| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009974 | 1154854 = | 312 (0.950) | 296 (1.260) +GTGAGGGTGGTGCCATCAGGATCGATGGCCAGATTGCTCGGGC |
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Only 100 of 743 total aligned reads displayed.
CCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAGACCGACCCAAGCGGCAACGCTTCCTCGGCACTGCAATTCGAAGTCCCGGTCACCACTGCGCCTGCCAGCCCCAGCGACCTGGTGTTCGCCGAAGACGGCAGCAGCATCAGCGGTACCGCGCCGGCCGGCACCCGTGTGGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCTGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCATCGAT > CP009974/1154704‑1155004 | cccggccgctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggcaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacc > 1:2605118‑M1/151‑151 (MQ=255) ccggccgctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggcaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCg > 2:2080474‑M1/150‑151 (MQ=255) ccggccgctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggcaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCg < 2:4701157‑M1/2‑1 (MQ=255) cggccgctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggtaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCgg > 1:574831‑M1/149‑151 (MQ=255) ccgctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggtaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgctggcacccccctcacCGGTAc < 2:4886350‑M1/6‑1 (MQ=255) ccgctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggtaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCGGTAc > 2:5940329‑M1/146‑151 (MQ=255) cgctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggtaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCGGTAcc < 1:3256567‑M1/7‑1 (MQ=255) ctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggcaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCGGTACcgc > 1:6166706‑M1/143‑151 (MQ=255) ctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggcaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCGGTACcgc < 2:3080797‑M1/9‑1 (MQ=255) ctcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggcaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCGGTACcgc < 2:3873257‑M1/9‑1 (MQ=255) tcagccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggtaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCGGTACcgcg > 1:1269290‑M1/142‑151 (MQ=255) gccaggcgagcagttgagcctggtgcagaccgacccaagcggcaatgcttcggtggctaccgagtacgacgtaccattgaccaccgcgcccgacagcccgagcaatctggccatcgatcctgatggcaccaccctcacCGGTACCGcgcct > 1:1018846‑M1/139‑150 (MQ=255) acaaggcgaggaggggagcctggtgcagcccaacccaagcggtaatgcttcggtggctaccgaatacgacgtaccattgaccagcgcggccgagagaccgagcaatctggccatcgattctgatggcattaccctcagCGGTACCGCgccg > 2:3335492‑M1/139‑151 (MQ=255) 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atcctgatggcaccaccctcacCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGgcgaact < 1:2270932‑M1/129‑4 (MQ=255) tcctgatggcaccaccctcacCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAactg > 1:2088780‑M1/22‑151 (MQ=255) aGACGGCAGCAGCATCAGCGGTACCGCGCCGGCCGGCACCCGTGTGGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCTGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGctgctg > 1:816627/1‑151 (MQ=255) gatggcaccaccctcccCGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTgg > 1:547987‑M1/18‑151 (MQ=255) gatggcaccaccctcacCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAACTGCTgg > 1:4886350‑M1/18‑151 (MQ=255) gatggcaccaccctcacCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGACCCCGACGGCAGCTTCACCGCCACCCCCGACCCGCCCCAGCCCCACGGCGAactgctgc < 2:6235724‑M1/134‑2 (MQ=255) atggcaccaccctcacCGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGagctgctgca < 2:823470‑M1/135‑3 (MQ=255) cGGCAGCAGCATCAGCGGTACCGCGCCGGCCGGCACCCGTGTGGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCTGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGAc < 1:5861305/151‑1 (MQ=255) gcaccaccctcacCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCGTCACCGTCACCCTCGACCCGCCCCCGGCCAACGGCGAACTGCTGGAcgc < 2:1369163‑M1/138‑2 (MQ=255) accaccctCACCGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTgg > 1:4704934/8‑151 (MQ=11) ccaccctcacCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAACTGCTGGACGTGGt > 1:1504787‑M1/11‑151 (MQ=255) caccctcacCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAACTGCTGGACGTGGTc > 1:5296495‑M1/10‑151 (MQ=255) aTCAGCGGTACCGCGCCGGCCGGCACCCGTGTGGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCTGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCa < 2:4821083/151‑1 (MQ=255) tCACCGGTAGCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGACACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCAt < 2:3232288/151‑1 (MQ=11) tCACCGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGCGCTGCTGGACGTGGTCGCCAt > 2:1846576/1‑151 (MQ=11) acCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAACTGCTGGACGTGGTCGCCATCg < 1:2969‑M1/149‑1 (MQ=255) aGCGGTACCGCGCCGGCCGGCACCCGTGTGGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCTGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCATCg > 1:2185140/1‑151 (MQ=255) ccGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCATCGa > 2:4148942/2‑151 (MQ=11) ccGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGCCGCCATCGa > 2:572077/2‑151 (MQ=11) cCGGTACCGCGCCGGCTGGCAGTCGTGTTGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAACTGCTGGACGTGGTCGCCATCGa > 1:6045023‑M1/2‑151 (MQ=255) cGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCAGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCa < 1:3630029/146‑1 (MQ=11) cGGTACCGCGCCGGCCGGCACCCGTGTGGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCTGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCATCGAt > 1:3439975/1‑151 (MQ=255) | CCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAGACCGACCCAAGCGGCAACGCTTCCTCGGCACTGCAATTCGAAGTCCCGGTCACCACTGCGCCTGCCAGCCCCAGCGACCTGGTGTTCGCCGAAGACGGCAGCAGCATCAGCGGTACCGCGCCGGCCGGCACCCGTGTGGAAGTGCATGACGCCAACGGCACGCTGATTGGCAGTGTGGTGGCTGGCCCCGACGGCAGCTTCACCGTCACCCTCGACCCGCCTCAGGCCAACGGCGAGCTGCTGGACGTGGTCGCCATCGAT > CP009974/1154704‑1155004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |