| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 1142669 = | 111 (0.590) | 3 (0.020) | 3/134 | 14.1 | 1.8% | coding (259/1536 nt) | murJ | murein biosynthesis integral membrane protein MurJ |
| ? | NC_012967 | = 4310192 | 222 (1.250) | coding (977/1503 nt) | proP | glycine betaine/L‑proline transporter ProP | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACG > NC_012967/4310121‑4310263 | cGCCATTATGATNGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTcc < 1:720862/72‑1 (MQ=255) ccATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTGCgc > 2:2343389/1‑71 (MQ=255) ccATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGt > 1:3982235/1‑72 (MQ=255) cATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGtt < 2:48937/72‑1 (MQ=255) aTTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGttt < 2:849903/72‑1 (MQ=255) aTTATGATCGGTATGCTGNTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGttt < 1:2550904/72‑1 (MQ=255) aTTATGATCGGTATCCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGttt > 2:494587/1‑72 (MQ=255) tgtGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTtgt < 1:1089647/70‑1 (MQ=255) tATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTtgt < 1:375860/72‑1 (MQ=255) tATGATCGGTATGCGGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTtgt < 2:2894791/72‑1 (MQ=255) aTGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTtgtg < 2:1369578/72‑1 (MQ=255) aTGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTtgtg < 1:3518447/72‑1 (MQ=255) tGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGc < 2:1196093/72‑1 (MQ=255) tGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGc < 1:195733/72‑1 (MQ=255) gATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTTAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCt > 1:5814470/1‑72 (MQ=255) gATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCAGTTTGTGCt > 2:3970778/1‑72 (MQ=255) ttCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTa < 1:2130652/71‑1 (MQ=255) aTCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTa < 1:963981/72‑1 (MQ=255) tctgTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTAc > 1:4603909/4‑72 (MQ=255) cGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTTCTACt > 1:5917775/1‑72 (MQ=255) cGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACt < 1:865503/72‑1 (MQ=255) cGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACt < 2:667313/72‑1 (MQ=255) ggTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACtt > 1:2845663/1‑72 (MQ=255) ggTATCCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGGGCTCCtt > 2:4351670/1‑72 (MQ=255) tATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTgg > 1:2471555/1‑72 (MQ=255) tGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTa < 2:5371171/72‑1 (MQ=255) cTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAgt < 2:3853209/72‑1 (MQ=255) cTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAgt < 1:4098041/72‑1 (MQ=255) tttttNTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAgtg < 2:591029/70‑1 (MQ=255) tGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAgtg > 1:3194009/1‑72 (MQ=255) gTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGTTAgtgt > 1:4697457/1‑72 (MQ=255) tttGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTNACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGtt < 2:417321/72‑1 (MQ=255) tttGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGtt < 2:2035502/72‑1 (MQ=255) ttGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTg > 1:2679816/1‑72 (MQ=255) tGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGc < 1:4902391/72‑1 (MQ=255) tGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGc > 2:6060461/1‑72 (MQ=255) tGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGc < 2:6227361/72‑1 (MQ=255) gTCCGGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGcc < 2:1012540/72‑1 (MQ=255) tCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGccc < 2:3047831/72‑1 (MQ=255) ccAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCt > 2:5458083/1‑72 (MQ=255) ccAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCt < 1:4837069/72‑1 (MQ=255) ccAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCt < 1:5997016/72‑1 (MQ=255) ccAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCt < 2:2624684/72‑1 (MQ=255) cAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCGCTg > 1:6555887/1‑72 (MQ=255) aGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGt > 2:3209247/1‑72 (MQ=255) aGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGt > 1:1340146/1‑72 (MQ=255) ggTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTtgt < 2:2092343/72‑1 (MQ=255) ggTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTtgn > 2:2474702/1‑71 (MQ=255) ggTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTCGTAGTGTTGCCCTGTTtgt > 1:5532408/1‑72 (MQ=255) gTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTtgtg < 2:1754100/72‑1 (MQ=255) tGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTgtgt > 1:1569614/1‑72 (MQ=255) tGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTgtgt < 1:1134981/72‑1 (MQ=255) gATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGtt < 2:5190338/72‑1 (MQ=255) aTGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTg > 2:5119662/1‑72 (MQ=255) aTGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTg < 1:3987257/72‑1 (MQ=255) tGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTgg > 1:2632549/1‑72 (MQ=255) tGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTgg < 2:6397973/72‑1 (MQ=255) tGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTgg < 1:1933894/72‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCg < 2:5249761/72‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCg < 1:5405246/72‑1 (MQ=255) gCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGa < 2:3599912/72‑1 (MQ=255) gCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGa > 1:6123360/1‑72 (MQ=255) gCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGNTGGCgc > 2:459433/1‑71 (MQ=255) cTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGAt < 2:6629864/72‑1 (MQ=255) ttGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGGGagt > 2:2836226/1‑70 (MQ=255) ttGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATc < 2:4789142/72‑1 (MQ=255) ttGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATc > 1:6601618/1‑72 (MQ=255) ttGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATc < 1:4340605/72‑1 (MQ=255) tGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATcc > 2:4282621/1‑72 (MQ=255) gCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGTCGATccc < 2:2066625/72‑1 (MQ=255) gCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATccc < 1:5102351/72‑1 (MQ=255) gCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATccc < 2:1600236/72‑1 (MQ=255) cTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCg < 2:6278332/72‑1 (MQ=255) tgggTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCgg < 1:834342/69‑1 (MQ=255) tGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTCGGGGATTCCgg > 2:881818/1‑72 (MQ=255) gAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGc < 1:3035234/72‑1 (MQ=255) gTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGt > 1:1003417/1‑72 (MQ=255) gACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGttt < 2:4490461/72‑1 (MQ=255) gACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGgtt > 2:2247228/1‑72 (MQ=255) tgcGTTTTGGCCGGCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTa < 2:5768674/70‑1 (MQ=255) cGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt < 2:2288062/72‑1 (MQ=255) cGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt > 1:4661459/1‑72 (MQ=255) gTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTTTTc > 1:3843102/1‑72 (MQ=255) gTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAttt > 1:519187/1‑71 (MQ=255) gTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTc < 1:6202350/72‑1 (MQ=255) ttttGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGGGTTTATTCt > 1:2940573/1‑72 (MQ=255) ttttGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCt < 1:3120345/72‑1 (MQ=255) tttGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTg < 1:5452045/72‑1 (MQ=255) ttGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTNGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGa < 2:713663/72‑1 (MQ=255) ttGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGAGTTGGCGATCCCGGCGTTTTTTCttg > 1:2336400/1‑70 (MQ=255) ggCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTTTTTTTAtt > 2:650963/1‑72 (MQ=255) ggCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGAtt > 1:1397206/1‑72 (MQ=255) ccGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTTTGATTaa > 1:2069302/1‑72 (MQ=255) gtcgtcCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTNGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACa < 2:559435/72‑1 (MQ=255) tcgtcCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAg > 2:3274314/1‑72 (MQ=255) tcgtcCGTCTGTGCTACTTGGTAGTGGTGCCCTGTTTGTGTTGTCGGTCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAg < 2:1310144/72‑1 (MQ=255) cgtcCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGt > 2:6268579/1‑72 (MQ=255) gtcCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTa > 2:3406012/1‑72 (MQ=255) tcCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTaa < 1:4135868/72‑1 (MQ=255) cGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACg < 2:5390757/72‑1 (MQ=255) | CGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACG > NC_012967/4310121‑4310263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |