| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1277572 = | 274 (1.040) | 176 (0.780) | 108/258 | 2.2 | 42.8% | intergenic (+41/+197) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS |
| ? | CP009974 | = 1277722 | 236 (1.040) | intergenic (+191/+47) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS | |||||
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TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGCTCTGCGGCGAAGACAGTGGAATGCCTTCATCACGCAATCGGCCAAGAATGGTGA > CP009974/1277572‑1277872 | TTCGCGGGTAGACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCt > 1:454876‑M1/1‑151 (MQ=255)TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGGCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCt > 2:2541008‑M1/1‑151 (MQ=255) CGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCAGCGGCAACCGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCttt < 1:1031289‑M1/151‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGTGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAAGTGGCTAGCAGGGCCGGCCCTttc < 1:4888535‑M2/151‑4 (MQ=255) gGGGTAAAGCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTcg > 2:2478967‑M1/2‑151 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcg > 2:261804‑M2/1‑147 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgc < 1:1634804‑M2/151‑6 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgg > 2:2013322‑M2/1‑144 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGGGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcggg < 1:3318452‑M2/151‑9 (MQ=255) TAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCggg < 1:4771242‑M1/151‑1 (MQ=255) gaaCCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATCTGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGt > 1:1788810/2‑151 (MQ=11) cGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacc > 2:1949918‑M2/1‑137 (MQ=255) cGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacc > 2:1277457‑M2/1‑137 (MQ=255) gCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAAccc > 1:4090933/1‑151 (MQ=11) ccgccTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATCTGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAccc < 2:1547999/148‑1 (MQ=1) CTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCACGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACCTTGAACGGCGGGTGGGAATTTGCCATCAGGGCGGGCCCTTTCGCGGGTAAacccc < 2:2279611‑M1/151‑2 (MQ=255) tCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTCAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgc < 1:2666255‑M2/151‑18 (MQ=255) TCCTGCACGACGGCGTGTGTCCAACCCCCGGGCTGTGTCCACCCCCAAGCTGCGTAGGTGCGGGTTTGCCCGCAAATACGGTGGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGc > 2:3098308‑M1/1‑151 (MQ=255) 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cgacgGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcc > 1:152557/1‑151 (MQ=14) gagggCCTGTGTCCAACCCTGGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCtacac < 2:2189074/148‑5 (MQ=11) cgGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacga > 2:401737‑M2/1‑124 (MQ=255) cgGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacac > 1:4637221‑M2/1‑124 (MQ=255) cgGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCGc > 1:3373791/1‑151 (MQ=11) 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cccaccagTCTGCGTAGGGGCGGGTTTGCCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtcc > 1:4711829‑M2/2‑94 (MQ=255) cccaccagGCGGCGTAGGAGCGGGGTGACGCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacggcggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtcc > 2:4561281‑M2/2‑94 (MQ=255) accaccaATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacggcggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtcc < 1:1000269‑M2/151‑58 (MQ=255) accaccaATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacggcggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtcc > 1:2761784‑M2/1‑94 (MQ=255) aaTCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacggcggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccacc > 2:4403424‑M2/1‑88 (MQ=255) 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1:3877865‑M2/1‑22 (MQ=255) ttGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGCTCTGCGGCGAAGACAGTGGAATGCCTTCATCACg < 1:4032044/151‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacggcggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctg > 1:1318582‑M2/1‑18 (MQ=255) gCCAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattg > 1:4304313‑M2/1‑18 (MQ=255) gCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCTTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGTCTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGCTCTGCGGCGAAGACAGTGGAATGCCTTCATCACGCaa < 2:4090933/151‑1 (MQ=255) ccAGCAGGGCCGGCCCTttcgcgggtaaacccgctcctacacgacggcctgtgtccaagcccagaggtgtgtccacgaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacgctagcggcggcaccagtgaacggcggggggaaattgg < 1:1452232‑M2/151‑135 (MQ=255) 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ggccCTttcgcgggtaaacccgctcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggcc > 1:2325979‑M2/1‑6 (MQ=255) ccTttcgcgggtaaacccgctcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgg < 2:2107329‑M2/83‑81 (MQ=255) | TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGCTCTGCGGCGAAGACAGTGGAATGCCTTCATCACGCAATCGGCCAAGAATGGTGA > CP009974/1277572‑1277872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |