Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | CP009273 | 4,303,167 | Δ450 bp | 100% | coding (1‑450/450 nt) | rpiB → | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP009273 | 4303167 | 4303616 | 450 | 67 [2] | [1] 66 | rpiB | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4303166 | 2 (0.030) | 61 (1.040) | 54/270 | NT | 97.6% | intergenic (‑358/‑1) | alsR/rpiB | d‑allose‑inducible als operon transcriptional repressor; autorepressor; repressor of rpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
? | CP009273 | 4303617 = | 1 (0.020) | intergenic (+1/‑68) | rpiB/yjdP | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase/putative periplasmic protein |
TGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCA > CP009273/4303021‑4303312 | tGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgatt < 1:432234‑M1/150‑5 (MQ=255) tgtCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatc < 1:569658‑M1/150‑9 (MQ=255) tCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatcca < 1:141680‑M1/150‑11 (MQ=255) aaCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactact > 2:54835‑M1/1‑135 (MQ=255) aCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGTCGGGGAAGATGAgattcatccactact < 1:631253‑M1/149‑16 (MQ=255) aCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactactt > 2:200152‑M1/1‑134 (MQ=255) cTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgca < 1:706107‑M1/150‑20 (MQ=255) gTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagt > 1:576658‑M1/1‑121 (MQ=255) aGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaat > 1:591436‑M1/1‑118 (MQ=255) aTGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGAGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgat < 1:157026‑M1/150‑35 (MQ=255) gTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgatt > 1:274970‑M1/1‑114 (MQ=255) tAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaa > 1:833217‑M1/1‑113 (MQ=255) tAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggat < 1:837271‑M1/149‑45 (MQ=255) 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TGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCA > CP009273/4303021‑4303312 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |