| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NZ_CP034943 | = 171201 | 220 (1.540) | intergenic (+18/‑167) | rrf/EO946_RS01005 | 5S ribosomal RNA/16S ribosomal RNA | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
ATTTGTTTGGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGCAC > NZ_CP034943/171063‑171339 | aTTTGTTTGGTGGCGATAGCGAATAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGAGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAAt < 2:967572‑M2/140‑2 (MQ=255) tttgGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTaaa > 1:429292/1‑140 (MQ=38) tttgGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTaaa > 1:726901/1‑140 (MQ=38) ttgGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTaaaa < 1:368945/140‑1 (MQ=39) 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2:2142827/1‑140 (MQ=255) cAAGCAATTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAAt < 2:1014353/140‑1 (MQ=255) aaTTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTTAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGAGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtt < 2:1905028/140‑1 (MQ=255) aaTTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtt < 1:1622403/140‑1 (MQ=255) ttGCACATTAGTTTAA‑‑‑TTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtttt > 2:1594018/1‑140 (MQ=255) ttGCACATTAGTTTAA‑‑‑TTTAAAAAACATGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtttt > 2:858915/1‑140 (MQ=255) 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1:1780441/140‑1 (MQ=37) | ATTTGTTTGGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAA‑‑‑TTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGCAC > NZ_CP034943/171063‑171339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |