| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BA000036 | 1825711 = | 112 (1.200) | 120 (1.290) | 101/594 | 0.0 | 67.8% | intergenic (‑105/+37) | Cgl1731/Cgl1733 | Hypothetical protein/Putative transposase |
| ? | BA000036 | 1828006 = | 2 (0.020) | intergenic (‑1069/+1679) | Cgl1734/Cgl1735 | Transposase/Hypothetical protein | |||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TTTATATATTTCTTCACGAGCAACATCAGCCTTGTTAATATCTTCCCATTCAAGAAAATGGTTCTTCAGCTTCCTACCCTTCAGAAGCTTTTCAATATAATCACGTCCATCTGAGCCATCTAATAAACCTACGCAGCATTCATAGCTTGAATGCTGCTCAGAAAGGAACAAGAGAATCAGTTTGTCGGAATACATGCCTCAATTCTCCTATCCTATTCCTTATTTAACTACGGCCTATCGTACAGGGAAGATAAGTCGCCTTATTGATATCGCAGCCCAATACGCGCCCCTGCTTCAGCGGGTCCGACCCCCGGATGGTGGACACGGAGGATTTGATCAGGAAGCAGATCTCAGGATAGCAGGACCGCGCTCCTCAAACACGACCGGAGCCAGATATCTACACCAGGAATGCCGGCGAACCGTGTTGTAACGGGTACACCAGCGGAAGACGTCCCGGCGACAGCACAATTGATTTTCAAAGGTCTTGGAATCCTGCAGGACTTCCCGCTTCATCGCGGCATTGAAAGACTCCGCCAAAGCGTTGTCAGCACTGGTGCCAATTGATCCCATCGACTGCCTGATCCCTAGTTTCTTACACG > BA000036/1825412‑1826010 | tttctctatTTCTTCACGAGCAACATCAGCCTTGTTAATATCTTCCCATTCAAGAAAATGGTTCTTCAGCTTCCTACCCTTCAGCAGCTTTTCAATATAATCACGTCCATCTGAGCCATCTAATAAACCTACGCAGCATTCATAGCTTGAATGCTTCTCAGAAAGGAACAAGAGAATCAGTTTGTCGGAATACATGCCTCAATTCTCCTATCCTATTCCTTATTTAACTACGGCCTATCGTACAGGGCAGATAAGTCGCCTTATTGATATCGCAGCCCAATACGCGCCCCTGCTTCAGCg > 2:170199/7‑300 (MQ=255) taaaagtgacttttgttaatagtcatttaagtaacgattagtggtcgattcaattgtagtttttaaagcctcttaaagcacagttattgcgtagacacttaatcgacacataagtgctcttttaaagccttgtaatagtcagataaagattagtcagttacgtgtctttatttggtcacattaattgccttataatcgttacttaaaggtcaattaaatatgtgtcactcaagagtcacttagttaccttttagaggtcgattaagtgacgattaaatgacactaggggagtgttTGGTc < 2:50734‑M1/5‑1 (MQ=255) gacttttgttaatagtcatttaagtaacgattagtggtcgattcaattgtagtttttaaagcctcttaaagcacagttattgcgtagacacttaatcgacacataagtgctcttttaaagccttgtaatagtcagataaagattagtcagttacgtgtctttatttggtcacattaattgccttataatcgttacttaaaggtcaattaaatatgtgtcactcaagagtcaagtagttaccttttagaggtcgattaagtgacgattaaaagacaataggggagtgttGGGTCCGAccc > 2:441997‑M1/289‑299 (MQ=255) cttttgttaatagtcatttaagtaacgattagtggtcgattcaattgtagtttttaaagcctcttaaagcacagttattgcgtagacacttaatcgacacataagtgctcttttaaagccttgtaatagtcagataaagattagtcagttacgtgtctttatttggtcacattaattgccttataatcgttacttaaaggtcaattaaatatgtgtcactcaagagtcaattagttaccttttagaggtcgattaagtgacgattaaaagacaataggggagtgttGGGTCCGACCCCCg > 1:5588‑M1/287‑300 (MQ=255) 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cTTCAGCGGGTCCGACCCCCGGATGGTGGACACGGAGGATTTGATCAGGAAGCAGATCTCAGGATAGCAGGACCGCGCTCCTCAAACACGACCGGAGCCAGATATCTACACCAGGAATGCCGGCGAACCGTGTTGTAACGGGTACACCAGCGGAAGACGTCCCGGCGACAGCACAATTGATTTTCAAAGGTCTTGGAATCCTGCAGGACTTCCCGCTTCATCGCGGCATTGAAAGACTCCGCCAAAGCGTTGTCAGCACTGGTGCCAATTGATCCCATCGACTGCCTGATCCCTAGtt < 1:255530/298‑1 (MQ=255) tgttGGGTCCGACCCCCGGATGGGGGACACGGAGGATTTGATCAGGAAGCAGATCTCAGGATAGCAGGACCGCGCTCCTCAAACACGACCGGAGCCAGATATCTACACCAGGAAGGCCGGCGAACCGTGTTGTAACGGGTACACCAGCGGAAGACGTCCCGGCGACAGCACAATTGATTTTCAAAGGTCTTGGAATCCTGCAGGACTTCCCGCTTCATCGCGGCATTGAAAGACTCCGCCAAAGCGTTGTCAGCACTGGTGCCAATTGATCCCATCGACTGCCTGATCCCTAGTTTCTTa > 1:349853‑M1/5‑300 (MQ=255) ttGGGTCCGACCCCCGGATGGTGGACACGGAGGATTTGATCAGGAAGCAGATCTCAGGATAGCAGGACCGCGCTCCTCAAACACGACCGGAGCCAGATATCTACACCAGGAATGCCGGCGAACCGTGTTGTAACGGGTACACCAGCGGAAGACGTCCCGGCGACAGCACAATTGATTTTCAAAGGTCTTGGAATCCTGCAGGACTTCCCGCTTCATCGCGGCATTGAAAGACTCCGCCAAAGCGTTGTCAGCACTGGTGCCAATTGATCCCATCGACTGCCTGATCCCTAGTGTCTTaca > 1:63457‑M1/3‑300 (MQ=255) | TTTATATATTTCTTCACGAGCAACATCAGCCTTGTTAATATCTTCCCATTCAAGAAAATGGTTCTTCAGCTTCCTACCCTTCAGAAGCTTTTCAATATAATCACGTCCATCTGAGCCATCTAATAAACCTACGCAGCATTCATAGCTTGAATGCTGCTCAGAAAGGAACAAGAGAATCAGTTTGTCGGAATACATGCCTCAATTCTCCTATCCTATTCCTTATTTAACTACGGCCTATCGTACAGGGAAGATAAGTCGCCTTATTGATATCGCAGCCCAATACGCGCCCCTGCTTCAGCGGGTCCGACCCCCGGATGGTGGACACGGAGGATTTGATCAGGAAGCAGATCTCAGGATAGCAGGACCGCGCTCCTCAAACACGACCGGAGCCAGATATCTACACCAGGAATGCCGGCGAACCGTGTTGTAACGGGTACACCAGCGGAAGACGTCCCGGCGACAGCACAATTGATTTTCAAAGGTCTTGGAATCCTGCAGGACTTCCCGCTTCATCGCGGCATTGAAAGACTCCGCCAAAGCGTTGTCAGCACTGGTGCCAATTGATCCCATCGACTGCCTGATCCCTAGTTTCTTACACG > BA000036/1825412‑1826010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |