| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 509243 = | 243 (0.960) | 3 (0.010) | 3/134 | 16.1 | 1.3% | coding (492/879 nt) | glxR | 2‑hydroxy‑3‑oxopropionate reductase |
| ? | NC_012967 | = 4204196 | 237 (0.990) | coding (1438/3684 nt) | metH | methionine synthase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CTATCTCGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGTCG > NC_012967/4204125‑4204266 | ctATCTCGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCCTCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTTCGGTGCGGGAg > 2:1393882/1‑72 (MQ=255)ctATCTCGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAg < 2:4821976/72‑1 (MQ=255)ctATCTCGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAg > 2:9089332/1‑72 (MQ=255) aTCTCGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGGTCGGCAgtg > 2:2375971/1‑72 (MQ=255) tctcGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAgtgg > 2:6153163/1‑72 (MQ=255) tctcGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAgtgg > 2:6334453/1‑72 (MQ=255) ctcGATGAAAGAGTGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAgtggt < 1:1636036/72‑1 (MQ=255) ctcGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAgtggt < 2:8971088/72‑1 (MQ=255) ctcGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAggggt > 2:7436649/1‑72 (MQ=255) gcGATGAAAGGGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAgtggtg < 1:6686812/71‑1 (MQ=255) cGATGAAAGAGGGCGTCGACTCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCATGCGTCGTTAGCGTGCGGGAGtggtgg > 2:6628600/1‑72 (MQ=255) cGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGtggtgg > 1:9010478/1‑72 (MQ=255) cGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGtggggg > 2:5008657/1‑72 (MQ=255) tGAAAGAGGCCGTGGACACCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTaa < 2:70540/72‑1 (MQ=255) gAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCTATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGGAAt > 2:5987208/1‑72 (MQ=255) aaaGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATg < 2:2297803/72‑1 (MQ=255) aaGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCCGTGGTGGTAATgg > 2:6576778/1‑72 (MQ=255) aaGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATgg < 1:1507644/72‑1 (MQ=255) aaGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATgg < 2:4587858/72‑1 (MQ=255) gagGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATTGcc > 1:6733269/1‑72 (MQ=255) agGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCt < 2:7092319/72‑1 (MQ=255) gggCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGACGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGGAATGGGCtt > 2:469803/1‑72 (MQ=255) gcgcCGCCGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTg < 1:6298702/72‑1 (MQ=255) gCGTGGACGCTTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTg < 1:1021402/72‑1 (MQ=255) gCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGGGGTAATGGCCTTTg > 1:3200430/1‑72 (MQ=255) cGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGa > 2:6812554/1‑72 (MQ=255) gTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGAc < 2:7854928/72‑1 (MQ=255) tCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACg > 1:2420346/1‑72 (MQ=255) tCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACg < 1:5541718/72‑1 (MQ=255) tCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACg < 1:1768580/72‑1 (MQ=255) gACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGaa > 2:2687299/1‑72 (MQ=255) gACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGaa > 2:126434/1‑72 (MQ=255) gACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGaa > 2:9140103/1‑72 (MQ=255) gACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGaa > 1:2169458/1‑72 (MQ=255) gACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGaa > 1:5466326/1‑72 (MQ=255) gACGCCTTGATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGaa > 2:3488740/1‑72 (MQ=255) aCGCCTTTATCCATCACNCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAAc > 1:804903/1‑72 (MQ=255) aCGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAAc > 1:7092283/1‑72 (MQ=255) cGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAAAGGCCTTTGACGAACa > 1:4415697/1‑72 (MQ=255) gCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAg > 2:4715620/1‑72 (MQ=255) gCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAg < 1:5136524/72‑1 (MQ=255) ccTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAgg > 1:5759688/1‑72 (MQ=255) tttATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGa < 1:295236/72‑1 (MQ=255) tttATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGa > 2:1764442/1‑72 (MQ=255) tATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACa > 2:1948841/1‑72 (MQ=255) tATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACa > 2:7951076/1‑72 (MQ=255) tATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACa > 1:9094322/1‑72 (MQ=255) aTCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAg < 1:1146991/72‑1 (MQ=255) ccgcACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCATTTGACGAACAGGGACAGGcc < 2:2501522/69‑1 (MQ=255) tCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCgc > 2:8037498/1‑71 (MQ=255) tCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGa > 1:9068352/1‑72 (MQ=255) tCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGa < 1:7313357/72‑1 (MQ=255) cACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGAt < 1:8799685/72‑1 (MQ=255) cACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGAt < 1:8692541/72‑1 (MQ=255) cACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGAt > 1:4602460/1‑72 (MQ=255) cACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGAt < 2:8276218/72‑1 (MQ=255) cACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGAt < 1:1231880/72‑1 (MQ=255) aCGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATa < 2:1494107/72‑1 (MQ=255) aCGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATa < 1:7759203/72‑1 (MQ=255) gcgAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTAGCGAACAGGGNCAGGCCGGTAcc > 1:973381/1‑72 (MQ=255) cgAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATAccc < 1:1799268/72‑1 (MQ=255) cgAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATAccc > 1:4278976/1‑72 (MQ=255) aaGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATAccccc > 2:4127658/1‑70 (MQ=255) aaGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCcgc < 2:8817397/72‑1 (MQ=255) aaGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCcgc < 2:8334400/72‑1 (MQ=255) tctTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCAc < 2:7243625/72‑1 (MQ=255) tctTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCAc < 2:4214776/72‑1 (MQ=255) tctGGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCAc < 2:866237/72‑1 (MQ=255) tctGGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCAc < 1:7906315/72‑1 (MQ=255) gttGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCAca < 1:606035/71‑2 (MQ=255) ctTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACg < 2:4423167/72‑1 (MQ=255) ctTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACg < 1:4831093/72‑1 (MQ=255) ctTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGACGATAACCGCGGACg > 1:3768963/1‑72 (MQ=255) ttGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACgg > 2:5822290/1‑72 (MQ=255) tGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACggc > 1:4892982/1‑71 (MQ=255) tGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGa > 1:7298373/1‑72 (MQ=255) cgtcgtTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGaaa < 1:4389467/72‑1 (MQ=255) cgtcgtTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCCCGCTCCGaaa > 1:100705/1‑72 (MQ=255) gtcgtTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCCCGGaaaa > 1:3614342/1‑72 (MQ=255) gtcgtTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGaaaa > 1:6924080/1‑72 (MQ=255) tcgtTAGGGTCCGGCGGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAAt < 2:5587140/72‑1 (MQ=255) tcgtTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAAt > 1:4331842/1‑72 (MQ=255) cgtTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGGCCGGAAAATc > 1:5876925/1‑72 (MQ=255) aCGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCgaga > 2:3082291/1‑72 (MQ=255) cGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGAt < 1:2346040/72‑1 (MQ=255) gTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGAttt < 1:5216948/72‑1 (MQ=255) gTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGAttt < 1:6829923/72‑1 (MQ=255) gTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGACACCCGCGTACGGAAAATCGAGGttg > 2:6748693/1‑71 (MQ=255) cGGCATTGGTGGTAATCGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGcc < 1:6029290/72‑1 (MQ=255) cGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGcc < 2:3617546/72‑1 (MQ=255) cGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGcc < 1:7507745/72‑1 (MQ=255) ggCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCg < 1:8589711/72‑1 (MQ=255) ggCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCg > 1:8255179/1‑72 (MQ=255) gCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGt < 1:219561/72‑1 (MQ=255) gCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGt < 2:7297888/72‑1 (MQ=255) cAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGTc < 2:7480221/72‑1 (MQ=255) cAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGTc < 2:5311608/72‑1 (MQ=255) cAGGGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGTc < 2:5224280/72‑1 (MQ=255) aGTGGTGGTAATGGCCTTTGACTAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGTCg < 1:2529850/72‑1 (MQ=255) aGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGTCg > 1:636927/1‑72 (MQ=255) | CTATCTCGATGAAAGAGGGCGTCGACGCCTTTATCCATCACGCGAAGCTCTTGCGTCGTTACGGTGCGGCAGTGGTGGTAATGGCCTTTGACGAACAGGGACAGGCCGATACCCGCGCACGGAAAATCGAGATTTGCCGTCG > NC_012967/4204125‑4204266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |