| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | = 922312 | 250 (0.990) | 3 (0.010) | 3/126 | 15.8 | 1.3% | coding (693/831 nt) | amiD | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase AmiD |
| ? | NC_012967 | 1491704 = | 250 (1.110) | coding (1472/2103 nt) | yncD | TonB‑dependent receptor | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TAAGCAGCCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCGCCCG > NC_012967/1491633‑1491775 | tAAGCAGCCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTa < 1:4646664/72‑1 (MQ=255)tAAGCAGCCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTa < 2:8986073/72‑1 (MQ=255) agcagcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAg < 1:5110099/72‑1 (MQ=255) agcagcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAg > 2:1268394/1‑72 (MQ=255) agcagcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAg < 1:3959763/72‑1 (MQ=255) agcagcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAg > 2:5127555/1‑72 (MQ=255) agcagcCCATAACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAg > 2:8082637/1‑72 (MQ=255) cagcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGtt < 1:1403602/72‑1 (MQ=255) cagcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGtt < 2:4973558/72‑1 (MQ=255) agcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTc > 2:6892649/1‑72 (MQ=255) agcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTc > 1:2695136/1‑72 (MQ=255) agcCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTc > 2:8047097/1‑72 (MQ=255) cccATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGNTTTTAAACCTAAGTTCAt > 1:3576251/1‑72 (MQ=255) cccATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCAt > 1:3153875/1‑72 (MQ=255) cccATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCAt < 1:2418043/72‑1 (MQ=255) ccATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATa > 2:2783254/1‑72 (MQ=255) ccATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATa < 1:5941445/72‑1 (MQ=255) cATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATAc < 2:4784476/72‑1 (MQ=255) aTCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCNATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATAcc < 2:562645/72‑1 (MQ=255) aCCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCt > 2:7321306/1‑72 (MQ=255) ccAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCTATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCtt > 2:3346572/1‑72 (MQ=255) cAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCttt > 1:7705616/1‑72 (MQ=255) cAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCttt < 2:5799367/72‑1 (MQ=255) aaTACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGTATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTg < 2:3338993/72‑1 (MQ=255) aaTACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTg < 2:1906234/72‑1 (MQ=255) aaTACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTg > 1:7043136/1‑72 (MQ=255) aaTACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTg < 2:2045436/72‑1 (MQ=255) aTACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGc < 2:5761683/72‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGcc < 2:1096670/72‑1 (MQ=255) aCGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGccc > 1:6324009/1‑72 (MQ=255) cgcgTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCa < 2:609692/72‑1 (MQ=255) cgcgTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCa < 1:9178689/72‑1 (MQ=255) gTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCa < 1:3862510/72‑1 (MQ=255) gTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCa < 1:8422002/72‑1 (MQ=255) tttACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGc > 2:3166030/1‑72 (MQ=255) tACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCAc < 2:5881583/72‑1 (MQ=255) tACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCAc < 1:8004588/72‑1 (MQ=255) tACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCAc > 2:4265419/1‑72 (MQ=255) tACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCAc < 1:1857054/72‑1 (MQ=255) aCTTCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACg > 1:4421814/1‑72 (MQ=255) aCTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACg < 1:5227150/72‑1 (MQ=255) aCTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACg > 1:1775382/1‑72 (MQ=255) tGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGAt < 2:853892/72‑1 (MQ=255) ccGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATaa < 1:6396003/72‑1 (MQ=255) cGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAg < 2:1619682/72‑1 (MQ=255) cGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAg < 2:6463408/72‑1 (MQ=255) gATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGa > 1:7490856/1‑72 (MQ=255) gATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGa > 1:722218/1‑72 (MQ=255) aTCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGAc > 1:2167990/1‑72 (MQ=255) aTCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGAc < 2:7410449/72‑1 (MQ=255) aTCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGAc > 1:6706949/1‑72 (MQ=255) tctcAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACa < 2:5408664/72‑1 (MQ=255) ctcAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAg > 1:1088521/1‑72 (MQ=255) tcAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAgn > 2:3448094/1‑71 (MQ=255) tcAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGc > 1:8306949/1‑72 (MQ=255) tcAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGc > 1:4333144/1‑72 (MQ=255) tcAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGc > 1:5515403/1‑72 (MQ=255) aaTTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCNTACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTc < 1:496073/72‑1 (MQ=255) aTTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCa < 1:6610671/72‑1 (MQ=255) ttGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCAt < 1:5197040/72‑1 (MQ=255) ttGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCAt < 2:9024285/72‑1 (MQ=255) tGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCAtt < 2:2164604/72‑1 (MQ=255) tGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCAtt < 2:3986515/72‑1 (MQ=255) tATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTaa < 2:4368437/72‑1 (MQ=255) aTCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAAt < 1:1489107/72‑1 (MQ=255) aTCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAAt < 1:1556476/72‑1 (MQ=255) ttGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAAtcttc < 2:2699335/72‑1 (MQ=255) ttGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAAtcgtc < 2:8784482/72‑1 (MQ=255) ttGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAAtcgtc < 1:2825309/72‑1 (MQ=255) tggtggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAAtcgtcg > 2:3097190/1‑72 (MQ=255) tggtggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAAtcgtcg < 2:4696830/72‑1 (MQ=255) ggtggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCgg > 2:1722990/1‑72 (MQ=255) gtggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGc < 2:3886934/72‑1 (MQ=255) gtggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGc < 1:5289445/72‑1 (MQ=255) ggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGt < 1:4135870/72‑1 (MQ=255) ggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGt > 2:4189871/1‑72 (MQ=255) ggATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGt > 2:7158453/1‑72 (MQ=255) gATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGtt > 2:3757736/1‑72 (MQ=255) tGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTc < 2:8376586/72‑1 (MQ=255) tGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTc < 2:6727303/72‑1 (MQ=255) tGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTc < 1:8358059/72‑1 (MQ=255) ggTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCa > 1:8634841/1‑72 (MQ=255) ggTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCa > 2:7624899/1‑72 (MQ=255) gTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCaa > 1:3774379/1‑72 (MQ=255) ttttAAACCTAGGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTATTCGTCGGCGTTTCaaa < 1:5788363/72‑1 (MQ=255) tgttAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCaaa < 2:3833541/70‑1 (MQ=255) tttAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCaaaa > 1:6513170/1‑72 (MQ=255) ttAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAAc < 2:45292/72‑1 (MQ=255) tAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAAcc < 1:3346898/72‑1 (MQ=255) aaaCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCt > 1:2521961/1‑72 (MQ=255) aaCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTc < 2:6268451/72‑1 (MQ=255) aaCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTc < 1:9004224/72‑1 (MQ=255) aaCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTc < 1:6825936/72‑1 (MQ=255) aaCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTc < 1:2928750/72‑1 (MQ=255) aCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCg < 2:9224362/72‑1 (MQ=255) aCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCg < 2:7874739/72‑1 (MQ=255) aCCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCg > 1:1225540/1‑72 (MQ=255) ccTAAGTTCATGCCGCTTTGCCCATCAGCACTATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCGc < 2:6937181/72‑1 (MQ=255) tAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCGccc < 1:3471186/72‑1 (MQ=255) aaGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCGCCCg < 2:5933374/72‑1 (MQ=255) | TAAGCAGCCCATCACCAATACGCGTTTTACTGCCGATCTCAATTGTATCGTTGGTGGATGGTTTTAAACCTAAGTTCATACCGCTTTGCCCATCAGCACGATAAGACAGCTCATTAATCGTCGGCGTTTCAAAACCTCGCCCG > NC_012967/1491633‑1491775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |