| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1296410 = | 343 (1.040) | 58 (0.970) +ACGCCTACCCCGGTGGTGGACACACATCTGGGGTTGGACACAGGCCACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCG |
29/56 | 1.0 | 48.2% | intergenic (+98/+134) | RPPX_05720/RPPX_05725 | chromosome partitioning protein ParA/CreA |
| ? | CP009974 | = 1296432 | 344 (1.050) | intergenic (+120/+112) | RPPX_05720/RPPX_05725 | chromosome partitioning protein ParA/CreA | |||||
Only 100 of 546 total aligned reads displayed.
TGGATGAAGTGAAGGCGGTTGTGCGTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACC‑GCTCCTACCAAGACCGTATAAGCCGCGAATGGAGGCCGGGCAGGCTATCAATGAGCCCAAGGCA > CP009974/1296260‑1296560 | ggATGAAGTGAAGGCGGTTGTGCTTGATGATCGGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGGTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCgg < 2:4895783/151‑1 (MQ=255) ggaagtgaagGCGGTTGTGCGTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGtt < 1:3184049/150‑1 (MQ=255) gaagtgaagGCGGTTGTGCGTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGttt > 1:6485688/1‑151 (MQ=255) agtgaagGCGGTTGTGCGTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTAc > 1:1428269/1‑151 (MQ=255) agtgaagGCGGTTGTGCGTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTATCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTAc > 2:5046959/1‑151 (MQ=255) tttactcgcgaatacggtggcggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTAcc > 2:447598‑M1/143‑151 (MQ=255) actcgcgaatacggtggcggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACCcgc > 1:496932‑M1/140‑151 (MQ=255) aagGCGGTTGTGCGTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 2:1279292/1‑151 (MQ=255) 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tCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCaa > 1:105767/1‑151 (MQ=255) ggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACTAGCGAATGCGGTGGCCGCGGCAAc < 1:219898‑M1/33‑1 (MQ=255) cAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGTTGGTGGCAAc > 1:1346703/1‑151 (MQ=255) aGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACg > 1:3501103/1‑151 (MQ=255) ggCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACgg < 2:5221849/151‑1 (MQ=255) 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1:4658779/1‑151 (MQ=255) aaCCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACC‑GCTCCTACCAAGACCGTATAAGCCGCGAAt < 2:5671605/151‑1 (MQ=255) ccccGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACC‑GCTCCTACCAAGACCGTATAAGCCGCGAATGGa > 1:2345146/1‑151 (MQ=255) cGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACC‑GCTCCTACCAAGACCGTATAAGCCGCGAATGGAGGc < 1:1981489/151‑1 (MQ=255) cGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACC‑GCTCCTACCAAGACCGTATAAGCCGCGAATGGAGGc > 1:5802485/1‑151 (MQ=255) cGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACC‑GCCCCTACCAAGACCGTATAAGCCGCGAATggcggc > 2:3237194/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |