| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 2649132 | 149 (0.410) | 317 (0.900) | 171/292 | 1.2 | 58.1% | intergenic (+274/+260) | RPPX_11785/putA | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| ? | CP009974 | = 3847686 | 312 (0.880) | intergenic (+199/‑141) | RPPX_17150/RPPX_17155 | tRNA‑dihydrouridine synthase C/heat‑shock protein | |||||
Only 100 of 487 total aligned reads displayed.
TATGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGACCGGCCCAGGCAGCCGAGAATTTCCAGGGGATAAACGGTAACAACAGAAGACACCCAGTCAGCGTTG > CP009974/2648982‑2649282 | atGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCt < 1:2788574‑M1/151‑2 (MQ=255) atGTCTGTCTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCt < 1:2659495‑M1/151‑2 (MQ=255) tgtctgtcTGGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtc < 2:6897791‑M1/151‑3 (MQ=255) cctctctggacgGGTCCTTGCGCGGGAAAACCCCAGAGCGGCCTGTGTCCAGCCCCCGATGTGTGTCCGCCAGAGGGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGGGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCtctt < 2:4265465‑M1/147‑5 (MQ=255) gtctgGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgc > 1:3536607‑M1/1‑144 (MQ=255) ctgGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCccttcgcgg > 2:6280889‑M1/1‑142 (MQ=255) tgGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcggg < 1:1350650‑M1/151‑11 (MQ=255) tgGACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCccttcgcggg > 2:2128407‑M1/1‑141 (MQ=255) ggtcggtTCATTTCGCGGGAATATCCTACATCTGCCTGTGTCCAACCTCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGACGGGTGGATATTGGCTATCAGTGCCGGCCtcttcgcgggt > 2:2382068‑M1/4‑140 (MQ=255) ggACGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggt < 1:3348219‑M1/151‑12 (MQ=255) aCGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGACGGGGGGAGGTAGGGCAGCAGAGTCGGCCtcttcgggcggag > 2:4750746‑M1/1‑138 (MQ=255) cGGGTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaa < 2:566557‑M1/151‑15 (MQ=255) gggTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaac < 2:421322‑M1/151‑16 (MQ=255) ggTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacc < 1:4824749‑M1/151‑17 (MQ=255) ggTCCTTTCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacc < 2:3884636‑M1/151‑17 (MQ=255) ttCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcc < 1:6071025‑M1/151‑23 (MQ=255) tCGCGGGAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtgaacccgctccc > 2:2742778‑M1/1‑128 (MQ=255) ggAAAACCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacg < 1:2006973‑M1/151‑29 (MQ=255) aaaaCCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacccgac > 1:5855029‑M1/1‑121 (MQ=255) aaaaCCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgac < 1:6443027‑M1/151‑31 (MQ=255) aaaCCCCCCAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCCCCAGCGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTTGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacg < 2:490727‑M1/151‑32 (MQ=255) aaCCCCACAGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgc > 1:5225520‑M1/1‑119 (MQ=255) aGCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgcc > 1:1504444‑M1/1‑111 (MQ=255) gCGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccc < 1:6523888‑M1/151‑42 (MQ=255) cGGCCTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgcccc < 1:5148376‑M1/151‑43 (MQ=255) ccTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCtcttcgcgggtgaacccgctcctacgcggggctctgtgccccggc > 1:2170893‑M1/1‑106 (MQ=255) cTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGGGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgcca < 1:1753098‑M1/151‑47 (MQ=255) cTGTGTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggcaaacccgctcctacacgccgccctgtgcccccccc > 2:6460588‑M1/1‑105 (MQ=255) tgtgTCCAACCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccac < 1:1591530‑M1/151‑48 (MQ=255) aaCCCCCAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctg < 2:5182321‑M1/151‑55 (MQ=255) ccccAATGTGTGTCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgt < 1:99784‑M1/151‑58 (MQ=255) gtgtgtCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcct < 1:7089193‑M1/151‑65 (MQ=255) tgtCCACCAGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcga < 1:5265657‑M1/151‑68 (MQ=255) ggcgtaggagCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGtt > 1:3756370/8‑151 (MQ=255) cggaggagCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTa < 2:909461/146‑1 (MQ=255) caccaGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccg > 1:4156692‑M1/1‑80 (MQ=255) gtaggagCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:3970026/147‑1 (MQ=255) gaggagCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 2:3452718/148‑1 (MQ=255) ggCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgca < 2:1222398/150‑2 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCCAATCCGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccggcgtagg < 2:2189435‑M1/151‑79 (MQ=255) tgggTTTACCCGCGAGGAGGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGACGGGTGGAGGTTGGCCCGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 2:5835021/150‑1 (MQ=18) gggTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaa > 2:758302/1‑151 (MQ=255) ggTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccggcgtaggagc < 1:6890247‑M1/151‑82 (MQ=255) gTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACgg > 2:4636944/1‑99 (MQ=255) tACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGAcc < 1:5766229/151‑1 (MQ=255) tACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGGAAGGAca > 2:33460/1‑150 (MQ=255) gacCCGCGAATGCGGTGGGGGGGGCAGGGGTGAGCGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGCGCCGGCCtctgcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccggcgtaggagcgggt < 2:3259734‑M1/150‑86 (MQ=255) ccGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccggcgtaggagcgggttta < 1:1870875‑M1/151‑89 (MQ=255) ggaATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccggcgtaggagcgggtttaccc < 2:1990272‑M1/150‑92 (MQ=255) cgAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCTCTGGTGCACCCGCTCCTACGACGGCCTCTCTCCAACTGTCCTTCCCCGTGGTAGCAGCGGGTTCACCTCCGGAAGGACCCGCCCa > 1:1186574/1‑151 (MQ=18) cgAATACGGTGGTGGCGGCAACGTTGAACGACGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAAGGACCGGCCCa > 1:6978108/1‑151 (MQ=255) gatgcGGTGGTGGCGGCAACGGTGGACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGCCTCTATCCAACTGTCCGTCACCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGACCGGCCCAgg < 1:6274347/147‑1 (MQ=255) aTACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccggcgtaggagcgggtttacccgcg < 1:4542398‑M1/151‑95 (MQ=255) aCGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGAGCCGGCCtcttcgcgggtaaacccgctcctacacgacgccctgtgccccgccaccgacctgtgtccatcctcgatccggcgtaggagcgggtttacccgcgaa < 1:3139959‑M1/151‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |