| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1277572 = | 329 (1.000) | 269 (0.950) | 142/258 | 1.2 | 48.5% | intergenic (+41/+197) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS |
| ? | CP009974 | = 1277722 | 289 (1.020) | intergenic (+191/+47) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS | |||||
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TCGAAACGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCT > CP009974/1277422‑1277722 | tcgAAACGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGgtgt > 1:2968491/1‑151 (MQ=255) cgAAACGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGtt < 2:1653902/151‑1 (MQ=255) aaaCGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTcg < 1:4095889/151‑1 (MQ=255) aaaCGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTcg < 2:5281507/151‑1 (MQ=255) ggtgaTGGGGGGGGGGCAAGGGCAGCGGGATGGGCGGTGAGCTGGGGCATTGGGGGTTGTCAGCATATGAGTCGGCCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCCGTGTTCGCgg < 2:5342223/147‑1 (MQ=255) gTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCggg > 2:1205702/1‑151 (MQ=255) gggggggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAAc < 1:5088122/151‑1 (MQ=255) cgctcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAAcc > 1:3600776‑M1/138‑151 (MQ=255) gggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGc > 1:593215/1‑151 (MQ=255) gggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGACGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGAGGGTAAACCAGc > 1:5994724/1‑151 (MQ=255) ggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCt < 2:2642995/151‑1 (MQ=255) gCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:2789817/1‑151 (MQ=255) ctagacgacggccggtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:3167405‑M1/133‑151 (MQ=255) tacacgacggcctgtgtccaaccccagaggggtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattagccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAAGccgcccc < 2:2498133‑M1/20‑4 (MQ=255) acacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 1:6102559‑M1/21‑1 (MQ=255) ccAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCtc > 2:2062173/1‑150 (MQ=255) acgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 2:5567528‑M1/129‑151 (MQ=255) gggCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacg < 1:4468039/151‑1 (MQ=255) acggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacg > 2:1401748‑M1/126‑151 (MQ=255) acggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacg < 1:6490639‑M1/26‑1 (MQ=255) ggCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATACCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacga > 2:6260904/1‑151 (MQ=255) cAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacgacg < 1:1817610/151‑1 (MQ=255) tgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGCCGGcc < 1:6275114‑M1/32‑1 (MQ=255) gggATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTAGCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCt < 2:80475/151‑1 (MQ=255) ggCCGTGAGCTGGGACCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAATGACCCGCGTTATTGCACCGGCCCTCCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGTCACTACACCACCCCCTGTGTcc > 2:5026096/1‑151 (MQ=255) aaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCg > 2:3312390‑M1/113‑128 (MQ=255) aaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCg < 1:3312390‑M1/16‑1 (MQ=255) cGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCCGTGTCCAAc > 2:6151660/1‑151 (MQ=255) gTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAcc > 2:1055387/1‑151 (MQ=255) gTGAGCGGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATTGCACGGGCCGTGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAcc < 2:6049393/151‑1 (MQ=255) ctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAcc < 1:3699055‑M1/43‑1 (MQ=255) gacgtgtgtccaccaccaatctgcgcaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAacccca < 1:4347815‑M1/46‑2 (MQ=255) aGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAccctc > 2:4654441/1‑149 (MQ=255) gCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCg > 1:306398/1‑151 (MQ=255) gtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCagag > 1:542248‑M1/103‑151 (MQ=255) gggCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAAACCGCTGCCTCGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACgt < 1:2664897/151‑1 (MQ=255) ttGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTc > 2:2884384/1‑151 (MQ=255) caccaccaatctgcgtaggcgcgggtttacgcgcgaatacggtagcggcggcaactgtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTc > 1:3846023‑M1/96‑151 (MQ=255) 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(MQ=255) | TCGAAACGTCATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCT > CP009974/1277422‑1277722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |