| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | CP009974 | 5,273,059 | Δ2,603 bp | RPPX_23450–[RPPX_23460] | RPPX_23450, RPPX_23455, [RPPX_23460] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | * | ÷ | CP009974 | 5273059–5275656 | 5275661 | 6–2603 | 369 [0] | [0] 369 | RPPX_23450–[RPPX_23460] | RPPX_23450,RPPX_23455,[RPPX_23460] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 5273058 | 0 (0.000) | 354 (1.020) | 189/286 | 0.2 | 100% | intergenic (‑275/+106) | RPPX_23445/RPPX_23450 | transporter/ATPase AAA |
| ? | CP009974 | 5275662 = | 0 (0.000) | coding (38/1266 nt) | RPPX_23460 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
AAACGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGTGCGGATTCCACGCCATTCGGACACTCAGCCCACGCTGATCCGGACACCTGTTCCACGCTCATTCGGACAGGCAGTCGGAGCGCAGCGACGCAGGGGTGGCATTGTTAGTCCGGGTTGGCTGGCGTCGTCAATTTCTGCGTCCGTT > CP009974/5272908‑5273204 | aaCGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGa > 2:3424447‑M1/1‑150 (MQ=255) aCGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaa < 1:5661028‑M1/151‑3 (MQ=255) cGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaa < 2:1871319‑M1/151‑4 (MQ=255) ggACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaagg < 2:279431‑M1/151‑6 (MQ=255) gACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggt > 1:269987‑M1/1‑145 (MQ=255) aCGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggtt < 1:6388236‑M1/151‑8 (MQ=255) ggAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttga > 2:7140397‑M1/1‑142 (MQ=255) aaCGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGacaggttgatg > 2:3827857‑M1/1‑140 (MQ=255) aaCGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatg > 1:5333183‑M1/1‑140 (MQ=255) aCGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatgg > 1:101063‑M1/1‑139 (MQ=255) tATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgag < 1:4775140‑M1/151‑18 (MQ=255) aTTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAACAATTCCCTCGGTGCGCGCGAGGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCGATGaaaggctgatggctgagg > 2:760322‑M1/1‑133 (MQ=255) ttCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgaggg < 2:7005627‑M1/151‑20 (MQ=255) ttCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatg > 1:46778‑M1/1‑132 (MQ=255) tCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggt > 2:2053030‑M1/1‑131 (MQ=255) tCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggg > 1:7153231‑M1/1‑131 (MQ=255) aaCTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgta < 2:1675615‑M1/151‑24 (MQ=255) cTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtact < 2:1555775‑M1/151‑26 (MQ=255) cTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtact < 1:5791231‑M1/151‑26 (MQ=255) cTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtact < 1:5409120‑M1/151‑26 (MQ=255) tGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGCGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactc > 2:3105919‑M1/1‑125 (MQ=255) tGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGcaaggttgatggctgagggtgtaatc > 2:6671732‑M1/1‑125 (MQ=255) tGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactc < 1:1976024‑M1/151‑27 (MQ=255) tCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaa > 1:5092722‑M1/1‑123 (MQ=255) gggTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactct < 1:1586819‑M1/151‑33 (MQ=255) gTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcg < 2:6636024‑M1/151‑35 (MQ=255) aaaTCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACCCCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTCCGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggcggagggtgtactcacctctcgtcc > 2:6858842‑M1/1‑114 (MQ=255) aaaTCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcc < 2:4155572‑M1/151‑38 (MQ=255) aTCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctg < 2:5348362‑M1/151‑40 (MQ=255) cAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggct > 2:521764‑M1/1‑109 (MQ=255) cAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggct > 2:5012301‑M1/1‑109 (MQ=255) tCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccg > 2:402846‑M1/1‑106 (MQ=255) cgcgGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccgg < 1:6485613‑M1/151‑47 (MQ=255) ggATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggctt > 2:3626294‑M1/1‑102 (MQ=255) ggATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGCCCTATGaacggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccgccgt > 1:5424803‑M1/1‑102 (MQ=255) gATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGCCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCCCCGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTCAGGCCTATGcaaggttgatggatgaggctatactcaactctcgtccaggctccgccctt > 2:2925698‑M1/1‑101 (MQ=255) aGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttac < 2:2956817‑M1/151‑54 (MQ=255) aGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGCTTCTACGGGGCTGGAGGGCTATGaaaggttgatggcggagggtgtactcacctctcgtccggtctccgtctttttc > 2:4427433‑M1/1‑98 (MQ=255) 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ctctCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACAATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaaatctcgtcctggctccggcttttacgta < 1:3406087‑M1/151‑57 (MQ=255) tctcGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtag > 2:240682‑M1/1‑94 (MQ=255) tctcGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatg < 2:2132756‑M1/105‑12 (MQ=255) tctcGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatg > 1:2132756‑M1/1‑94 (MQ=255) gAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgg > 1:4949744‑M1/1‑90 (MQ=255) gAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgg > 1:6558249‑M1/1‑90 (MQ=255) 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ggCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgg < 2:5817051‑M1/108‑62 (MQ=255) tCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgat > 2:17796‑M1/1‑44 (MQ=255) tCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgat < 1:6675488‑M1/151‑108 (MQ=255) aGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcg > 1:7040263‑M1/1‑42 (MQ=255) aGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcg < 1:4623068‑M1/151‑110 (MQ=255) 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gCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgc > 1:2058931‑M1/1‑14 (MQ=255) cTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttgcgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgcc < 2:5520417‑M1/151‑139 (MQ=255) cTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgcc > 1:2334992‑M1/1‑13 (MQ=255) cTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtgcacccgctgtggatctcgcgcc > 2:5062561‑M1/1‑13 (MQ=255) ttGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgcca < 1:6019678‑M1/151‑140 (MQ=255) ttGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgcca < 2:3683724‑M1/151‑140 (MQ=255) tGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgccag < 1:5848406‑M1/151‑141 (MQ=255) ggCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgccagtct > 1:9968‑M1/1‑8 (MQ=255) ggCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgccagtct > 2:2612835‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgccagtctc > 2:7244872‑M1/1‑7 (MQ=255) cTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtggatctcgcgccagtctctt > 1:3693638‑M1/1‑5 (MQ=255) | AAACGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGTGCGGATTCCACGCCATTCGGACACTCAGCCCACGCTGATCCGGACACCTGTTCCACGCTCATTCGGACAGGCAGTCGGAGCGCAGCGACGCAGGGGTGGCATTGTTAGTCCGGGTTGGCTGGCGTCGTCAATTTCTGCGTCCGTT > CP009974/5272908‑5273204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |