| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 1901506 | 2 (0.010) | 337 (1.070) | 189/286 | 0.1 | 99.7% | coding (409/426 nt) | RPPX_08485 | hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1904110 = | 0 (0.000) | intergenic (+113/‑1737) | RPPX_08495/RPPX_08505 | ATPase AAA/hemolysin secretion protein D | |||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GACGCAGAAATTGACGACGCCAGCCAACCCGGACTAACAATGCCACCCCTGCGTCGCTGCGCTCCGACTGCCTGTCCGAATGAGCGTGGAACAGGTGTCCGGATCAGCGTGGGCTGAGTGTCCGAATGGCGTGGAATCCGCATTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGCGC > CP009974/1903961‑1904259 | gctgctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcg < 1:4926448‑M2/2‑1 (MQ=255) ctgctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgc > 2:2967457‑M2/149‑151 (MQ=255) ctgctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgc > 1:4385900‑M2/149‑151 (MQ=255) tgctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgca > 1:2592874‑M2/148‑151 (MQ=255) ggctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgca < 2:491832‑M2/4‑1 (MQ=255) tgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagcc < 1:906236‑M2/7‑1 (MQ=255) ctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgc > 1:1434667‑M2/143‑151 (MQ=255) ctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgc > 1:3105387‑M2/143‑151 (MQ=255) tcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgca > 1:424703‑M2/142‑151 (MQ=255) aaggggggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgcagc < 2:4829554‑M2/12‑1 (MQ=255) aaggagggccgcagggccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcggcgagggcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgcagc < 1:1784496‑M2/12‑1 (MQ=255) aaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgcagc < 1:5910598‑M2/12‑1 (MQ=255) gggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCgcagca < 2:4650114‑M2/13‑1 (MQ=255) aggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCgcagca > 1:5748763‑M2/139‑151 (MQ=255) agggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACaa > 1:3784555‑M2/136‑151 (MQ=255) gcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGa > 2:4957298‑M2/130‑151 (MQ=255) cagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGAt < 1:3410636‑M2/23‑1 (MQ=255) cagcgccgtcctgcgcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGAt < 2:3855202‑M2/23‑1 (MQ=255) gggcgtccgggtcggcgggggggaggatggcgcggcgcgcctggtactcggcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTc < 2:6194418‑M2/26‑1 (MQ=255) cgcggtcctgctcggctggtagcacgatcacaccgcgcgcctgctactcagtgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTc < 2:3247979‑M2/26‑1 (MQ=255) cgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTc < 2:4447167‑M2/26‑1 (MQ=255) cgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAAc > 2:284874‑M2/123‑151 (MQ=255) gtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAAcc < 1:2411989‑M2/30‑1 (MQ=255) 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gaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCa < 1:3511532‑M2/47‑1 (MQ=255) acgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACg > 2:638376‑M2/103‑151 (MQ=255) cgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGa > 2:6103489‑M2/102‑151 (MQ=255) tgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCg < 1:4332145‑M2/53‑1 (MQ=255) gacaccgcgcgcctgctacgcagcgagagcgacgttggcgatgtgcatgtcagccgcgaagcacggctaagctactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCGACCATGGCAACCTCATTCCACCAGCGa > 2:120074‑M2/98‑151 (MQ=255) 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gactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGtgc > 1:5219937‑M2/26‑150 (MQ=255) acagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCaa > 1:2164653‑M2/22‑151 (MQ=255) agcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAAcc < 2:2419608‑M2/132‑1 (MQ=255) gcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAAGCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCt > 2:1609178‑M2/19‑151 (MQ=255) cggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTg > 2:2294250‑M2/18‑151 (MQ=255) 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cttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGcc < 1:450687‑M2/146‑1 (MQ=255) cttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGcc > 1:627414‑M2/6‑151 (MQ=255) tcgGGCAGCCGCAGCACAAGGTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCcgc < 2:5037071‑M2/148‑1 (MQ=255) cgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCcgcg < 1:2109706‑M2/149‑1 (MQ=255) cgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCcgcg < 2:2538810‑M2/149‑1 (MQ=255) cgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCcgcg > 2:1245701‑M2/3‑151 (MQ=255) gCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCgcgc < 2:4010073‑M2/150‑1 (MQ=255) | GACGCAGAAATTGACGACGCCAGCCAACCCGGACTAACAATGCCACCCCTGCGTCGCTGCGCTCCGACTGCCTGTCCGAATGAGCGTGGAACAGGTGTCCGGATCAGCGTGGGCTGAGTGTCCGAATGGCGTGGAATCCGCATTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGCGC > CP009974/1903961‑1904259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |