450 | 54 [0] | [0] 54 | rpiB | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4303166 | 0 (0.000) | 53 (0.880) | 47/270 | NT | 100% | intergenic (‑358/‑1) | alsR/rpiB | d‑allose‑inducible als operon transcriptional repressor; autorepressor; repressor of rpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
? | CP009273 | 4303617 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑68) | rpiB/yjdP | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase/putative periplasmic protein |
AGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCA > CP009273/4303023‑4303312 | aGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattca > 1:496639‑M1/1‑144 (MQ=255) aGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGAGTTTTTAATTCATTAACATCACACATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattca > 2:505400‑M1/1‑144 (MQ=255) tgtCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatc < 1:1029724‑M1/150‑9 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |