| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009974 | 1277572 = | 274 (1.040) | 176 (0.780) | 108/258 | 2.2 | 42.8% | intergenic (+41/+197) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS |
| ? | CP009974 | = 1277722 | 236 (1.040) | intergenic (+191/+47) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS | |||||
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TCGAAACGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCT > CP009974/1277422‑1277722 | ggcgggtaaacccgctcctacacggctgcctgtgtccaacccccggtgtgtgtccatcaccaatctgcgtaggagcgggtttaccggcgaatacggtggcggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggcccttt > 2:4041954‑M1/150‑151 (MQ=255) gAAACGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTc < 1:582542/151‑1 (MQ=255) aaaCGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTcg < 1:4492364/151‑1 (MQ=255) cGTCAGGGGGGGGCACCGAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCgg < 2:5229848/151‑1 (MQ=255) ttcgggggggggCAGGAGGGGCGGCGGGATCGGGCGTGAGGTGGGTCTTTGGGGGTTGTGGGCCTAGGAGTCGGTCGAGCATGTAACTCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCGGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCggg < 2:3950591/146‑1 (MQ=255) tCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGt < 2:1043580/151‑1 (MQ=255) cATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTa < 2:678739/151‑1 (MQ=255) aTGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTaa > 1:3496841/1‑151 (MQ=255) ccgctcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAAc < 1:4079156‑M1/13‑1 (MQ=255) ggggggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAAcc < 1:4584092/151‑1 (MQ=255) ctcctacacgacggcccgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCg > 2:2090453‑M1/136‑151 (MQ=255) ctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaccagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTCAACCCGCTc < 2:1539077‑M1/19‑1 (MQ=255) ctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:2103314‑M1/19‑1 (MQ=255) ctacacgacggcctgtgtccaaccccagaagtgggtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 1:2127174‑M1/133‑151 (MQ=255) tacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 1:2543442‑M1/20‑1 (MQ=255) gacacgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:4397917‑M1/132‑151 (MQ=255) acacgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 1:402635‑M1/131‑151 (MQ=255) acacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 1:2877511‑M1/131‑151 (MQ=255) 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acggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGa > 1:200973‑M1/36‑151 (MQ=255) aGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAAc < 1:4841598/151‑1 (MQ=255) ccGAGTTATGGCACCGGCCCTGGCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAAcggcgg < 2:1990450/151‑1 (MQ=14) aaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGATCGGGGTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTgg < 1:380382‑M1/127‑1 (MQ=255) gccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTg > 1:1318582‑M1/19‑87 (MQ=255) gccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTg > 1:4304313‑M1/19‑151 (MQ=255) gCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTg < 1:4379809/151‑1 (MQ=255) cagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACgg > 2:1296392‑M1/14‑111 (MQ=255) gCCGTGCCGGTGTTCGCGGGTCACCCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCAACGTGTGTCCACCACCAATATGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCcagc < 2:338600/151‑1 (MQ=11) cccTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACAAATCTGCGTAGGGGCGGGTGTACCCGCGCATACGGTGGTGGGGGCAACGGTGAACGGCGGGGGGAACTTggttaggg > 1:2403718/1‑145 (MQ=11) ccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAggg > 1:1415938‑M1/9‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |