| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 880528 = | 156 (0.540) | 39 (0.170) | 29/114 | 8.2 | 21.4% | intergenic (+17/+163) | rcdA/ECB_RS04335 | DNA‑binding transcriptional regulator RcdA/hypothetical protein |
| ? | NC_012967 | = 904682 | 161 (0.700) | intergenic (+77/+159) | ECB_RS04500/ybjL | ogr/Delta‑like zinc finger family protein/aspartate:alanine antiporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CCACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012967/880612‑880528‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgggttttttgttGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGCG < NC_012967/904682‑904612 CACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAAT > 2:272386/1‑72 CACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAAT > 1:8544628/1‑72 CACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAAT > 2:274026/1‑72 ACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATG > 2:2271774/1‑72 ACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATG < 2:9533117/72‑1 ACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATG < 1:5862447/72‑1 CCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGG < 2:1967119/72‑1 CACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGG > 2:8335058/1‑72 CACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGG < 2:9776310/72‑1 CACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTNTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGG > 2:1076604/1‑72 CACTGACCACCAACCCAACTTATNGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGG > 1:6332523/1‑72 ACTGACCACCAANCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACAGAAATGGGT < 1:1068710/72‑1 ACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGT < 2:7240548/72‑1 ACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGT > 1:3495988/1‑72 ACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGT < 2:1013307/72‑1 ACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGT > 1:5736640/1‑72 CTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTT < 2:2846119/72‑1 CTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTT > 2:6096708/1‑72 CTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTT > 1:7931404/1‑72 TGACCACCAACCCAGCTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT < 1:2352432/72‑1 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT > 2:9806291/1‑72 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT > 2:293807/1‑72 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT > 1:2702958/1‑72 TGACCACCAACCAAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT > 2:8801095/1‑72 GACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTT > 2:6885041/1‑72 GACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTT > 2:8222696/1‑72 ACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTT < 1:2348790/72‑1 CCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTT < 2:6084405/72‑1 CACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTt > 1:3574163/1‑71 CACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTG < 1:5608823/72‑1 CACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTG < 2:4017161/72‑1 CACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTG < 2:8503473/72‑1 CACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTG < 1:7719305/72‑1 ACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGT < 2:4831182/72‑1 ACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGT < 2:5663554/72‑1 ACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGT < 2:1313765/72‑1 ACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGT < 1:4530626/72‑1 CCAACCCGACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT < 1:9525410/72‑1 AACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGC > 1:5074400/1‑72 CCCAANTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCT < 2:884650/72‑1 CCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCT < 1:8688006/72‑1 TTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATT < 2:1952090/72‑1 TTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTAT < 2:5084972/72‑1 TTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCT < 1:5810120/72‑1 TTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCT < 2:1979917/72‑1 TACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTT < 1:4575564/72‑1 ACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTA < 1:8236642/72‑1 ACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTA < 2:2682553/72‑1 ATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAA > 1:7538120/1‑72 AACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATC < 2:6708620/72‑1 AACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTAGGCTCTTTAAAATC < 1:3965718/72‑1 CTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCAT > 1:9119741/1‑72 TTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATG < 1:5248935/72‑1 gTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAG < 1:1169175/71‑1 TTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAG > 1:8732435/1‑72 CATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAG > 1:8134746/1‑72 CATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAG > 1:5819165/1‑72 CATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAG > 2:8457795/1‑72 ATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGC > 1:2939663/1‑72 TTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCA > 1:1276966/1‑72 TTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCA > 1:6569816/1‑72 TAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCAC > 2:7640866/1‑72 AACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACT > 1:8814268/1‑72 AACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACT > 1:8640764/1‑72 CGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTT > 2:7662691/1‑72 CGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTT < 2:9572004/72‑1 GTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTT < 2:7832875/72‑1 CATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAAC > 2:9153518/1‑72 TAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGA > 1:2184627/1‑72 AAATGTGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGAT < 1:708755/72‑1 AATGGGTGTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATG < 2:5266214/72‑1 ATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGG > 1:3115104/1‑72 TGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGC < 1:8523890/72‑1 GGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCG < 2:8032248/72‑1 GGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCG < 2:5427283/72‑1 GGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCG > 2:3384717/1‑72 GGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGA > 2:7522127/1‑72 GGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGA > 2:7522116/1‑72 GTTTTTTGTTGTCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTNGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGNC > 1:971656/1‑72 GTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATTATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGAC > 1:9465027/1‑72 GTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGAC > 1:7041407/1‑72 TTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCTACA < 2:4105357/72‑1 TTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACA < 1:1461338/72‑1 TTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACA < 1:5830663/72‑1 TTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAA > 2:7206222/1‑72 TTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAA < 1:3641167/72‑1 TTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAA < 2:2285358/72‑1 TTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAA < 2:1567478/72‑1 TTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAA < 1:2595807/72‑1 TTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAA < 1:1953032/72‑1 TTTGTTGCCTGAAATTTGTGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGTACTGTTTTTTAACGATTGCGACAAAA > 1:3616999/1‑72 TTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAA < 2:7133727/72‑1 TTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGTCAAAAT > 2:8842520/1‑72 TGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATG > 1:5079296/1‑72 TGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATG > 2:5930724/1‑72 TGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATG < 1:6607475/72‑1 GTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGG < 2:4660910/72‑1 GTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGG < 2:4665684/72‑1 GTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGG < 2:5274241/72‑1 TGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGCG > 2:1360856/1‑72 CCACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012967/880612‑880528‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgggttttttgttGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGCG < NC_012967/904682‑904612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |