| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BA000036 | 1825711 = | 112 (1.200) | 120 (1.290) | 101/594 | 0.0 | 67.8% | intergenic (‑105/+37) | Cgl1731/Cgl1733 | Hypothetical protein/Putative transposase |
| ? | BA000036 | 1828006 = | 2 (0.020) | intergenic (‑1069/+1679) | Cgl1734/Cgl1735 | Transposase/Hypothetical protein | |||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TCTAGAACCTTTAGTGACTTTGAAACGGCAGTACTCTATTGGCTCTTAATGGTCAATTACATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAAAAGGTAACTAATTGACTCTTGAGTGACACATATTTAATTGACCTTTAAGTAACGATTATAAGGCAATTAATGTGACCAAATAAAGACACGTAACTGACTAATCTTTATCTGACTATTACAAGGCTTTAAAAGAGCACTTATGTGTCGATTAAGTGTCTACGCAATAACTGTGCTTTAAGAGGCTTTAAAAACTACAATTGAATCGACCACTAATCGTTACTTAAATGACTATTAACAAAAGTCACTTTTA > BA000036/1827708‑1828300 | tCTAGAACCTTTAGTGACTTTGAAACGGCAGTACTCTATTGGCTCTTAATGGTCAATTACATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGa < 1:211009/299‑1 (MQ=255) taagaaactagggatcaggcagtcgatgggatcaattggcaccagtgctgacaacgctttggcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggccttcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtcccccatccgggggtcggacccAaca > 1:349853‑M2/297‑300 (MQ=255) gAACCTTTAGTGACTTTGAAACGGCAGTACTCTATTGGCTCTTAATGGTCAATTACATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACgga > 2:278943‑M2/1‑297 (MQ=255) aaactagggatcaggcagtcgatgggatcaattggcaccagtgctgacaacgctttggcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTcc > 1:249359‑M2/293‑300 (MQ=255) tagggatcaggcagtcgatgggatcaattggcaccagtgctgacaacgctttggcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTa > 1:214392‑M2/289‑300 (MQ=255) cTTTGAAACGGCAGTACTCTATTGGCTCTTAATGGTCAATTACATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccgga < 2:172143‑M2/300‑17 (MQ=255) gcagtcgatgggatcaattggcaccagtgctgacaacgctttggcggagtctttccatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggggtagctatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatcccggcgtcggacccAACACTCACCCACTTTCtttt > 2:206400‑M2/279‑299 (MQ=255) agtcgatgggatcaattggcaccagtgctgacaacgctttggcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAAt < 1:545122‑M2/24‑1 (MQ=255) gaccaagtgctgaaaacgctttggcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgcgaagtcctgcaggattccaagacctgtgaaaatcaattgtgctgtcgcggggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACctc < 2:285331‑M2/42‑1 (MQ=255) aaTGGTCAATTACATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCTCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgat > 1:261189‑M2/1‑254 (MQ=255) gctgacaacgctttggcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgtgaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagctctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAAAAgg > 1:462813‑M2/251‑299 (MQ=255) ggTCAATTACATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgatgctgg < 1:164948‑M2/299‑49 (MQ=255) ctttggcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAAAAGGTAACTAATTGa < 1:183956‑M2/60‑1 (MQ=255) cATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACGTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgatgctgggaaaggtaa > 1:204957‑M2/1‑242 (MQ=255) gcggagtctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggccccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGCCCTCTAAAAGGTACCTAATTGACTCtt > 2:137836‑M2/236‑300 (MQ=255) cggagtctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAAAAGGTAACTAATTGACTCtt > 1:243259‑M2/235‑299 (MQ=255) aaTTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgatgctgggaaaggtaatctgcca < 2:65401‑M2/300‑65 (MQ=255) tctttcaatgccgcgatgaagcgggaagtcctgcaggattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAACAGGTAACTAATTTActcttgcttgc > 2:194263‑M2/230‑295 (MQ=255) gAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgatgctgggaaaggtaatctgccaccatgccac < 2:262043‑M2/300‑74 (MQ=255) 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gattccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccatccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAAAAGGTAACTAATTGACTCTTGAGTGACACATATTTAATTGACCTTTAAGTAACGATTATAAg > 1:66928‑M2/194‑300 (MQ=255) attccaagacctttgaaaatcaattgtgctgtcgccgggacgtcttccgctggtgtacccgttacaacacggttcgccggcattcctggtgtagatatctggctccggtcgtgtttgaggagcgcggtcctgctatcctgagatctgcttcctgatcaaatcctccgtgtccaccctccgggggtcggacccAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAAAAGGTAACTAATTGACTCTTTAGTGCCACATATTTAATTGACCTTTAATTAACGATTataatg > 1:1876‑M2/193‑298 (MQ=255) aaaaGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgatgctgggaaaggtaatctgccaccatgccacgcaagacctacacagaggagttcaagcgcgacg < 1:376589‑M2/300‑107 (MQ=255) 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tGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgatgctgggaaaggtaatctgccaccatgccacgcaagacctacacagaggagttcaagcgcgacgctgtcgcgctctacgagaactccgccggcacctcgatccagaagatcgccaatgatctcggaatcaaccgcatgacccttaaaaactggattactaaatacggggccaactcaactccacatggcgctaacacggacaccgcgctgtccgaagctgaccggatccgcc < 2:382617‑M2/300‑275 (MQ=255) gCTTTTAAAGGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgaggctgggaaaggtaatctgccaccatgccacgcaagacctacacagaggagttcaagcgcgacgctgtcgcgctctacgagaactccgccggcacctcgatccagaagatcgccaatgatctcggaatcaaccgaatgacccttaaaaactggattactaaatacggggccaactcaactccacatggcgctaacacggccaccgcgctgtccgaagctgaacggatccgcc > 2:368771‑M2/1‑24 (MQ=255) gCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACggacctgacccccggatggtggacaccttgaaacaagcatgatgctgggaaaggtaatctgccaccatgccacgcaagacctacacagaggagttcaagcgcgacgctgtcgcgctctacgagaactccgccggcacctcgatccagaagatcgccaatgatctcggaatcaaccgaatgacccttaaaaactggattactaaatacggggccaactcaactccacatggcgctaacacggccaccgcgctgtccgaagctgaacggatccgccaa > 1:555276‑M2/1‑24 (MQ=255) 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TCTAGAACCTTTAGTGACTTTGAAACGGCAGTACTCTATTGGCTCTTAATGGTCAATTACATAACAATTATATTGAGCCTTTGAAACAACTCACTCTGCTGCATATTAAAAGGTCGATTAACTAACGATTGAATTGATCCTTAAAAAGCCTTTATCTATCGCATTATGAATAAATATTTAATCGACCTTTAATAGTGACCTAAAAGCCTTTTAAAAGCCAACGCATTCAGTGACTTTTAAAAGGCTATTAAGTGTCAATTGAATTGCCTTGTTACTGGCTTTTAAAAGGCTATTAAAGAACACTCCCCTATTGTCTTTTAATCGTCACTTAATCGACCTCTAAAAGGTAACTAATTGACTCTTGAGTGACACATATTTAATTGACCTTTAAGTAACGATTATAAGGCAATTAATGTGACCAAATAAAGACACGTAACTGACTAATCTTTATCTGACTATTACAAGGCTTTAAAAGAGCACTTATGTGTCGATTAAGTGTCTACGCAATAACTGTGCTTTAAGAGGCTTTAAAAACTACAATTGAATCGACCACTAATCGTTACTTAAATGACTATTAACAAAAGTCACTTTTA > BA000036/1827708‑1828300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |