| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | = 3894996 | NA (NA) | 177 (0.940) | 104/142 | 0.1 | 98.3% | intergenic (+26/‑162) | ECB_RS25215/rbsD | IS3‑like element IS150 family transposase/D‑ribose pyranase |
| ? | NC_012967 | 3902865 = | 3 (0.020) | coding (270/693 nt) | yieP | FadR/GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
GACAGATACGCATAACCAGAAAGTGATCGATGACCTGATGAAAGTTCTCTTCTGTCATCCACCAGGTAAGCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTAAAAC > NC_012967/3902795‑3902936 | ctccaattgaatatcggaatcatacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaca < 2:4443087‑M2/2‑1 (MQ=255)ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaca < 1:5275771‑M2/2‑1 (MQ=255)ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaca < 1:5039409‑M2/2‑1 (MQ=255) tccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCaa < 2:4270617‑M2/3‑1 (MQ=255) tccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCaa < 2:1616807‑M2/3‑1 (MQ=255) tccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCaa > 2:5594294‑M2/70‑72 (MQ=255) ccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAAt > 1:6013264‑M2/69‑72 (MQ=255) ccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAAt > 2:3048494‑M2/69‑72 (MQ=255) ccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAAt > 2:5887606‑M2/69‑72 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAAtt < 2:3825795‑M2/5‑1 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAAtt > 1:3048025‑M2/68‑72 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAAtt < 2:2640504‑M2/5‑1 (MQ=255) aattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTc < 2:232419‑M2/6‑1 (MQ=255) aattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTc > 2:4615723‑M2/67‑72 (MQ=255) attgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTcc < 2:1105366‑M2/7‑1 (MQ=255) attgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTcc < 1:1602290‑M2/7‑1 (MQ=255) ttgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCt > 1:1542110‑M2/65‑72 (MQ=255) ttgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCt > 2:3676227‑M2/65‑72 (MQ=255) ctgaatatcggaatcagacctatatgccncgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCt > 2:2414267‑M2/65‑72 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTg < 2:826843‑M2/9‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTg < 2:2138751‑M2/9‑1 (MQ=255) gaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGa > 1:1690618‑M2/63‑72 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATc < 2:1705413‑M2/12‑1 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCa > 2:6078890‑M2/60‑72 (MQ=255) tcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAg < 1:1108133‑M2/15‑1 (MQ=255) tcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAg < 1:4899613‑M2/15‑1 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGa < 2:3803651‑M2/16‑1 (MQ=255) gaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGaaa < 2:1221183‑M2/18‑1 (MQ=255) gaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagcacaCAATACCTGATCAAGaaa > 2:2389593‑M2/55‑72 (MQ=255) tcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAAtt > 2:5127314‑M2/52‑72 (MQ=255) tcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAAtt > 1:5251445‑M2/52‑72 (MQ=255) aaaGTGATCGATGACCTGATGAAAGTTCTCTTCTGTCATCCACCAGGTAAGCAATTCCTGATCAAGAAAAtt > 2:5298622/1‑72 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTc > 1:5738336‑M2/51‑72 (MQ=255) agacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTcc < 1:1954993‑M2/23‑1 (MQ=255) agacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTcc > 1:1936216‑M2/50‑72 (MQ=255) agaccnatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTcc < 2:588325‑M2/23‑1 (MQ=255) gacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCa > 2:2851732‑M2/49‑72 (MQ=255) gacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCa > 2:6098401‑M2/49‑72 (MQ=255) acctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAg > 2:1464340‑M2/48‑72 (MQ=255) acctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAg > 1:867323‑M2/48‑72 (MQ=255) acctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAg > 1:1134224‑M2/48‑72 (MQ=255) gATCGATGACCTGATGAAAGTTCTCTTCTGTCATCCACCAGGTAAGCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGt > 1:72765/1‑72 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCg < 1:6614214‑M2/29‑1 (MQ=255) tatgcctcgtgttgaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGa > 1:4386855‑M2/43‑72 (MQ=255) atgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCGAGAAAATTCCAGTTCGAt > 1:2396924‑M2/42‑72 (MQ=255) tgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGAtt > 2:5808527‑M2/41‑72 (MQ=255) cctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATtgt > 2:3407677‑M2/39‑72 (MQ=255) cctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATtgt < 2:5894280‑M2/34‑1 (MQ=255) cctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATtgt > 1:362821‑M2/39‑72 (MQ=255) cctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATtgt > 1:6301475‑M2/39‑72 (MQ=255) ctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATtgtg < 1:4112754‑M2/35‑1 (MQ=255) ctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTAGATtgtg < 1:4007403‑M2/35‑1 (MQ=255) tcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTNCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTgg > 2:417058‑M2/37‑72 (MQ=255) cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGc < 1:6577115‑M2/37‑1 (MQ=255) cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGc > 1:3376682‑M2/36‑72 (MQ=255) gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCa > 1:5296928‑M2/35‑72 (MQ=255) tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCAt < 1:2881639‑M2/39‑1 (MQ=255) gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCAtt > 1:4358125‑M2/33‑72 (MQ=255) gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCAtt > 2:3180288‑M2/33‑72 (MQ=255) tttaactgtccaactttttggggncagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTa > 1:4281916‑M2/32‑72 (MQ=255) ttaactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTAc > 1:4926972‑M2/31‑72 (MQ=255) aactgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCTATTGTGGCATTAccc > 1:20740‑M2/29‑72 (MQ=255) actgtccaactttttggggtcagtacaCGATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCg > 2:1319672‑M2/28‑72 (MQ=255) actgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCg > 1:375042‑M2/28‑72 (MQ=255) tgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCggg < 1:621303‑M2/47‑1 (MQ=255) tgtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCggg > 2:601246‑M2/26‑72 (MQ=255) gtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCANNAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGt < 1:3066421‑M2/48‑1 (MQ=255) gtccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGt > 2:6196597‑M2/25‑72 (MQ=255) tccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGTGTa > 1:2795691‑M2/24‑72 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTAc > 2:4299036‑M2/23‑72 (MQ=255) tttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAAtt > 1:2168699‑M2/18‑72 (MQ=255) tttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTAACCGGGTACCAAtt > 2:1486794‑M2/18‑72 (MQ=255) ttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtc > 2:6591278‑M2/17‑72 (MQ=255) ttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtc < 1:3483015‑M2/56‑1 (MQ=255) ttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtc < 1:5600239‑M2/56‑1 (MQ=255) ttttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATGCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtc < 1:5527636‑M2/56‑1 (MQ=255) tttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATGACCCGGGTACCAATtcg < 1:2437801‑M2/57‑1 (MQ=255) ttggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgc < 1:5886096‑M2/58‑1 (MQ=255) tggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcg < 1:2938581‑M2/59‑1 (MQ=255) tggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcg > 2:6136801‑M2/14‑72 (MQ=255) tggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcg < 1:6054077‑M2/59‑1 (MQ=255) ggggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcgg < 1:4419032‑M2/60‑1 (MQ=255) gggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggt > 1:3822560‑M2/12‑72 (MQ=255) gggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggt < 2:220529‑M2/61‑1 (MQ=255) gggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggt < 1:3662859‑M2/61‑1 (MQ=255) ggtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCGATtcgcggtc < 1:415088‑M2/62‑1 (MQ=255) gtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggtcg > 2:762429‑M2/10‑72 (MQ=255) gtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggtcg > 2:1374348‑M2/10‑72 (MQ=255) gtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggtcg > 1:6261631‑M2/10‑72 (MQ=255) gtcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggtcg > 1:4241272‑M2/10‑72 (MQ=255) tcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggtcgc < 2:5738103‑M2/64‑1 (MQ=255) tcagtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggtcgc < 2:3962431‑M2/64‑1 (MQ=255) agtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATtcgcggtcgcgg < 2:4664431‑M2/66‑1 (MQ=255) gtacaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTcgcggtcgcggt < 2:2576508‑M2/67‑1 (MQ=255) acaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTaa < 2:1850599‑M2/69‑1 (MQ=255) acaCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTaa > 2:4972631‑M2/4‑72 (MQ=255) aCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTaaaa < 1:2266573‑M2/71‑1 (MQ=255) aCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTaaaa > 2:5365197‑M2/2‑72 (MQ=255) aCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTaaaa > 1:4750173‑M2/2‑72 (MQ=255) cAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTAAAAc > 2:3612026/1‑72 (MQ=255) | GACAGATACGCATAACCAGAAAGTGATCGATGACCTGATGAAAGTTCTCTTCTGTCATCCACCAGGTAAGCAATTCCTGATCAAGAAAATTCCAGTTCGATTGTGGCATTACCCGGGTACCAATTCGCGGTCGCGGTAAAAC > NC_012967/3902795‑3902936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |