| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1296410 = | 343 (1.040) | 58 (0.970) +ACGCCTACCCCGGTGGTGGACACACATCTGGGGTTGGACACAGGCCACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCG |
29/56 | 1.0 | 48.2% | intergenic (+98/+134) | RPPX_05720/RPPX_05725 | chromosome partitioning protein ParA/CreA |
| ? | CP009974 | = 1296432 | 344 (1.050) | intergenic (+120/+112) | RPPX_05720/RPPX_05725 | chromosome partitioning protein ParA/CreA | |||||
Only 100 of 548 total aligned reads displayed.
GCGTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTGAACC‑GCTCCTACCAAGACCGTATAAGCCGCGAATGGAGGCCGGGCAGGCTATCAATGAGCCCAAGGCAGGATCGGAATGGCAGTCACCGC > CP009974/1296282‑1296582 | gTGATGATCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCATGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACggtggtg > 2:4047728/1‑151 (MQ=255) tggcggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACCCGCGAAtacggtggcgg < 2:849002‑M1/26‑4 (MQ=255) tgatgaTCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACggtggtgg > 1:2291658/1‑151 (MQ=255) atgatCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAATACggtggtggcg > 2:2777277/1‑149 (MQ=255) tCAGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCaa > 1:105767/1‑151 (MQ=255) ggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACTAGCGAATGCGGTGGCCGCGGCAAc < 1:219898‑M1/33‑1 (MQ=255) aGGCCGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACg > 1:3501103/1‑151 (MQ=255) caacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGTGGCAACgg > 1:4340630‑M1/117‑151 (MQ=255) ggcGAGGAAGTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGt < 1:2957906/149‑1 (MQ=255) acggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGGTTACCCGCGAATACGGTGGCGGTGGCCACGGTg < 1:4307307‑M1/37‑1 (MQ=255) acggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccgcggtaggcggGGGTTTACCGGCGAATAGTGTGGCGGTGGCAacggcg < 2:2927765‑M1/37‑3 (MQ=255) cGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGa > 2:6388898/1‑151 (MQ=255) cGAGGAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGa < 2:1094136/151‑1 (MQ=255) ggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGTGGCAACGGTGaa > 1:5782543‑M1/113‑151 (MQ=255) ggAATTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAAcg < 1:3323373/151‑1 (MQ=255) aaTTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGCATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAAaggc > 1:5437937/1‑151 (MQ=255) aaTTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAAcggc > 2:235950/1‑151 (MQ=255) aaTTGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAAcggc < 1:5331842/151‑1 (MQ=255) acgtcgggagcaaattggccagcacggctggcctcttcgcgggtaaaccggctcctacggtgggctgtgtccagccccagatgtgtgtccaccacgggggtaggcgtGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGTGGCAACGGTGAAcagcg > 2:4356221‑M1/108‑151 (MQ=255) cggcgggtggaaattggccagcagggctggccgcttcgcgggtagacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGTGGCAACGGTGAAcagcgg > 2:5159127‑M1/107‑151 (MQ=255) tGGCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGGATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCggg > 2:2499924/1‑151 (MQ=255) ggcgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGTGGCAACGGTGAACAGCggg > 1:3757148‑M1/106‑151 (MQ=255) ggCCTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGGGGGTAAACGCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCGCGAGGCGTGTCCACCAGCGGGTAGGAGGGGGTTTACCCGCGAATAGGGTGGTGGTGGCAACGGTGATCGGCgggg > 2:1023617/1‑150 (MQ=37) cgggtggaaattggccagcagggctggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacggtggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccaccaccggggtaggcgtGGGTTTCCCCGCCAATCCGGTGGCGGTGGCAACGGTGAACAGCGGGTg < 2:5266480‑M1/48‑1 (MQ=255) ggggggaagttgggcagcggggctggcctctgcgcgggtaaacccgcgcctacgggggcctgtgtccaaccccagatgtgtgtccgccaccggggtaggcgtGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGTGGCAACGGTGAACAGCGGGTgg > 2:3691874‑M1/103‑151 (MQ=255) cTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCACCCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGACTAACGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGGGga > 1:2008340/1‑151 (MQ=255) cTGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGga < 1:2659911/151‑1 (MQ=255) tGAGGTAGATGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGCGTGTCCACCACCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGTGGCAACGGTGAACGGCGGGTGgag > 2:3760241/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |