| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 3844204 | 269 (0.820) | 146 (0.770) +ATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAA |
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| ? | CP009974 | 3844237 = | 277 (0.840) | intergenic (+34/‑9) | RPPX_17125/RPPX_17130 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu | |||||
Only 100 of 512 total aligned reads displayed.
CGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTTAAAGGCT > CP009974/3844054‑3844354 | ccGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattc < 1:6164158‑M1/151‑5 (MQ=255) cGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTCGCTCCACCAAattccgcttagcag > 2:1640708‑M1/1‑137 (MQ=255) cGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcag < 2:6401508‑M1/151‑15 (MQ=255) cGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCcgcagctc > 2:4989416/1‑146 (MQ=255) gATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGAGTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagc < 2:4243156‑M1/151‑16 (MQ=255) gAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaa > 1:939741‑M1/1‑133 (MQ=255) aacgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaag > 1:1517003‑M1/1‑132 (MQ=255) acgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTa > 1:3889840/1‑151 (MQ=255) cgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagctaaggg > 1:204520‑M1/1‑130 (MQ=255) aaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCg < 2:3889840/151‑1 (MQ=255) cgcCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCAc < 1:1710314/151‑1 (MQ=255) gcCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaaga < 1:5764987‑M1/151‑34 (MQ=255) ccAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagat < 2:478414‑M1/151‑35 (MQ=255) ccAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTCAGCTCCACCAAattccgcttagtagccaaggctgataagccagat > 1:5543508‑M1/1‑117 (MQ=255) aGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcg > 1:335342‑M1/1‑115 (MQ=255) cagcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaa < 1:5374956‑M1/151‑48 (MQ=255) cagcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaa < 1:5610842‑M1/151‑48 (MQ=255) cagcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCg > 1:232958/1‑127 (MQ=255) gcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaacc < 2:3296132‑M1/151‑50 (MQ=255) ttCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtc > 1:3018228‑M1/1‑98 (MQ=255) cAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtctt < 1:2960196‑M1/151‑56 (MQ=255) cAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtctt < 1:4404052‑M1/151‑56 (MQ=255) aGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttg < 2:5098916‑M1/151‑57 (MQ=255) 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atccGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACAcc < 2:5356782/148‑1 (MQ=255) ttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCg > 1:5317868/3‑151 (MQ=21) tcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAGGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGc > 2:4097720/2‑151 (MQ=21) cGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGcc < 1:4810526/151‑1 (MQ=21) ggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGccc > 2:4844038/1‑151 (MQ=21) ggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTTCCCGCGGCTCGCGTTGCCGGAACGGCACGAAGGGTCCGGCACCTTCGTCTAGAGGCCTAGGACAACGccccc > 2:2361639/1‑149 (MQ=21) gCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCttt < 2:518230/151‑1 (MQ=255) gCTATACCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtcccc < 1:4217684‑M1/151‑78 (MQ=255) cTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTc < 2:2709136/151‑1 (MQ=21) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCa > 1:4688624/1‑151 (MQ=21) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCa > 1:6448385/1‑151 (MQ=255) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGAGTTAGCGGATCGGCACGCAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCa < 1:2280834/151‑1 (MQ=255) ataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAc < 1:2507681/151‑1 (MQ=255) taGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGGATGCGGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCGTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCTTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcg < 1:431650/151‑1 (MQ=255) aGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcgg < 2:4688624/151‑1 (MQ=21) gCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGc > 2:3164060/1‑74 (MQ=255) 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(MQ=255) cccGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgagtcc > 1:1185639‑M1/1‑18 (MQ=255) cccGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAC‑TTTTCCTGCGTTTTg < 1:491346/151‑1 (MQ=255) cccctaagctccaCAAAataccgctaagcagccaaggatgataagcaagatcaggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtagcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgagtccc < 2:1517003‑M1/145‑135 (MQ=255) ccGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCCCGTTTTg > 2:2951662/1‑151 (MQ=255) gCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgagtcccct > 1:603380‑M1/1‑15 (MQ=255) 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caATTTTGCCGGGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTccc < 1:2846562/107‑1 (MQ=255) caATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAC‑TTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTTaaaagg < 2:3008497/151‑4 (MQ=21) | CGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTTAAAGGCT > CP009974/3844054‑3844354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |