| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_012967 | 1,881,835 | (GGTACGCTGGAAATGA)1→2 | coding (175/801 nt) | manY → | PTS mannose transporter subunit IIC |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 1881820 = | 76 (0.300) | 317 (1.250) | 129/142 | 0.0 | 81.4% | coding (160/801 nt) | manY | PTS mannose transporter subunit IIC |
| ? | NC_012967 | = 1881835 | 69 (0.270) | coding (175/801 nt) | manY | PTS mannose transporter subunit IIC | |||||
Only 100 of 645 total aligned reads displayed.
ACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCT > NC_012967/1881749‑1881891 | gtgtaccctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgag < 2:7617928‑M1/1‑1 (MQ=255)gtgtaccctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgag < 1:557027‑M1/1‑1 (MQ=255)gtgtaccctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgag < 2:8700940‑M1/1‑1 (MQ=255) taccctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggta > 2:7942226‑M1/69‑72 (MQ=255) taccctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggta > 2:4312213‑M1/69‑72 (MQ=255) accctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtac < 1:9167067‑M1/5‑1 (MQ=255) accctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtac < 2:8477318‑M1/5‑1 (MQ=255) ccGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGTGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACg < 2:272119/72‑1 (MQ=255) ccGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACg > 2:3472783/1‑72 (MQ=255) cctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgc < 1:8746960‑M1/7‑1 (MQ=255) cGCTAATCGAGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGc > 2:6633456/1‑72 (MQ=255) ctggtgtgtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgct < 1:3599229‑M1/8‑1 (MQ=255) ctggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggaantattatcggtggtacgcnnnaaatgaggtacgct < 1:6530717‑M1/8‑1 (MQ=255) ctggtgggtatcgttcttggggatangaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgct < 1:1017386‑M1/8‑1 (MQ=255) tggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgctg > 2:4664403‑M1/64‑72 (MQ=255) cTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTg < 1:8573082/72‑1 (MQ=255) cTAATCGCGTGTACCCTGCTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTg < 1:3337743/72‑1 (MQ=255) tAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg > 1:5164949/1‑72 (MQ=255) tAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:6928313/72‑1 (MQ=255) tAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg > 2:5162941/1‑72 (MQ=255) tAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg > 2:4938512/1‑72 (MQ=255) ggtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgctgg < 2:3218608‑M1/10‑1 (MQ=255) gtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgctgga < 1:3428646‑M1/11‑1 (MQ=255) gtgggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgctgga < 2:2477389‑M1/11‑1 (MQ=255) aaTCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGa < 1:4318765/72‑1 (MQ=255) aTCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGaa > 2:6384888/1‑72 (MQ=255) tCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGaaa < 2:8540693/72‑1 (MQ=255) ggtatcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaggtacgctggaaat > 2:819887‑M1/59‑72 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAAt < 2:3045601/72‑1 (MQ=255) gtgtACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGTGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAg > 2:3311846‑M2/1‑71 (MQ=255) tcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATc < 2:5852817‑M1/18‑1 (MQ=255) gtACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggt < 1:4980979‑M2/72‑4 (MQ=255) gtACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggt < 1:1602635‑M2/72‑4 (MQ=255) tACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggta < 2:7240988‑M2/72‑5 (MQ=255) gttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATcgc < 2:4474419‑M1/20‑1 (MQ=255) gttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATcgc > 1:2705861‑M1/53‑72 (MQ=255) gttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATcgc > 2:8901462‑M1/53‑72 (MQ=255) aCCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtac > 1:6298647‑M2/1‑67 (MQ=255) cccTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacg < 1:7217458‑M2/72‑7 (MQ=255) ccTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgc > 1:6194544‑M2/1‑65 (MQ=255) tggtggGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctg < 1:163760‑M2/72‑10 (MQ=255) tggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgg < 2:6000028‑M1/25‑1 (MQ=255) ggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctggg < 2:3835165‑M1/26‑1 (MQ=255) tggGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaa > 2:2361146‑M2/1‑60 (MQ=255) ggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggct > 2:684139‑M1/45‑72 (MQ=255) gatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctg < 1:7832049‑M1/29‑1 (MQ=255) ggTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaat < 1:7269087‑M2/72‑15 (MQ=255) ggTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaat < 1:6703087‑M2/72‑15 (MQ=255) tATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatga > 2:5446008‑M2/1‑56 (MQ=255) tATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatga < 1:4387066‑M2/72‑17 (MQ=255) tgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATg < 2:1462394‑M1/33‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgat < 1:7980709‑M2/72‑18 (MQ=255) tCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatc > 2:9105073‑M2/1‑54 (MQ=255) cGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacnctggaaatgatcg > 1:2939477‑M2/1‑53 (MQ=255) cGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcg > 2:4039454‑M2/1‑53 (MQ=255) ttCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcg < 2:8246295‑M2/72‑22 (MQ=255) ttCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcg > 1:151926‑M2/1‑51 (MQ=255) accggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACAt < 1:7535002‑M1/38‑1 (MQ=255) gcggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATc > 2:266399‑M1/34‑72 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgct > 2:1289853‑M2/1‑49 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgct > 2:9028352‑M2/1‑49 (MQ=255) tGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgg < 1:8432270‑M2/72‑26 (MQ=255) gtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGt > 2:8115237‑M1/31‑72 (MQ=255) gtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGt > 2:4821018‑M1/31‑72 (MQ=255) gtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGt < 1:7367119‑M1/42‑1 (MQ=255) tattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGtg > 1:5219593‑M1/30‑72 (MQ=255) ggATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggct > 1:4128322‑M2/1‑44 (MQ=255) ttattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGtgct > 2:6165145‑M1/28‑72 (MQ=255) tatGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctgga < 2:1787010‑M2/72‑32 (MQ=255) attatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGNAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGtgctgc < 1:492372‑M1/47‑1 (MQ=255) atGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggat > 1:8857560‑M2/1‑40 (MQ=255) atcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGt > 1:3156552‑M1/23‑72 (MQ=255) tcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGtt < 1:3259875‑M1/51‑1 (MQ=255) tcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGtt < 1:6803441‑M1/51‑1 (MQ=255) aaaaCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaa > 2:2892909‑M2/1‑37 (MQ=255) cggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTg > 1:1193012‑M1/21‑72 (MQ=255) cggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATAGGTGCTGCAGTTg < 1:182010‑M1/52‑1 (MQ=255) ggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgc < 2:4390839‑M1/53‑1 (MQ=255) aaCCGTGATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaagtgatcgcgctgggctggatgaaca > 2:3961379‑M2/1‑35 (MQ=255) aaCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaaca < 1:5792855‑M2/72‑38 (MQ=255) aCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacat > 2:1564107‑M2/1‑34 (MQ=255) tggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgcgc > 2:4772570‑M1/18‑72 (MQ=255) tggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgcgc < 1:8157289‑M1/55‑1 (MQ=255) cGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcg < 1:6005719‑M2/72‑41 (MQ=255) gtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCt > 1:194847‑M1/16‑72 (MQ=255) ggTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcgg < 1:4589724‑M2/72‑42 (MQ=255) tattattagCGGGGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacttcggtg > 2:3597705‑M2/1‑29 (MQ=255) attattatCGGTTGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgc > 2:8086780‑M2/1‑28 (MQ=255) ttattatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgct > 1:8990195‑M2/1‑27 (MQ=255) ctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgc < 1:2838174‑M1/62‑1 (MQ=255) tttatcGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgc < 1:3903226‑M2/71‑48 (MQ=255) tgtaaatgaGGTACGCTGTAAAGGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgcc > 2:2791423‑M1/10‑72 (MQ=255) tggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgcc > 1:2281453‑M1/10‑72 (MQ=255) ttatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgca < 1:2023138‑M2/72‑49 (MQ=255) atgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGctct < 2:1046199‑M1/68‑1 (MQ=255) atgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGctct > 2:8392175‑M1/5‑72 (MQ=255) tggtACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgcagttgcgc < 1:4179023‑M2/72‑56 (MQ=255) aGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGc < 2:6983956‑M1/71‑1 (MQ=255) ggtacgctggaaatgaggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgccgttgcgcc < 2:7302683‑M2/72‑57 (MQ=255) ggtacgctggaaatgaggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgcagttgcgcc < 2:4209504‑M2/72‑57 (MQ=255) | ACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCT > NC_012967/1881749‑1881891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |