| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | CP009974 | 2,913,100 | Δ2,603 bp | RPPX_12970–[RPPX_12980] | RPPX_12970, RPPX_12975, [RPPX_12980] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | CP009974 | 2913100–2915695 | 2915702 | 8–2603 | 259 [0] | [0] 260 | RPPX_12970–[RPPX_12980] | RPPX_12970,RPPX_12975,[RPPX_12980] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 2913099 | 0 (0.000) | 239 (0.950) | 158/286 | 0.2 | 100% | intergenic (+953/+106) | RPPX_12965/RPPX_12970 | GABA permease/ATPase AAA |
| ? | CP009974 | 2915703 = | 0 (0.000) | coding (34/267 nt) | RPPX_12980 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TCCTGCGTGGCTGCCTGCCAGAAAAGTGTCCGGATGACCGTGGAGTCGGTGTCCGGATGCTCGTGGAATGAGTGTCCGGATCAGCGTGGAATCACTGTCCGGATGCGCGTGGAATGGGTGTCCGAGTCAGCGTGGAATCCGCAGTCATGGGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCGTGTTGCTGAATGTTGGCGAGTGGGCGTGCATAGGCCTGCTGCCGTTTGTTGCGGTTGCTGCCATCTGGCTGGTGACTCAAACCAACT > CP009974/2915553‑2915853 | tcgggtgctggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggg < 1:377499‑M2/1‑1 (MQ=255) cgggtgctggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatgggg > 2:2401484‑M2/150‑151 (MQ=255) gggtgctggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaagatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGc > 2:5048526‑M2/149‑151 (MQ=255) 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tcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgcagggc < 2:4721316‑M2/16‑1 (MQ=255) caaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgcagggca > 1:4502589‑M2/135‑151 (MQ=255) aaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgcagggcagg < 2:2443697‑M2/19‑1 (MQ=255) atgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGAc < 1:4797814‑M2/21‑1 (MQ=255) atgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGAc > 1:1790784‑M2/131‑151 (MQ=255) 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ggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGtt > 1:3967565‑M2/122‑151 (MQ=255) ggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGtt > 2:1064223‑M2/122‑151 (MQ=255) gattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTc > 1:2244424‑M2/121‑151 (MQ=255) attgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTcg < 1:15200‑M2/32‑1 (MQ=255) ttgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTcgc < 2:4498752‑M2/33‑1 (MQ=255) tgcagggattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttgtggatgaaaatggcgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTcgcg < 2:3779770‑M2/34‑1 (MQ=255) gtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTg > 2:4913124‑M2/113‑151 (MQ=255) attatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCg < 2:3629386‑M2/41‑1 (MQ=255) attatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCg < 1:1917276‑M2/41‑1 (MQ=255) ttatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGa < 1:4710738‑M2/42‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |