Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | AP012306 | 1,322,972 | Δ2,926 bp | [yneK]–marC | [yneK], ydeA, marC |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | AP012306 | 1322972 | 1325897 | 2926 | 397 [1] | [1] 396 | [yneK]–marC | [yneK],ydeA,marC |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AP012306 | = 1322971 | 1 (0.000) | 395 (1.170) | 219/298 | 0.0 | 99.8% | coding (382/1116 nt) | yneK | predicted protein |
? | AP012306 | 1325898 = | 1 (0.000) | intergenic (‑163/‑49) | marC/marR | predicted transporter/DNA‑binding transcriptional repressor |
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
CACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP012306/1322823‑1322971 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGT > AP012306/1325898‑1326046 ACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCC < 2:4256899/150‑1 ACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCC < 1:2229391/150‑1 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2:639833/150‑1 ATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATAT > 1:3802001/1‑150 ATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATAT > 1:3281669/1‑150 TGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATT > 1:2844290/1‑150 GAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTA > 1:1225287/1‑150 AAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTAT < 1:863510/150‑1 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1:4019958/150‑1 AGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTT < 2:2248993/150‑1 AGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTT > 1:128003/1‑150 AGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTT < 2:3379579/150‑1 ATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCA > 2:2042597/1‑150 ATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCA > 2:4003122/1‑150 TTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAG > 2:437978/1‑150 TTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGA > 1:547234/1‑150 TTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGA > 1:3193368/1‑150 TCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAG < 1:3623414/150‑1 CGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGA > 1:2875337/1‑150 GCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAA > 1:1445735/1‑150 GCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAA < 1:1004084/150‑1 GCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAA > 1:2295304/1‑150 CCATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAA > 1:3907329/1‑150 CATGATGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAG < 1:3415194/150‑1 TGGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGC < 2:3608645/150‑1 GGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCC > 1:3868868/1‑150 GGAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCC < 1:3771295/150‑1 GAGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCT > 1:3312284/1‑150 AGAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTG < 2:4444125/150‑1 GAAATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGC > 2:1624150/1‑150 AATTAATATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTT < 2:476086/150‑1 ATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGT < 2:3838059/150‑1 ATTTTTTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGT < 2:869604/150‑1 TTCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTG > 1:209299/1‑150 TCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGT > 2:89538/1‑150 CACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGAAGACACAAAGAAAATATTGAATTTCAGGTAGTAATAAATTTAAGCCCTATTTATTTAGATAATTTTCGCCATGATGGAGAAATTAATATTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP012306/1322823‑1322971 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGT > AP012306/1325898‑1326046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |