| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_012967 | 1,881,835 | (GGTACGCTGGAAATGA)1→2 | coding (175/801 nt) | manY → | PTS mannose transporter subunit IIC |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 1881820 = | 76 (0.300) | 317 (1.250) | 129/142 | 0.0 | 81.4% | coding (160/801 nt) | manY | PTS mannose transporter subunit IIC |
| ? | NC_012967 | = 1881835 | 69 (0.270) | coding (175/801 nt) | manY | PTS mannose transporter subunit IIC | |||||
Only 100 of 632 total aligned reads displayed.
CGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACC > NC_012967/1881764‑1881906 | atcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGAt < 1:7980709‑M1/17‑1 (MQ=255) tcgttcttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATc < 1:6447319‑M1/18‑1 (MQ=255) gtACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggt > 1:8568816‑M2/1‑69 (MQ=255) tACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggta > 1:5432969‑M2/1‑68 (MQ=255) tACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggta < 2:8867204‑M2/72‑5 (MQ=255) aCCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtac < 2:8477318‑M2/72‑6 (MQ=255) cccTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacg > 1:7338466‑M2/1‑66 (MQ=255) cccTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacg < 2:3078731‑M2/72‑7 (MQ=255) cttggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgct < 2:8448861‑M1/23‑1 (MQ=255) ccTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgc > 1:6194544‑M2/1‑65 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgct > 2:2156327‑M2/1‑64 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATANGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgct < 1:1017386‑M2/72‑9 (MQ=255) tggtggGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctg < 1:163760‑M2/72‑10 (MQ=255) tggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgg < 2:4171170‑M1/25‑1 (MQ=255) ggggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctggg < 2:4830233‑M1/26‑1 (MQ=255) gtggGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctgga < 1:4185830‑M2/72‑12 (MQ=255) ggatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggct < 2:2570433‑M1/28‑1 (MQ=255) gatatgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctg < 1:7832049‑M1/29‑1 (MQ=255) ggTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaat > 2:7864380‑M2/1‑58 (MQ=255) ggTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaat > 2:819887‑M2/1‑58 (MQ=255) atgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGAt < 1:6855990‑M1/32‑1 (MQ=255) atgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGAt < 1:6620683‑M1/32‑1 (MQ=255) atgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGAt > 1:8857560‑M1/41‑72 (MQ=255) atgaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCCGGGCTGGAt < 2:3988402‑M1/32‑1 (MQ=255) tCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatc < 2:151926‑M2/72‑19 (MQ=255) tCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatc < 2:5852817‑M2/72‑19 (MQ=255) tCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatc > 2:9105073‑M2/1‑54 (MQ=255) gaaaaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATGGCGCTGGGCTGGATGa > 1:343906‑M1/39‑72 (MQ=255) cGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcg > 1:3252760‑M2/1‑53 (MQ=255) gTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgc > 1:3329452‑M2/1‑52 (MQ=255) ttCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcg < 2:8246295‑M2/72‑22 (MQ=255) aaccggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACa < 2:3754156‑M1/37‑1 (MQ=255) accggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACAt < 1:7535002‑M1/38‑1 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgct < 2:1624276‑M2/72‑24 (MQ=255) ttGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCg > 2:2451113/1‑72 (MQ=255) cggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCg < 1:6005719‑M1/40‑1 (MQ=255) tGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgg < 2:6000028‑M2/72‑26 (MQ=255) ggtattattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCgg > 2:4791835‑M1/32‑72 (MQ=255) agggaTATGAAAACCGGTATTATTATCGATGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctggg > 2:3400506‑M2/2‑46 (MQ=255) tattattagcgggggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACTTCGGtg > 2:3597705‑M1/30‑72 (MQ=255) ggATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggct < 2:6218841‑M2/72‑29 (MQ=255) attattatcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGtgc < 1:7232991‑M1/44‑1 (MQ=255) gATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctggggtg < 2:3273905‑M2/72‑30 (MQ=255) gATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctg > 2:4378521‑M2/1‑43 (MQ=255) tatGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctgga < 2:1787010‑M2/72‑32 (MQ=255) atGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCNGGAAATNAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggat < 1:521595‑M2/72‑33 (MQ=255) atcggtggtacgctggaaatgaGGTACNCTGGAAATGATCGNGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGt < 1:448442‑M1/50‑1 (MQ=255) atcggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGt > 1:3156552‑M1/23‑72 (MQ=255) aaaaCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaa > 2:2892909‑M2/1‑37 (MQ=255) aaaaCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctagaaatgatcgcgctgggctggatgaa < 2:1172007‑M2/72‑36 (MQ=255) aaaaACGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaa < 1:4141414‑M2/72‑36 (MQ=255) cggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTg > 1:1193012‑M1/21‑72 (MQ=255) cggtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTg > 2:1039538‑M1/21‑72 (MQ=255) gtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgcg < 2:7156978‑M1/54‑1 (MQ=255) gtggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgcg < 2:8605801‑M1/54‑1 (MQ=255) aCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacat < 2:8109883‑M2/72‑39 (MQ=255) aCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacat < 1:4337861‑M2/72‑39 (MQ=255) tggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgcgc > 1:4938514‑M1/18‑72 (MQ=255) tggtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgcgc < 1:8157289‑M1/55‑1 (MQ=255) gtacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGttgcgcgt < 2:4439043‑M1/57‑3 (MQ=255) tacgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTg > 1:5681340‑M1/15‑72 (MQ=255) gTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggt < 2:4482324‑M2/72‑43 (MQ=255) tattattatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtg < 1:214827‑M2/72‑44 (MQ=255) cgctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAc > 1:8710636‑M1/13‑72 (MQ=255) ttattatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgct > 2:2718650‑M2/1‑27 (MQ=255) ttattatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgct > 1:8990195‑M2/1‑27 (MQ=255) gctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcg > 2:6891625‑M1/12‑72 (MQ=255) ctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgc > 2:1335945‑M1/11‑72 (MQ=255) ctggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgc < 2:5587516‑M1/62‑1 (MQ=255) tggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGTTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTgacgac < 2:7410348‑M1/63‑3 (MQ=255) ttatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgca > 2:7295797‑M2/1‑24 (MQ=255) ttatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgca < 1:2023138‑M2/72‑49 (MQ=255) ggaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccg > 2:6684993‑M1/9‑72 (MQ=255) tatCGGTGGTACGCTGGAAATGAggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgcag > 1:6715743‑M2/1‑23 (MQ=255) gaaatgaGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc < 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(MQ=255) aatgaggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgcagttgcgcctgacgccgcgc < 2:67149‑M2/72‑68 (MQ=255) aTGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt < 2:8024434/72‑1 (MQ=255) gaggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgcagttgcgcctgacgccgctctgg < 1:9204378‑M2/72‑71 (MQ=255) gATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc > 2:4636080/1‑72 (MQ=255) gATCGCGCTGGGCGGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc > 1:2919966/1‑72 (MQ=255) aggtacgctggaaatgatcgcgctgggctggatgaacatcggtgctgcagttgcgcctgacgccgctctggc < 2:8994334‑M2/72‑72 (MQ=255) | CGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACC > NC_012967/1881764‑1881906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |