| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | = 4523540 | 42 (0.150) | 9 (0.040) | 8/126 | 16.5 | 11.0% | coding (590/597 nt) | fimE | type 1 fimbria switch DNA invertase FimE |
| ? | NC_012967 | = 4523778 | 109 (0.430) | intergenic (+231/‑251) | fimE/fimA | type 1 fimbria switch DNA invertase FimE/type 1 fimbrial major subunit FimA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAACTGTC > NC_012967/4523469‑4523611 | cAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAaag‑agaaga > 2:9423122/1‑72 (MQ=255) tAATGCTGCTCAGTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGt < 1:75570/72‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGtt > 2:7774217/1‑72 (MQ=255) aaTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGtt < 2:7580748/72‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGtt < 1:3624498/72‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTCGTTTTGCAGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGtt > 2:793027/1‑72 (MQ=255) aTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTNTGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGttt < 1:2748961/72‑1 (MQ=255) aTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGttt < 1:6595014/72‑1 (MQ=255) aTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGttt < 1:5441130/72‑1 (MQ=255) gctCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGAttt < 2:2911529/72‑1 (MQ=255) gctCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGAttt < 1:894566/72‑1 (MQ=255) tCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTaa < 2:6414138/72‑1 (MQ=255) ttttGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACtt < 1:9308891/72‑1 (MQ=255) tGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAGCGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTAtt < 2:2350604/72‑1 (MQ=255) gCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCAT‑AACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGa < 2:121461/72‑1 (MQ=255) ccGGATTATGGGAAAGAAAAAAACTCATAAACCAAAAATTAAAAAGAACAAACGTTTTGATTTACTTTAtta > 1:9734229/1‑71 (MQ=255) cGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGat < 2:8059006/72‑1 (MQ=255) tGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAg < 1:1940765/72‑1 (MQ=255) aagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTaaa > 1:4435509/1‑72 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTaaaaa > 1:8024430/1‑72 (MQ=255) taatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACa > 1:6100829/1‑72 (MQ=255) taatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACa < 1:5789910/72‑1 (MQ=255) tAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAaataaata < 2:6304896/72‑1 (MQ=255) aCGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACaa > 1:2370709/1‑72 (MQ=255) gAAAAATTCAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGa > 1:339458/1‑72 (MQ=255) aaaaaTTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGCTAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGAc > 1:9839815/1‑72 (MQ=255) aaaTTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGCTAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACaa < 1:6017162/72‑1 (MQ=255) aaTTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAt > 1:607864/1‑72 (MQ=255) tAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATggg > 1:2524253/1‑72 (MQ=255) tAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATggg > 1:5393524/1‑72 (MQ=255) aaaaaG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATgggg > 1:2017287/1‑72 (MQ=255) aaaaaG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATgggg < 2:5459772/72‑1 (MQ=255) ggag‑agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGcc > 2:4798608/3‑72 (MQ=255) aag‑agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCa < 2:4469011/72‑1 (MQ=255) aag‑agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCa < 1:7307199/72‑1 (MQ=255) ag‑agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCaa < 1:3876912/72‑1 (MQ=255) agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCaaaa < 2:6598301/72‑1 (MQ=255) aagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAACt < 1:7044179/72‑1 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAACTg < 2:5124499/72‑1 (MQ=255) agagGTTTGAGTTAACTTAGTGAGAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAAcgg < 1:5098539/72‑3 (MQ=255) gagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAACTGt < 1:3861421/72‑1 (MQ=255) agGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTGAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAACTGTc < 1:6768174/72‑1 (MQ=255) agGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAACTGTc < 1:1373310/72‑1 (MQ=255) | CAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAG‑AGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATGGGGCCAAAACTGTC > NC_012967/4523469‑4523611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |