Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
JC JC | U00096 | 1,618,868 | IS2 (–) +5 bp | coding (37‑41/666 nt) | marC ← | inner membrane protein MarC |
New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | U00096 | 1618868 = | 1 (0.010) | 121 (1.170) | 90/292 | 0.1 | 99.2% | coding (41/666 nt) | marC | inner membrane protein MarC |
? | U00096 | = 2070271 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
* | ? | U00096 | = 1618872 | 1 (0.010) | 77 (0.750) | 63/292 | 1.0 | 98.7% | coding (37/666 nt) | marC | inner membrane protein MarC |
? | U00096 | = 1651548 | NA (NA) | noncoding (706/706 nt) | IS2 | repeat region |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TTGCCCGGCGTAATACGCCACCATCATGATGGCAAATACGTACACCGAGGCCATCAACGACTGACGATTACGTTCGGCACTGTTCATGTTGCCTGCCAGGCCAAGAAATAACGCGACAGTTGTTAATGGGTTAGCTAACGGCAGCAACACCACCAGCCCCAGGCCAATTGCTTTAAACAAATCTAACATTGGTGGTTGTTATCCTGTGTATCTGGGTTATCAGCGAAAAGTATAAGGGGTAAACAAGGATAAAGTGTCACTCTTTAGCTAGCCTTGCATCGCATTGAACAAAACTTG > U00096/1618720‑1619016 | gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa < 2:1043408‑M1/1‑1 (MQ=255) gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa < 2:497269‑M1/1‑1 (MQ=255) atcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaac < 1:1043310‑M1/2‑1 (MQ=255) 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tAACGGCAGCAACACCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacg > 1:1112743‑M1/1‑18 (MQ=255) ggggccagtctaACCACCAGCCCCAGGCCAATTGCTTTAAACAAATCTAACATTGGTGGTTGTTATCCTGTGTATCTGGGTTATCAGCGAAAAGTATAAGGGGTAAACAAGGATAAAGTGTCACTCTTTAGCTAGCCTTGCATCGCAtt > 1:1112204‑M1/13‑149 (MQ=255) gccagtctaACCACCAGCCCCAGGCCAATTGCTTTAAACAAATCTAACATTGGTGGTTGTTATCCTGTGTATCTGGGTTATCAGCGAAAAGTATAAGGGGTAAACAAGGATAAAGTGTCACTCTTTAGCTAGCCTTGCATCGCATTGaa < 2:549914‑M1/140‑1 (MQ=255) actttacacaccactggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctct < 1:1662608‑M1/142‑136 (MQ=255) gcagcaACACCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctct < 1:1112739‑M1/148‑136 (MQ=255) 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acacCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccaatcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggt > 1:1112731‑M1/1‑7 (MQ=255) aACCACCAGCCCCAGGCCACTTGCTTTAAACACATCTAACATTGGGGGTTGTTATCCTGTGTATCTGGGTTATCAGCGAAAAGTATAAGGGGCAAACAAGGATAAAGTGTCACTCTTTAGCTAGCCTTGCATCGCATTGAACaaaa > 2:549861‑M1/2‑146 (MQ=255) | TTGCCCGGCGTAATACGCCACCATCATGATGGCAAATACGTACACCGAGGCCATCAACGACTGACGATTACGTTCGGCACTGTTCATGTTGCCTGCCAGGCCAAGAAATAACGCGACAGTTGTTAATGGGTTAGCTAACGGCAGCAACACCACCAGCCCCAGGCCAATTGCTTTAAACAAATCTAACATTGGTGGTTGTTATCCTGTGTATCTGGGTTATCAGCGAAAAGTATAAGGGGTAAACAAGGATAAAGTGTCACTCTTTAGCTAGCCTTGCATCGCATTGAACAAAACTTG > U00096/1618720‑1619016 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |