New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP009974 | = 3844204 | 269 (0.820) | 146 (0.770) +ATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAA |
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? | CP009974 | 3844237 = | 277 (0.840) | intergenic (+34/‑9) | RPPX_17125/RPPX_17130 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/3844055‑3844204 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTTAAAGGCTCATTCGCTTATTGAATGGGCCTTTTG > CP009974/3844237‑3844380 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAA < 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< 1:4628418/144‑1 TGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTC > 2:4628418/1‑144 GGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCC < 2:3406243/151‑1 GGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCC < 2:6186650/151‑1 GGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCT < 1:3252903/151‑1 AGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAG > 1:5324949/1‑151 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gGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTA < 2:288641/150‑1 AGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTA < 1:2787880/151‑1 AGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCCGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCGAGTGGCGTGTGAAACAGCCCGGCCACGGCGGaa > 2:660003/1‑149 AGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGG < 2:6505006/151‑1 GTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTT > 1:3532783/1‑151 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2:748566/151‑1 CCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCC > 1:1185639/1‑151 GCTTAGCTGCACCAAATGCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCT < 2:6366146/151‑1 CTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTA < 1:2154700/151‑1 TTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAG < 2:2352214/151‑1 TTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAG > 1:4022545/1‑151 TTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAG < 1:243636/151‑1 TAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGG < 2:4183975/151‑1 AGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGG < 1:4745522/151‑1 CTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGA > 2:6071341/1‑151 CCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGAC < 1:5613139/151‑1 CCACCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACG < 1:483381/151‑1 CCAAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCA < 2:5612987/151‑1 AAATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAgt > 2:4845923/1‑149 TTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAgtttt > 1:2314202/1‑146 TCCGCTTAGCAGCAAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTA < 2:2288565/151‑1 TCCGCTTAACAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGG‑TCCGGCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTA < 2:5289199/151‑1 CTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACtt < 1:1008179/144‑3 CTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACtt > 2:1008179/1‑142 TTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACacaa > 2:5076898/1‑147 GCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACacaagcg > 1:6263203/1‑144 GCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAC‑TTTTCCTGCGTTT < 1:537589/151‑1 GGTCTTGAAGGTAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGG < 2:5442147/75‑1 TAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTcc > 1:4111047/1‑92 TAAGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTcc < 2:4111047/94‑3 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/3844055‑3844204 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTTAAAGGCTCATTCGCTTATTGAATGGGCCTTTTG > CP009974/3844237‑3844380 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |