| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 1901506 | 2 (0.010) | 337 (1.070) | 189/286 | 0.1 | 99.7% | coding (409/426 nt) | RPPX_08485 | hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1904110 = | 0 (0.000) | intergenic (+113/‑1737) | RPPX_08495/RPPX_08505 | ATPase AAA/hemolysin secretion protein D | |||||
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
CCGGCCATGCTGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/1901350‑1901506‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGCGC > CP009974/1904110‑1904259 CCGGCCATGCTGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGACGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGT > 2:3971427/1‑151CCGGCCATGCTGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGT > 1:2682565/1‑151 CGGCCATGCTGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTT > 1:4692875/1‑151 gGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCA < 2:491832/150‑1 GCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAG < 1:5861961/151‑1 TGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCC > 1:4173717/1‑151 TGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCC < 1:906236/151‑1 CTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGC > 1:1434667/1‑151 TCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCA < 1:2631291/151‑1 CAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAG > 2:4257693/1‑151 AAGGAGGGCCGCAGGGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCGGCGAGGGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGC < 1:1784496/151‑1 AAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGC > 1:4956147/1‑151 GGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCAC > 1:1552239/1‑151 GAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACA > 1:5060392/1‑151 GGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAG > 1:711153/1‑151 GCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTT > 1:1965815/1‑151 GCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGATGGGAGAACGATGACACCGCGCGCATGCTTCTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCTGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTT < 1:2764044/151‑1 CGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCG < 1:2459925/151‑1 CGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCG > 2:2873207/1‑151 GCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGA > 2:4957298/1‑151 CAGCGCCGTCCTGCGCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGAT < 2:3855202/151‑1 GCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGT > 1:4383092/1‑151 gggCGTCCGGGTCGGCGGGGGGGAGGATGGCGCGGCGCGCCTGGTACTCGGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTC < 2:6194418/148‑1 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> 1:104931/1‑151 gGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTT < 2:1439681/150‑1 GTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGT > 1:5342435/1‑151 GCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTAT < 1:2897752/151‑1 CATGTCAGCCGCGAAGCGCTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATA < 1:5033869/151‑1 ATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATAT < 1:5216915/151‑1 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2:392865/1‑150 CTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCC < 2:881178/151‑1 TAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCT > 1:2833655/1‑151 CAGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAAC > 1:3019385/1‑151 AGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACC < 2:2419608/151‑1 AGCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATACCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACC > 1:6041706/1‑151 GCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCT > 2:5422107/1‑151 GCGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCT > 1:5650038/1‑151 CGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTG > 2:3038467/1‑151 CGGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTG > 2:2294250/1‑151 GGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGA < 1:3731293/151‑1 GGCCGCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGA > 2:4605558/1‑151 GCCGCGGGTGCGTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAGCCTCATCCCACGAGGGAAGTCGTGCTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGAT < 2:6525141/151‑1 GCGTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGC > 1:3481638/1‑151 GTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGGTCGCCT > 1:2307377/1‑151 GTGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCT < 2:1856911/151‑1 TGTTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGGCACCCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCCACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTT < 1:1856110/151‑1 CTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCC < 1:4260479/151‑1 CTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCC < 2:6481739/151‑1 CTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTAGATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCC > 2:3286718/1‑151 TTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCG < 2:525316/151‑1 TCGGGCAGCCGCAGCACAAGGTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGC < 2:5037071/151‑1 CGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGCG > 2:1245701/1‑151 GCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATTAACCTGATCGCCTTGGCCGCGC > 1:2091850/1‑151 CCGGCCATGCTGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/1901350‑1901506‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGCGC > CP009974/1904110‑1904259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |