| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP034943 | 3592725 = | 240 (0.760) | 5 (0.020) | 3/232 | NT | 2.2% | coding (424/702 nt) | urtE | urea ABC transporter ATP‑binding subunit UrtE |
| ? | NZ_CP034943 | = 3592721 | 233 (0.810) | coding (428/702 nt) | urtE | urea ABC transporter ATP‑binding subunit UrtE | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GAAATGTCTCTTTTTCTGGAAATTTCTACGATAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAAGCAGCAGGTT > NZ_CP034943/3592589‑3592863 | acggaaatgtctctttttctggaaatttctacgataacttgtctgattagttcgataattgacggctgaattccttccattggttcatcaagtaaaataattttcggatttcccatcagcgctctggcaattgctagctg < 1:1058445‑M1/4‑1 (MQ=255)acggaaatgtctctttttctggaaatttctacgataacttgtctgattagttcgataattgacggctgaattccttccattggttcatcaagtaaaataattttcggatttcccatcagcgctctggcaattgctagctg < 1:1649295‑M1/4‑1 (MQ=255) cggaaatgtctctttttctggaaatttctacgataacttgtctgattagttcgataattgacggctgaattccttccattggttcatcaagtaaaataattttcggatttcccatcagcgctctggcaattgctagctgc > 2:4641981‑M1/136‑140 (MQ=255) ggaaatgtctctttttctggaaatttctacgataacttgtctgattagttcgataattgacggctgaattccttccattggttcatcaagtaaaataattttcggatttcccatcagcgctctggcaattgctagctgct < 2:3011899‑M1/6‑1 (MQ=255) gaaatgtctcattttcgggaaatttcgacgataacgtgtctgatgagttcgatacgtgacggctgaattccttccattggttcatcaagtaaaataattttcggatgtcccatcagcgctctggcaattgctagctgctg > 1:1812884‑M1/134‑140 (MQ=255) ctTTTTCTGGAAATTTCTACGATAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGcc < 1:1434086/140‑1 (MQ=255) tttttCTGGAAATTTCTACGATAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCt < 1:3234052/140‑1 (MQ=255) ttttCTGGAAATTTCTACGATAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTc < 1:5165217/140‑1 (MQ=255) ttCTACGATAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAATATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATcgc < 1:601960/140‑1 (MQ=255) aTAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCttt < 1:4579394/140‑1 (MQ=255) aTAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCttt < 1:2637570/140‑1 (MQ=255) tAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTg < 1:1444882/140‑1 (MQ=255) aTTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAt > 2:2236306/1‑140 (MQ=255) aTTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAt > 2:1538828/1‑140 (MQ=255) aTTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAt < 1:880437/140‑1 (MQ=255) ttAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAtc < 1:2461573/140‑1 (MQ=255) ttAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAtc < 2:4332664/140‑1 (MQ=255) ttAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAtc < 2:571703/140‑1 (MQ=255) ttAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAtc < 1:1545147/140‑1 (MQ=255) ttAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCGAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAtc < 1:1750816/140‑1 (MQ=255) aGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAtctc > 1:4098536/1‑140 (MQ=255) ttCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCtt > 1:2913643/1‑140 (MQ=255) ttCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCtt > 1:3029230/1‑140 (MQ=255) ttCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGAAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCtt > 2:2842511/1‑140 (MQ=255) aaTTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAg < 1:917245/140‑1 (MQ=255) ataattgacggctgaattccttccattggttcatcaagtaaaataattttcggatttcccatcagcgctctggcaattgctaGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCAtc > 2:5169021‑M1/83‑129 (MQ=255) aCGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGa < 1:4858651/140‑1 (MQ=255) cTGAATTCCTTCCAGTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAAcc < 2:4243711/140‑1 (MQ=255) ttcaTTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAAATGTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAAGTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTGTAAAGCAGGAAACCa < 2:1950958/137‑1 (MQ=255) tgcaTTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCa < 2:2715635/137‑1 (MQ=255) tGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCa < 1:1276467/140‑1 (MQ=255) tGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCa < 1:742309/140‑1 (MQ=255) ccttccATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGaaa < 2:2756562/140‑1 (MQ=255) tccATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGACGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAAt > 2:3126886/1‑140 (MQ=255) ctttGGTTAATAAATTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCGTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 1:1861228/138‑1 (MQ=255) cATTGGTTCATCAAGTAACATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 2:4056619/140‑1 (MQ=255) cATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCTGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 1:3011118/140‑1 (MQ=255) cATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 1:1007643/140‑1 (MQ=255) cATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 1:1344456/140‑1 (MQ=255) cATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 1:3321349/140‑1 (MQ=255) cATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 1:5135895/140‑1 (MQ=255) cATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGt < 1:2682124/140‑1 (MQ=255) ttGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCt > 1:4966454/1‑140 (MQ=255) gTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTcc > 1:4183617/1‑140 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2:2126228/140‑1 (MQ=255) ctctGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTcc < 1:688491/122‑1 (MQ=255) ctctGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAg < 1:3482140/133‑1 (MQ=255) ctctGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGctct > 2:2190006/1‑140 (MQ=255) tctGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGTCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCtctt < 2:720348/140‑1 (MQ=255) tctGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCtctt < 2:639215/140‑1 (MQ=255) tctGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCtctt < 2:887013/140‑1 (MQ=255) aTTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAATTCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAag < 2:362763/140‑1 (MQ=255) ttGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAagc < 2:257437/140‑1 (MQ=255) tGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAagca < 2:3926669/140‑1 (MQ=255) tGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAagca < 2:11266/140‑1 (MQ=255) tGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAagca < 1:212360/140‑1 (MQ=255) cTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAagcagc < 2:1447019/140‑1 (MQ=255) gctgctgctgctGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAAGCAGCAgg < 1:372520/140‑1 (MQ=255) gctgctgctgctGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAAGCAGCAgg < 2:1288801/140‑1 (MQ=255) gctgctgctgctGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAAGCAGCAgg > 1:2795328/1‑140 (MQ=255) gctgctgctgctGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAAGCAGCAgg > 2:2112337/1‑140 (MQ=255) | GAAATGTCTCTTTTTCTGGAAATTTCTACGATAACTTGTCTGATTAGTTCGATAATTGACGGCTGAATTCCTTCCATTGGTTCATCAAGTAAAATAATTTTCGGATTTCCCATCAGCGCTCTGGCAATTGCTAGCTGCTGCTGCTGGCCTCCGCTTAAATCGCCGCCTTTGCGGTCAAGCATCTCTTTTAAAGCAGGAAACCACTGAAAAATGTCTTCCTTGACCTCCCCCATTCTCTCCTTCTTCGGAAGCGGCTCTTCTCCAAGCAGCAGGTT > NZ_CP034943/3592589‑3592863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |