| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 2649132 | 149 (0.410) | 317 (0.900) | 171/292 | 1.2 | 58.1% | intergenic (+274/+260) | RPPX_11785/putA | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| ? | CP009974 | = 3847686 | 312 (0.880) | intergenic (+199/‑141) | RPPX_17150/RPPX_17155 | tRNA‑dihydrouridine synthase C/heat‑shock protein | |||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TGATATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/2648979‑2649132‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGC < CP009974/3847686‑3847536 TGATATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCG < 1:5640583/151‑1 GATATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGG < 2:755094/151‑1 GATATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGG < 1:469027/151‑1 GATATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGG < 1:2269095/151‑1 ATATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGC > 1:249075/1‑151 TATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCC < 2:3988278/151‑1 ATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCT < 1:2187586/151‑1 ATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCT < 1:2659495/151‑1 ATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCT < 1:2788574/151‑1 CTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTC > 2:4762882/1‑151 GTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGC > 1:3536607/1‑151 TCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCCATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGTACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCc > 1:3554989/1‑150 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> 1:5224826/1‑150 CCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCT < 1:2064482/151‑1 CACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGT > 1:3802759/1‑151 CAGCGGCCTGTGTCCGACCCCCGATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAAGACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGCGCCGGCCTCTTCGCGGGTCACCCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGC < 2:3609566/151‑1 CAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGC > 1:5379946/1‑151 AGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCGCCGCCCTGGGCC > 1:2443940/1‑151 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CGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGCCCTGTGTCCATCCTCGCTCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGA > 2:883674/1‑151 CGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCT < 1:969925/52‑1 GGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGa < 1:6699230/151‑2 TGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCT < 2:4286583/60‑1 TGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGCACGACGG > 2:2261660/1‑151 GAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGT < 2:5243971/151‑1 ATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCT > 2:1897195/1‑43 TGGCCAGTAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGCAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGAAAA > 1:3659299/1‑151 GCCAGTAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGCAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGAAAATT > 1:2939629/1‑151 GCCAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATT < 2:4220050/151‑1 CAGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGGATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACCGGCGGAGATTGG > 2:4692539/1‑151 AGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGCTCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCCACGTTGAACGACGGGTGGAGATCGGC > 2:6714144/1‑151 AGCAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGTAGATTGGC > 1:65828/1‑151 CAGCGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCA < 1:6749998/151‑1 agaGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGAGCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAG < 1:5715389/148‑1 gaGCCGGCCTCTTCGCTGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGCGGCGGGTTTACCCGCGACTCCGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGCCGGGTGGAGATCGGCCAGg > 2:5694154/3‑150 gaGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGC < 1:6458128/149‑1 GCCGGCCTCTTCGCTGGTAACCCCGCTCCTACCCGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAG < 2:5132705/151‑1 CGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGCCCCGCCACCGACCAGTGTCCATCCGCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACGCGCGAACACGGAAGCAGCGGCAACAGTGAACGGCGGGGGAAAATTGGCGAGCAGGG > 2:2412947/1‑151 GGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGC < 1:877203/151‑1 GGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACAGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGC > 2:6135765/1‑151 GGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACACGACGGCCTGCG‑CCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGTAATTGGCCAGCAGGGCC < 1:3075565/151‑1 CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCC < 1:1683638/36‑1 CTCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCG‑CCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCGCGTTCAGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGTAATTGGCCAGCAGGGCCGGC < 1:5830493/151‑1 TGATATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/2648979‑2649132‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGCCCCGCCACCGACCTGTGTCCATCCTCGATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGC < CP009974/3847686‑3847536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |